More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1392 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  100 
 
 		 286 aa  570  1.0000000000000001e-162  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  72.54 
 
 		 286 aa  369  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  61.13 
 
 		 289 aa  335  7e-91  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  59.86 
 
 		 290 aa  300  2e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  59.86 
 
 		 290 aa  293  2e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  51.44 
 
 		 283 aa  257  2e-67  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  41.43 
 
 		 279 aa  234  9e-61  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 293 aa  229  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  44.65 
 
 		 284 aa  219  5e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  38.73 
 
 		 280 aa  217  1e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  42.09 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  41.64 
 
 		 277 aa  217  2e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 277 aa  215  5e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  41.58 
 
 		 308 aa  213  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 277 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  43.57 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 277 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  41.73 
 
 		 277 aa  211  9e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 277 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  42.21 
 
 		 298 aa  210  2e-53  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  40 
 
 		 278 aa  210  2e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  41.37 
 
 		 277 aa  208  7e-53  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  40.5 
 
 		 298 aa  208  8e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 289 aa  206  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  40.86 
 
 		 291 aa  205  6e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 277 aa  203  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  42.91 
 
 		 276 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  43.45 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  38.36 
 
 		 279 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  43.45 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 288 aa  197  2.0000000000000003e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  44.03 
 
 		 297 aa  196  3e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  41.75 
 
 		 288 aa  196  4.0000000000000005e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  37.13 
 
 		 294 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.2 
 
 		 289 aa  195  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  40.47 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.86 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  36.14 
 
 		 284 aa  193  3e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  36.77 
 
 		 280 aa  192  6e-48  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  38.57 
 
 		 286 aa  188  7e-47  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  38.03 
 
 		 289 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  40.36 
 
 		 286 aa  185  7e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  39.93 
 
 		 286 aa  183  3e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  42.11 
 
 		 288 aa  183  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.25 
 
 		 273 aa  179  4.999999999999999e-44  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  45.96 
 
 		 295 aa  178  8e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  38.3 
 
 		 285 aa  177  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  36.19 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  39.02 
 
 		 280 aa  176  3e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  40.79 
 
 		 295 aa  176  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  37.58 
 
 		 301 aa  175  6e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2675  shikimate 5-dehydrogenase  40.14 
 
 		 289 aa  175  7e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  37.01 
 
 		 275 aa  174  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  35.92 
 
 		 286 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  34.03 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  36.01 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  35.86 
 
 		 286 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 269 aa  171  1e-41  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  41.89 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  35.37 
 
 		 290 aa  171  1e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 285 aa  170  3e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  37.41 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  36.65 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  36.24 
 
 		 288 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  35.89 
 
 		 288 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  36.65 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  34.95 
 
 		 286 aa  166  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30051  shikimate 5-dehydrogenase  35.55 
 
 		 322 aa  166  4e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.355106 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  40.57 
 
 		 279 aa  166  5e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  41.13 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1998  shikimate dehydrogenase  38.63 
 
 		 269 aa  166  5e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1688  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 268 aa  166  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.8714  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1653  shikimate 5-dehydrogenase  35.21 
 
 		 268 aa  166  5.9999999999999996e-40  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1889  shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 288 aa  165  9e-40  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  42.61 
 
 		 282 aa  163  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 284 aa  162  5.0000000000000005e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 286 aa  161  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.99 
 
 		 283 aa  160  2e-38  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2761  shikimate 5-dehydrogenase  42.65 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  41.7 
 
 		 283 aa  160  3e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  32.38 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0500  shikimate 5-dehydrogenase  40.91 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.645133  normal  0.846515 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  43.53 
 
 		 284 aa  159  6e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  35.38 
 
 		 289 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  32.74 
 
 		 311 aa  158  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  42.7 
 
 		 283 aa  157  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  37.26 
 
 		 278 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  37.1 
 
 		 288 aa  156  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>