More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1217 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  100 
 
 		 258 aa  515  1.0000000000000001e-145  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  80 
 
 		 247 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  70.17 
 
 		 239 aa  337  9.999999999999999e-92  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  63.64 
 
 		 266 aa  331  9e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.8005300000000004e-32 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  68.09 
 
 		 266 aa  327  1.0000000000000001e-88  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000212991  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  61.69 
 
 		 271 aa  310  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  62.39 
 
 		 274 aa  294  8e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.98 
 
 		 236 aa  265  5e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.66 
 
 		 237 aa  263  2e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000010493  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  56.65 
 
 		 251 aa  257  1e-67  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  54.47 
 
 		 309 aa  255  6e-67  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  51.39 
 
 		 329 aa  242  3.9999999999999997e-63  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  51.39 
 
 		 324 aa  241  6e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  50.43 
 
 		 264 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.6 
 
 		 328 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.68 
 
 		 239 aa  237  1e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  48.48 
 
 		 235 aa  235  5.0000000000000005e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.81 
 
 		 240 aa  234  9e-61  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  53.19 
 
 		 273 aa  233  3e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  51.71 
 
 		 243 aa  231  6e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  50 
 
 		 243 aa  228  7e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000780288  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.56 
 
 		 249 aa  226  2e-58  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  49.15 
 
 		 242 aa  222  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.15 
 
 		 242 aa  222  4e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.15 
 
 		 242 aa  222  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  49.14 
 
 		 236 aa  222  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.15 
 
 		 242 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.15 
 
 		 242 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  49.15 
 
 		 242 aa  222  6e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  52.81 
 
 		 238 aa  221  7e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  45.66 
 
 		 230 aa  221  7e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 242 aa  221  8e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  48.56 
 
 		 354 aa  221  8e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  48.72 
 
 		 242 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 242 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.29 
 
 		 242 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000641699 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 242 aa  219  5e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  47.47 
 
 		 680 aa  218  6e-56  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  46.41 
 
 		 245 aa  215  5e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000206154 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  47.66 
 
 		 245 aa  213  1.9999999999999998e-54  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  46.32 
 
 		 239 aa  213  2.9999999999999995e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 403 aa  212  3.9999999999999995e-54  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000449556 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  49.37 
 
 		 255 aa  212  4.9999999999999996e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  46.55 
 
 		 406 aa  211  7.999999999999999e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.72 
 
 		 249 aa  209  3e-53  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  42.68 
 
 		 244 aa  208  6e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.58 
 
 		 245 aa  207  2e-52  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  47.41 
 
 		 556 aa  206  3e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  51.08 
 
 		 253 aa  206  3e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 236 aa  204  9e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000045472  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 265 aa  204  1e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  45.18 
 
 		 238 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  45.69 
 
 		 243 aa  202  4e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  45.38 
 
 		 274 aa  202  4e-51  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.91 
 
 		 236 aa  202  4e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  46.75 
 
 		 621 aa  202  5e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  46.38 
 
 		 553 aa  202  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  47.84 
 
 		 567 aa  202  5e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.51 
 
 		 239 aa  202  6e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  45.38 
 
 		 296 aa  201  9e-51  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  43.28 
 
 		 241 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  51.95 
 
 		 250 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 624 aa  200  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 329 aa  200  1.9999999999999998e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15190  pseudouridine synthase family protein  47.39 
 
 		 284 aa  199  3e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0192942  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  46.55 
 
 		 426 aa  199  3e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  45.67 
 
 		 279 aa  198  9e-50  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11726  hypothetical protein  49.15 
 
 		 254 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.473369 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 306 aa  196  3e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  47.44 
 
 		 247 aa  196  4.0000000000000005e-49  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.35 
 
 		 269 aa  194  9e-49  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.28 
 
 		 255 aa  194  1e-48  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14070  pseudouridine synthase family protein  45.26 
 
 		 318 aa  194  1e-48  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41 
 
 		 240 aa  193  2e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 322 aa  193  2e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.64 
 
 		 251 aa  194  2e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  48.28 
 
 		 728 aa  192  3e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000926536  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  48.29 
 
 		 233 aa  192  3e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  41.88 
 
 		 239 aa  192  4e-48  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000355614  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2929  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.48 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.48 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.916857  normal  0.0913763 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2973  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.48 
 
 		 247 aa  192  5e-48  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  49.38 
 
 		 268 aa  191  7e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  43.29 
 
 		 263 aa  191  8e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3495  pseudouridine synthase  46.15 
 
 		 247 aa  191  8e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0394567  normal  0.217284 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  46.15 
 
 		 375 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  44.77 
 
 		 251 aa  191  1e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  47.19 
 
 		 245 aa  190  2e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1557  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1581  pseudouridine synthase  44.35 
 
 		 252 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2989  pseudouridine synthase  44.02 
 
 		 280 aa  189  5.999999999999999e-47  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.340471  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  40 
 
 		 251 aa  188  5.999999999999999e-47  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 		 238 aa  188  7e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000912353  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  46.47 
 
 		 379 aa  188  7e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0976  pseudouridine synthase  46.58 
 
 		 694 aa  187  1e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0989035  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  47.13 
 
 		 386 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  47.13 
 
 		 386 aa  187  2e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.59 
 
 		 252 aa  186  3e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  42.7 
 
 		 282 aa  186  3e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.297072 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>