More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1584 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1586  transcription elongation factor NusA  92.46 
 
 		 385 aa  684    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00876176  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1300  transcription elongation factor NusA  85.79 
 
 		 383 aa  638    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000861889  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1584  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 381 aa  766    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  normal  0.227689 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1899  transcription elongation factor NusA  88.83 
 
 		 383 aa  660    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000368219  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2983  transcription elongation factor NusA  86.03 
 
 		 382 aa  638    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.0049800000000001e-28 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0961  transcription elongation factor NusA  80.17 
 
 		 401 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.462921  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1553  transcription elongation factor NusA  77.26 
 
 		 406 aa  553  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  8.02973e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1667  transcription elongation factor NusA  74.11 
 
 		 385 aa  525  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  60.65 
 
 		 449 aa  436  1e-121  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  55.18 
 
 		 557 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  55.18 
 
 		 557 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  55.18 
 
 		 557 aa  412  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  53.57 
 
 		 475 aa  414  1e-114  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  55.18 
 
 		 556 aa  409  1e-113  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3855  NusA antitermination factor  56.57 
 
 		 538 aa  407  1.0000000000000001e-112  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0719337  normal  0.0942338 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  53.08 
 
 		 440 aa  395  1e-109  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  55.43 
 
 		 560 aa  391  1e-107  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  54.57 
 
 		 535 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  54.6 
 
 		 536 aa  390  1e-107  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  54.29 
 
 		 533 aa  388  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  53.48 
 
 		 536 aa  388  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  55.43 
 
 		 531 aa  386  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  54.57 
 
 		 537 aa  387  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  54.57 
 
 		 537 aa  387  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  54.04 
 
 		 545 aa  385  1e-106  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  54.04 
 
 		 545 aa  385  1e-106  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  54.57 
 
 		 535 aa  388  1e-106  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  53.71 
 
 		 538 aa  387  1e-106  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  54.73 
 
 		 544 aa  387  1e-106  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  55.27 
 
 		 541 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  53.54 
 
 		 536 aa  385  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  53.71 
 
 		 552 aa  386  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  53.14 
 
 		 534 aa  386  1e-106  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  54.57 
 
 		 545 aa  387  1e-106  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2431  transcription elongation factor NusA  53.58 
 
 		 428 aa  382  1e-105  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.786529  normal  0.585225 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  54.29 
 
 		 538 aa  384  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2515  transcription elongation factor NusA  52.01 
 
 		 443 aa  383  1e-105  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3161  transcription elongation factor NusA  51.88 
 
 		 429 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00111335  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  53.3 
 
 		 532 aa  384  1e-105  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  54.39 
 
 		 540 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  54.13 
 
 		 537 aa  383  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  54.13 
 
 		 537 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  51.37 
 
 		 404 aa  382  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  52.97 
 
 		 538 aa  381  1e-104  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  54.42 
 
 		 539 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0061  transcription elongation factor NusA  51.87 
 
 		 449 aa  379  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.941395  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  57.36 
 
 		 506 aa  379  1e-104  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  55.62 
 
 		 516 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  53.43 
 
 		 572 aa  376  1e-103  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  54.05 
 
 		 537 aa  376  1e-103  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2412  transcription elongation factor NusA  51.32 
 
 		 441 aa  373  1e-102  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.659924  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  54.25 
 
 		 365 aa  374  1e-102  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  55.07 
 
 		 506 aa  372  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  53.45 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  53.6 
 
 		 548 aa  365  1e-100  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  53.47 
 
 		 368 aa  362  6e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  52.41 
 
 		 384 aa  361  1e-98  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  51.97 
 
 		 544 aa  360  2e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  54.19 
 
 		 382 aa  360  3e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  53.8 
 
 		 523 aa  358  6e-98  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  53.47 
 
 		 368 aa  358  6e-98  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  54.46 
 
 		 377 aa  358  7e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  47.62 
 
 		 493 aa  358  9e-98  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  53.17 
 
 		 366 aa  358  9e-98  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  53.17 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 368 aa  357  1.9999999999999998e-97  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  52.87 
 
 		 381 aa  355  1e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  52.99 
 
 		 383 aa  354  1e-96  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  51.5 
 
 		 346 aa  350  2e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  49.58 
 
 		 373 aa  350  2e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  49.44 
 
 		 380 aa  347  2e-94  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  48.66 
 
 		 534 aa  344  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  51.14 
 
 		 544 aa  343  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  50.28 
 
 		 535 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  50.28 
 
 		 535 aa  342  5e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  54.18 
 
 		 529 aa  342  5.999999999999999e-93  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  52.06 
 
 		 538 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  48.88 
 
 		 382 aa  338  9.999999999999999e-92  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  49.41 
 
 		 444 aa  333  3e-90  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  49.71 
 
 		 359 aa  333  3e-90  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  49.71 
 
 		 442 aa  333  4e-90  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  50.29 
 
 		 378 aa  332  5e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  49.71 
 
 		 442 aa  332  6e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  48.81 
 
 		 493 aa  331  1e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4218  NusA antitermination factor  51.47 
 
 		 534 aa  330  2e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.0000184689  normal  0.152678 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  47.06 
 
 		 559 aa  330  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  48.62 
 
 		 568 aa  329  4e-89  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  50.45 
 
 		 372 aa  328  8e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  48.66 
 
 		 360 aa  328  9e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  47.92 
 
 		 498 aa  322  8e-87  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  47.55 
 
 		 391 aa  320  1.9999999999999998e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  47.55 
 
 		 391 aa  320  1.9999999999999998e-86  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  47.08 
 
 		 493 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  47.08 
 
 		 493 aa  319  3.9999999999999996e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>