More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1578 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  77.63 
 
 
880 aa  1377    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  39.98 
 
 
907 aa  659    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  51.31 
 
 
888 aa  895    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  62.61 
 
 
875 aa  1112    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  100 
 
 
880 aa  1797    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  43.83 
 
 
898 aa  730    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  65.95 
 
 
875 aa  1219    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  43.26 
 
 
896 aa  724    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  44.47 
 
 
892 aa  753    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  45.13 
 
 
902 aa  744    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  62.73 
 
 
875 aa  1120    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  46.89 
 
 
888 aa  827    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  51.2 
 
 
880 aa  924    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  56.78 
 
 
881 aa  990    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  42.41 
 
 
904 aa  708    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  40.81 
 
 
905 aa  615  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  36.51 
 
 
880 aa  577  1.0000000000000001e-163  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  35.61 
 
 
877 aa  577  1.0000000000000001e-163  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.38 
 
 
877 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  36.36 
 
 
890 aa  547  1e-154  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  35.23 
 
 
883 aa  540  9.999999999999999e-153  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  36.56 
 
 
867 aa  542  9.999999999999999e-153  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  37.09 
 
 
873 aa  538  1e-151  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  35.71 
 
 
863 aa  530  1e-149  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  35.59 
 
 
863 aa  528  1e-148  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  36.45 
 
 
873 aa  487  1e-136  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  37.52 
 
 
845 aa  469  9.999999999999999e-131  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  32.99 
 
 
859 aa  468  9.999999999999999e-131  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  31.84 
 
 
885 aa  456  1e-127  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  34.72 
 
 
874 aa  457  1e-127  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.15 
 
 
903 aa  450  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  34.82 
 
 
769 aa  446  1.0000000000000001e-124  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  32.57 
 
 
904 aa  445  1e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  34.94 
 
 
872 aa  437  1e-121  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  41.67 
 
 
1077 aa  437  1e-121  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  32.27 
 
 
865 aa  437  1e-121  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  32.72 
 
 
909 aa  431  1e-119  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  32.04 
 
 
907 aa  419  1e-116  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.25 
 
 
903 aa  421  1e-116  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.63 
 
 
903 aa  417  9.999999999999999e-116  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  31.31 
 
 
909 aa  400  9.999999999999999e-111  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.1 
 
 
854 aa  357  5.999999999999999e-97  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.18 
 
 
847 aa  305  3.0000000000000004e-81  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.48 
 
 
821 aa  288  2e-76  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  35.7 
 
 
432 aa  265  3e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  33.09 
 
 
388 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  29.36 
 
 
450 aa  191  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.36 
 
 
450 aa  191  7e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  34.18 
 
 
404 aa  184  7e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  38.65 
 
 
374 aa  174  5.999999999999999e-42  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  30.83 
 
 
418 aa  174  9e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  29.73 
 
 
418 aa  172  2e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  27.46 
 
 
416 aa  170  9e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  33.63 
 
 
383 aa  169  2.9999999999999998e-40  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  27.87 
 
 
567 aa  153  2e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.64 
 
 
422 aa  137  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.05 
 
 
468 aa  127  7e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.78 
 
 
495 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.5 
 
 
484 aa  124  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  35.78 
 
 
479 aa  118  5e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.28 
 
 
469 aa  118  6e-25  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.05 
 
 
471 aa  117  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  34.04 
 
 
477 aa  115  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  29.22 
 
 
403 aa  115  4.0000000000000004e-24  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.08 
 
 
475 aa  114  6e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  33.76 
 
 
483 aa  113  2.0000000000000002e-23  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.33 
 
 
483 aa  112  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.55 
 
 
561 aa  110  1e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  33.19 
 
 
474 aa  109  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  31.2 
 
 
470 aa  109  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.52 
 
 
415 aa  105  4e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.93 
 
 
415 aa  105  4e-21  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  38.93 
 
 
377 aa  104  6e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.42 
 
 
415 aa  104  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.56 
 
 
471 aa  103  1e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.33 
 
 
415 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  40.84 
 
 
448 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.18 
 
 
489 aa  101  6e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  30.24 
 
 
418 aa  100  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  28.62 
 
 
476 aa  100  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.02 
 
 
418 aa  100  1e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  31.09 
 
 
475 aa  99.4  3e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  41.36 
 
 
404 aa  97.4  9e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1064  polynucleotide adenylyltransferase region  27.78 
 
 
423 aa  96.7  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.191372  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  26.36 
 
 
454 aa  95.5  4e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.14 
 
 
484 aa  94.4  8e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.2 
 
 
415 aa  94.4  8e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0314  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  24.85 
 
 
498 aa  92.4  4e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000179563  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1710  tRNA adenylyltransferase  34.76 
 
 
394 aa  90.1  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.141453  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.78 
 
 
499 aa  89.4  3e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  30.58 
 
 
483 aa  88.2  5e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  24.57 
 
 
450 aa  88.2  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  23.93 
 
 
399 aa  88.2  6e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4574  HDIG domain-containing protein  32.78 
 
 
485 aa  88.2  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.119435 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3833  polynucleotide adenylyltransferase region  26.05 
 
 
422 aa  87.8  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0065  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.97 
 
 
467 aa  87.8  9e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000449224  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2651  DHH family protein  28.71 
 
 
652 aa  87.4  9e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0151664  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2973  DHH family protein  28.71 
 
 
652 aa  87.4  0.000000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2667  multifunctional tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase/phosphatase  33.19 
 
 
410 aa  86.7  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0372  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.76 
 
 
450 aa  85.9  0.000000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>