48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1852 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1852  SARP family transcriptional regulator  100 
 
 
212 aa  444  1.0000000000000001e-124  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  1.31253e-17  normal  0.969216 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1771  hypothetical protein  72 
 
 
215 aa  307  6.999999999999999e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1936  SARP family transcriptional regulator  59.57 
 
 
210 aa  249  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000001485  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  32.12 
 
 
1097 aa  91.7  7e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0590  transcriptional activator domain protein  31.87 
 
 
1163 aa  72.8  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.422877 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2653  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  24.1 
 
 
572 aa  65.1  0.0000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1512  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  24.02 
 
 
561 aa  62.8  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0226395 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  28.26 
 
 
990 aa  59.3  0.00000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2003  transcriptional regulator, SARP family  23.56 
 
 
867 aa  57.8  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.228987  hitchhiker  0.0000000440234 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  27.59 
 
 
1083 aa  57.8  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  31.58 
 
 
1108 aa  57  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1835  SARP family transcriptional regulator  27.47 
 
 
343 aa  53.9  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.338537  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3859  transcriptional regulator, SARP family  27.92 
 
 
261 aa  53.1  0.000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0112179  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0495  response regulator receiver and SARP domain protein  26.67 
 
 
365 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108458  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0404  TPR repeat-containing protein  25.45 
 
 
1055 aa  51.2  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2859  transcriptional activator domain protein  23.66 
 
 
999 aa  49.7  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5465  SARP family transcriptional regulator  25.17 
 
 
775 aa  49.7  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0253  response regulator receiver and SARP domain protein  29.14 
 
 
661 aa  49.3  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.52601  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4892  transcriptional activator domain-containing protein  22.15 
 
 
597 aa  49.7  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.123982 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_05450  DNA-binding transcriptional activator of the SARP family  26.54 
 
 
907 aa  48.5  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4174  transcriptional regulator, SARP family  26.09 
 
 
621 aa  48.5  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  25 
 
 
1204 aa  48.5  0.00007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3806  SARP family transcriptional regulator  23.67 
 
 
423 aa  48.1  0.00009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0119583  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0060  transcriptional activator domain-containing protein  26.43 
 
 
1145 aa  47.8  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1697  SARP family transcriptional regulator  26.74 
 
 
349 aa  47.8  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000546308  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3421  response regulator receiver and SARP domain protein  27.07 
 
 
300 aa  47  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.402524  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2956  transcriptional regulator, putative ATPase, winged helix family  25.71 
 
 
1339 aa  47  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00898983  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0709  transcriptional regulator, SARP family  23.29 
 
 
379 aa  46.2  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.122417  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0699  transcriptional activator domain-containing protein  24.43 
 
 
1094 aa  46.6  0.0003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00060152 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1624  SARP family transcriptional regulator  25.4 
 
 
349 aa  46.2  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1636  TPR repeat transcriptional activator domain-containing protein  24.04 
 
 
1126 aa  45.8  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  24.2 
 
 
1095 aa  45.8  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11293  transcriptional regulatory protein embR  28.46 
 
 
388 aa  45.4  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00670672  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4304  response regulator receiver and SARP domain protein  34.09 
 
 
349 aa  45.4  0.0007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0173  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  24.48 
 
 
1111 aa  45.1  0.0008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1614  response regulator receiver and SARP domain protein  23.81 
 
 
376 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.401218  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2272  transcriptional regulator domain protein  23.6 
 
 
925 aa  44.7  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0573653  hitchhiker  0.00120633 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0338  transcriptional regulator  25.65 
 
 
1193 aa  43.9  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.497277  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3523  transcriptional activator domain  33.68 
 
 
1055 aa  43.1  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2413  SARP family transcriptional regulator  26.45 
 
 
760 aa  43.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0215803  normal  0.881826 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13144  transcriptional regulator  26.27 
 
 
297 aa  42.7  0.004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.149221 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3347  transcriptional activator domain-containing protein  26.81 
 
 
1109 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3571  transcriptional regulator, SARP family  26.24 
 
 
954 aa  42  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0386  SARP family transcriptional regulator  29.14 
 
 
268 aa  42.4  0.006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.472284  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3701  SARP family transcriptional regulator  28.95 
 
 
1064 aa  42.4  0.006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000037794 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1607  hypothetical protein  23.7 
 
 
428 aa  42  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0910  transcriptional activator domain-containing protein  27.91 
 
 
1064 aa  41.6  0.009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1634  transcriptional regulator, winged helix family  28.32 
 
 
1058 aa  41.6  0.009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.453274  normal  0.125292 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>