More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1901 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1901  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
321 aa  653    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00273857  hitchhiker  0.00000000000094829 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1735  twin-arginine translocation pathway signal  72.1 
 
 
319 aa  484  1e-136  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0621  twin-arginine translocation pathway signal  41.64 
 
 
305 aa  216  4e-55  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000550698  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2802  NLPA lipoprotein  37.28 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000138117  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1130  twin-arginine translocation pathway signal  37.12 
 
 
305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.471389  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1973  NLPA lipoprotein  35.69 
 
 
335 aa  190  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000000524772  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2932  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  35.38 
 
 
346 aa  186  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0437  extracellular solute-binding protein family 3  36.86 
 
 
319 aa  181  1e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0271798  n/a   
 
 
-
 
NC_007595  Synpcc7942_B2629  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  36.96 
 
 
407 aa  176  6e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272886  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1540  nitrate/sulfonate/bicarbonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.52 
 
 
396 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1644  twin-arginine translocation pathway signal  30.07 
 
 
343 aa  171  1e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.76466  decreased coverage  0.00621187 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6747  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport system periplasmic component  37.78 
 
 
396 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.248513 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6513  twin-arginine translocation pathway signal  37.78 
 
 
396 aa  170  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.47119  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6336  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.97 
 
 
396 aa  169  7e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0457  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  37.29 
 
 
400 aa  168  1e-40  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0100  nitrate/nitrite/cyanate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  38.03 
 
 
396 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.227114  normal  0.537489 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3636  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  34.77 
 
 
401 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.429182  normal  0.917862 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2276  ABC transporter, periplasmic binding protein  35.1 
 
 
401 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.278656  normal  0.376143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2097  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  34.44 
 
 
401 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.531754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5823  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  38.06 
 
 
387 aa  153  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.437918  normal  0.494999 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1454  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components  35.93 
 
 
403 aa  151  2e-35  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0140123  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34510  hypothetical protein  34.11 
 
 
399 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531773  normal  0.0856491 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2931  hypothetical protein  33.33 
 
 
399 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0955897  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2834  twin-arginine translocation pathway signal  32.59 
 
 
411 aa  146  5e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.960299 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3487  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 
408 aa  143  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.847198 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3869  twin-arginine translocation pathway signal  33.91 
 
 
408 aa  143  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0223785 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3795  twin-arginine translocation pathway signal  34.33 
 
 
408 aa  142  6e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.296999 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0144  twin-arginine translocation pathway signal  35.06 
 
 
413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0308  twin-arginine translocation pathway signal  30.11 
 
 
414 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.263961 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0158  NLPA lipoprotein  31.18 
 
 
323 aa  130  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0163  NLPA lipoprotein  31.18 
 
 
323 aa  130  3e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2172  putative nitrate transporter component, nrtA  31.53 
 
 
460 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.210639  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1148  ABC transporter nitrate-binding protein  32.36 
 
 
453 aa  126  5e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.294193  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1307  ABC transporter nitrate-binding protein  32.04 
 
 
453 aa  126  6e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.870256  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3972  ABC transporter nitrate-binding protein  30.69 
 
 
471 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.338423  normal  0.174767 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2107  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like  31.99 
 
 
529 aa  125  1e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.287431  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3487  putative nitrate transporter component, nrtA  31.75 
 
 
464 aa  124  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2206  putative nitrate transporter component, NrtA  30.74 
 
 
457 aa  124  2e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0292  ABC transporter nitrate-binding protein  31.94 
 
 
451 aa  124  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2054  twin-arginine translocation pathway signal  29.41 
 
 
462 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.568287  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0033  sulfonate ABC transporter, periplasmic sulfonate-binding protein, putative  29.18 
 
 
417 aa  122  6e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2403  ABC transporter nitrate-binding protein  28.91 
 
 
462 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0310148  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0167  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  27.4 
 
 
466 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000521336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0967  twin-arginine translocation pathway signal  30.25 
 
 
427 aa  118  9.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.107328 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4457  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.25 
 
 
668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.631806 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4394  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.25 
 
 
668 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4663  ABC transporter nitrate-binding protein  30.65 
 
 
453 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.807584 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0997  ABC transporter nitrate-binding protein  28.49 
 
 
457 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2589  putative nitrate transporter component  27.81 
 
 
475 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200575 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3742  twin-arginine translocation pathway signal  29.67 
 
 
467 aa  114  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0330  putative nitrate transporter protein  29.96 
 
 
437 aa  112  8.000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0056  NO3-/NO2-ABC transporter  27.61 
 
 
405 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5415  putative nitrate ABC transporter (substrate-binding protein) (ntrA-like protein)  29.68 
 
 
461 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.411292  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0277  putative nitrate transporter protein  29.21 
 
 
434 aa  109  5e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2272  nitrate transporter periplasmic component  29.63 
 
 
423 aa  109  7.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2105  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  30.5 
 
 
427 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.187135  decreased coverage  0.00370566 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1703  nitrate transporter  29.17 
 
 
467 aa  108  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.543775 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4818  ABC transporter nitrate-binding protein  28.9 
 
 
456 aa  107  2e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.191179  hitchhiker  0.00821783 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0830  twin-arginine translocation pathway signal  29.09 
 
 
425 aa  108  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0216762 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9276  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  28.72 
 
 
355 aa  107  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3525  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  30.71 
 
 
669 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.769679 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2909  nitrate-binding proteint  27.8 
 
 
419 aa  107  4e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0964  putative nitrate transporter component  28.53 
 
 
486 aa  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.511943 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0327  nitrate transporter periplasmic component  28.62 
 
 
433 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0520  aliphatic sulfonate ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.57 
 
 
323 aa  103  3e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3843  NO3-/NO2-ABC transporter  27.14 
 
 
417 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0258  putative nitrate transporter protein  28.69 
 
 
426 aa  103  5e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.753989 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0237  putative nitrate transporter protein  28.69 
 
 
426 aa  102  6e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2377  twin-arginine translocation pathway signal  27.46 
 
 
426 aa  102  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4570  nitrate ABC transporter, ATPase subunits C and D  29.32 
 
 
668 aa  102  7e-21  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.177412  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3522  twin-arginine translocation pathway signal  27.88 
 
 
414 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4374  aliphatic sulfonates family ABC transporter, periplsmic ligand-binding protein  28.67 
 
 
378 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3774  putative nitrate transporter component, NrtA  27.49 
 
 
454 aa  100  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.944319  normal  0.102556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2094  nitrate-binding protein NasS, putative  29.86 
 
 
404 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.784638  normal  0.17268 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0589  nitrate transporter, putative  29.96 
 
 
432 aa  100  4e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.57136  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1785  nitrate-binding protein NasS, putative  28.41 
 
 
403 aa  100  4e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3267  twin-arginine translocation pathway signal  29.61 
 
 
414 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.159892  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2325  nitrate-binding proteint  26.97 
 
 
415 aa  100  5e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0381  putative nitrate transporter protein  28.09 
 
 
420 aa  99.4  8e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.492425 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3646  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  29.86 
 
 
404 aa  99  9e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2617  ABC transporter nitrate-binding protein  28.44 
 
 
454 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0708468 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1166  regulatory protein NasS, putative  30.54 
 
 
353 aa  98.6  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.241228  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1414  twin-arginine translocation pathway signal  28.46 
 
 
414 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.922981 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1411  ABC transporter, substrate-binding protein, aliphatic sulphonates  26.8 
 
 
320 aa  98.2  2e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.214398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1339  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transporter, periplasmic ligand binding protein  29.31 
 
 
353 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.413977 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1091  putative regulatory protein NasS  29.69 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.224559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0089  putative regulatory protein NasS  29.69 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.964988  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0332  putative regulatory protein NasS  29.69 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0240199  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1257  putative regulatory protein NasS  29.69 
 
 
353 aa  96.7  5e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0276079  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1541  nitrate-binding proteint  26.01 
 
 
419 aa  96.3  6e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1760  putative regulatory protein  29.26 
 
 
353 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0999  ABC transporter periplasmic protein  24.29 
 
 
431 aa  95.5  9e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2147  twin-arginine translocation pathway signal  26.87 
 
 
414 aa  95.5  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5674  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  25.88 
 
 
383 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.679378 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1047  ABC nitrate transporter, periplasmic ligand binding protein  26.07 
 
 
385 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.817619  normal  0.872745 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2733  nitrate-binding proteint  26.01 
 
 
419 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4404  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.51 
 
 
347 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.116895 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1605  nitrate-binding protein NasS  29.07 
 
 
421 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0550042 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3518  hypothetical protein  30.04 
 
 
402 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.94359  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3941  ABC-type nitrate/sulfonate/bicarbonate transport systems periplasmic components-like protein  27.51 
 
 
347 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0774649  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>