105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_2550 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1016  Trk family potassium uptake protein  81.68 
 
 		 546 aa  889    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0663746  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2550  TrkA-C:YidE/YbjL duplication  100 
 
 		 546 aa  1072    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000172993  hitchhiker  0.00000000000069423 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3636  YidE/YbjL duplication  73.28 
 
 		 546 aa  788    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000380153  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2711  YidE/YbjL duplication  59.58 
 
 		 549 aa  634  1e-180  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.129476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1965  YidE/YbjL duplication  58.27 
 
 		 549 aa  629  1e-179  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.103303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0607  YidE/YbjL duplication  55.39 
 
 		 541 aa  565  1e-160  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.617712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2318  YidE/YbjL like transporter  60 
 
 		 544 aa  552  1e-156  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1552  YidE/YbjL duplication  60.38 
 
 		 544 aa  544  1e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1848  YidE/YbjL duplication  53.67 
 
 		 545 aa  529  1e-149  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1553  YidE/YbjL duplication  38.22 
 
 		 529 aa  306  7e-82  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046185 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1476  YidE/YbjL duplication  36.87 
 
 		 530 aa  305  1.0000000000000001e-81  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.417423 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2470  YidE/YbjL duplication  38.87 
 
 		 522 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00004763  hitchhiker  0.00816269 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0891  YidE/YbjL duplication  34.56 
 
 		 533 aa  288  1e-76  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0037  YidE/YbjL duplication  36.26 
 
 		 531 aa  271  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4089  hypothetical protein  30.83 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4017  hypothetical protein  30.83 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.837569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4034  hypothetical protein  30.83 
 
 		 553 aa  271  2e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1280  YidE/YbjL duplication  36.45 
 
 		 531 aa  271  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0870  YidE/YbjL duplication  34 
 
 		 534 aa  270  5e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4138  hypothetical protein  30.83 
 
 		 553 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4196  hypothetical protein  30.83 
 
 		 553 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1568  YidE/YbjL duplication  32.16 
 
 		 559 aa  265  2e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0015  hypothetical protein  32.27 
 
 		 553 aa  260  4e-68  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0036  hypothetical protein  31.74 
 
 		 552 aa  258  1e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0042  hypothetical protein  32.11 
 
 		 552 aa  259  1e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0018  YidE/YbjL duplication  31.63 
 
 		 529 aa  259  1e-67  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0175151  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3793  hypothetical protein  32.99 
 
 		 552 aa  256  9e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.212534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4141  hypothetical protein  32.99 
 
 		 552 aa  256  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0013  hypothetical protein  32.99 
 
 		 552 aa  256  1.0000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03568  hypothetical protein  30.04 
 
 		 553 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3896  hypothetical protein  30.04 
 
 		 553 aa  253  6e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4048  hypothetical protein  30.04 
 
 		 553 aa  253  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.926821  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03512  hypothetical protein  30.04 
 
 		 553 aa  253  6e-66  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1470  hypothetical protein  32.32 
 
 		 552 aa  253  7e-66  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0186692  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0019  YidE/YbjL duplication  29.85 
 
 		 553 aa  252  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4191  hypothetical protein  29.85 
 
 		 553 aa  252  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0018  hypothetical protein  29.85 
 
 		 553 aa  252  1e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4236  hypothetical protein  29.85 
 
 		 553 aa  252  1e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5115  hypothetical protein  29.85 
 
 		 561 aa  251  2e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.44003 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0482  YidE/YbjL duplication  34.97 
 
 		 527 aa  247  4e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0050  hypothetical protein  31.32 
 
 		 552 aa  246  6e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.259185 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0856  YidE/YbjL duplication  33.52 
 
 		 537 aa  246  8e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.682157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4141  YidE/YbjL duplication  32.97 
 
 		 530 aa  240  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1411  hypothetical protein  32.25 
 
 		 561 aa  236  1.0000000000000001e-60  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.540338 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01390  predicted permease  38.36 
 
 		 522 aa  233  9e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0562  hypothetical protein  29.76 
 
 		 558 aa  225  2e-57  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3956  YidE/YbjL duplication  34.25 
 
 		 530 aa  217  4e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17890  YidE/YbjL duplication  33.15 
 
 		 521 aa  216  9.999999999999999e-55  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.286246  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2351  YidE/YbjL duplication  33.27 
 
 		 531 aa  206  7e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000718232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2649  hypothetical protein  28.13 
 
 		 562 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1559  hypothetical protein  28.13 
 
 		 562 aa  167  4e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2734  hypothetical protein  28.13 
 
 		 562 aa  167  4e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02636  hypothetical protein  29.2 
 
 		 560 aa  167  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1362  hypothetical protein  27.59 
 
 		 561 aa  162  2e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0943  hypothetical protein  27.22 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1004  hypothetical protein  27.22 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.492051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1023  hypothetical protein  27.22 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0907  hypothetical protein  27.22 
 
 		 561 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0715  hypothetical protein  29.6 
 
 		 558 aa  158  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0975  hypothetical protein  27.04 
 
 		 561 aa  157  4e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0919  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  157  6e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00852  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2795  YidE/YbjL duplication  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0950  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2749  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00537739 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0874  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.938397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2485  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1001  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.588292  normal  0.272604 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00858  hypothetical protein  26.68 
 
 		 561 aa  156  8e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2029  hypothetical protein  27.77 
 
 		 560 aa  154  4e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0129834  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1639  hypothetical protein  27.31 
 
 		 562 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1686  hypothetical protein  26.58 
 
 		 562 aa  152  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0560693  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3938  YidE/YbjL duplication  26.24 
 
 		 559 aa  150  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1851  YidE/YbjL duplication  27.74 
 
 		 561 aa  149  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0417927  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003763  TrkA Potassium channel-family protein  28.24 
 
 		 511 aa  147  7.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.0000044665  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1952  hypothetical protein  26.22 
 
 		 562 aa  146  8.000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00456321  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1586  YidE/YbjL duplication  27.32 
 
 		 563 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0336544 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3841  YidE/YbjL duplication  26.7 
 
 		 565 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.660519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3839  YidE/YbjL duplication  28.21 
 
 		 562 aa  133  7.999999999999999e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.493509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2293  hypothetical protein  25.54 
 
 		 562 aa  133  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2393  hypothetical protein  25.68 
 
 		 562 aa  132  2.0000000000000002e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3045  YidE/YbjL duplication  28.52 
 
 		 560 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2143  hypothetical protein  26.13 
 
 		 562 aa  124  4e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2707  YidE/YbjL duplication  26.82 
 
 		 564 aa  124  5e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1985  YidE/YbjL duplication  26.36 
 
 		 561 aa  118  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0595755 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4847  putative transporter  26.85 
 
 		 567 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0674099  normal  0.346719 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4738  YidE/YbjL duplication  26.35 
 
 		 581 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0788  YidE/YbjL duplication  27.72 
 
 		 560 aa  114  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.442707 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0096  YidE/YbjL duplication  25.99 
 
 		 561 aa  113  1.0000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0519277  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1198  probable membrane permease  25.87 
 
 		 625 aa  105  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3482  YidE/YbjL duplication  26.09 
 
 		 563 aa  104  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0281  YidE/YbjL duplication  23.6 
 
 		 549 aa  102  2e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00426862  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03065  hypothetical protein  25.71 
 
 		 575 aa  101  4e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3893  aspartate/alanine exchanger family protein  28.01 
 
 		 560 aa  99.8  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2952  YidE/YbjL duplication  24.26 
 
 		 579 aa  95.5  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2708  YidE/YbjL duplication  25.54 
 
 		 561 aa  94.7  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504211  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3892  aspartate/alanine exchanger family protein  24.12 
 
 		 560 aa  91.7  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1872  YidE/YbjL duplication  31.13 
 
 		 376 aa  71.6  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.590768  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0300  YidE/YbjL duplication  30.48 
 
 		 384 aa  69.7  0.0000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0789  YidE/YbjL duplication  26.62 
 
 		 560 aa  64.7  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.437636 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>