More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1513 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
246 aa  508  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3112  regulatory protein, LuxR  36.07 
 
 
250 aa  181  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
242 aa  106  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  38.38 
 
 
244 aa  105  9e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4147  transcriptional regulator, LuxR family  30.15 
 
 
242 aa  103  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  34.82 
 
 
243 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5040  LuxR family transcriptional regulator  28.94 
 
 
229 aa  98.6  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350334  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  29.2 
 
 
321 aa  98.2  9e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  32.64 
 
 
242 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  37.3 
 
 
253 aa  97.8  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2957  transcriptional regulator protein  34.69 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.923766  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1858  regulatory protein, LuxR  31.89 
 
 
240 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.968511  normal  0.429654 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
248 aa  92.8  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1442  transcriptional regulator, LuxR family  29.61 
 
 
245 aa  92.4  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.600459  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0127  transcriptional regulator, LuxR family  29.57 
 
 
236 aa  92.4  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2997  LuxR family transcriptional regulator  32.4 
 
 
250 aa  91.7  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.665573 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
247 aa  91.3  1e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
239 aa  90.5  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2087  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.05 
 
 
425 aa  90.9  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.417065  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1836  transcriptional regulator, LuxR family  27.46 
 
 
245 aa  90.9  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.28867  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2048  transcriptional regulator, LuxR family  30.27 
 
 
240 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0912162  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
239 aa  90.1  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1443  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0444  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.853961  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2171  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0944598  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0854  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  89  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.777865  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0542  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
238 aa  89  6e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  29.95 
 
 
250 aa  89  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0791  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0720  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0182  LuxR family transcriptional regulator  29.08 
 
 
247 aa  88.2  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00268604  hitchhiker  0.00000585836 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1863  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.33 
 
 
394 aa  87  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00465528  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  32.09 
 
 
307 aa  87.4  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
268 aa  86.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  33.87 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  30.05 
 
 
248 aa  86.3  5e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
239 aa  85.9  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.41 
 
 
240 aa  85.5  7e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.41 
 
 
240 aa  85.5  7e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.41 
 
 
240 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1547  LuxR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
245 aa  85.5  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1655  LuxR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
245 aa  85.5  8e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1715  LuxR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
245 aa  85.5  8e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00270807  hitchhiker  0.000116776 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  29.41 
 
 
240 aa  84.7  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.41 
 
 
240 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  33.69 
 
 
239 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  31.34 
 
 
254 aa  84.3  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  29.27 
 
 
247 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  34.52 
 
 
234 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  30.68 
 
 
260 aa  83.2  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2503  DNA-binding transcriptional activator SdiA  31.05 
 
 
240 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000339648  normal  0.514976 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  29.32 
 
 
239 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7112  LuxR family transcriptional regulator  26.53 
 
 
242 aa  81.6  0.000000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0985225  normal  0.773577 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
244 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4299  LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
237 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.190696 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4980  LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
237 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3180  LuxR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
237 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.100011 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 
237 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4428  transcriptional regulator, LuxR family  27.07 
 
 
245 aa  80.9  0.00000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.88 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  28.88 
 
 
240 aa  80.9  0.00000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 
237 aa  80.5  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
242 aa  80.5  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.78 
 
 
247 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
228 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4439  LuxR family transcriptional regulator  30.45 
 
 
234 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  32.22 
 
 
243 aa  79  0.00000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  32.22 
 
 
243 aa  78.6  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0805  LuxR family transcriptional regulator  29.57 
 
 
230 aa  78.6  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.565309  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.69 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.69 
 
 
240 aa  78.6  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  30.36 
 
 
236 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  30.81 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5462  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
245 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0627  LuxR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
241 aa  78.2  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.253164  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.69 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  31.11 
 
 
243 aa  77.8  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.69 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  29.69 
 
 
240 aa  78.2  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  30.58 
 
 
233 aa  78.2  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  31.58 
 
 
247 aa  77  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  30.43 
 
 
237 aa  77.4  0.0000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3321  LuxR family transcriptional regulator  30 
 
 
240 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0641  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0312274  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
234 aa  77  0.0000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2729  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0930619  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2672  ATP-dependent transcription regulator LuxR  33.87 
 
 
241 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>