More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1102 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1102  30S ribosomal protein S1  100 
 
 		 401 aa  800    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000946853  normal  0.0119462 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1200  30S ribosomal protein S1  71.89 
 
 		 402 aa  592  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000802868  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2939  30S ribosomal protein S1  67.01 
 
 		 403 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000314771  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3269  30S ribosomal protein S1  62.09 
 
 		 400 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0991  30S ribosomal protein S1  62.09 
 
 		 400 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2672  30S ribosomal protein S1  53.85 
 
 		 399 aa  413  1e-114  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0750  30S ribosomal protein S1  60.34 
 
 		 407 aa  404  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0016093  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2022  30S ribosomal protein S1  44.07 
 
 		 472 aa  286  2.9999999999999996e-76  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000578746  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0309  30S ribosomal protein S1  40.49 
 
 		 564 aa  265  8.999999999999999e-70  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.470191 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2011  30S ribosomal protein S1  40.62 
 
 		 482 aa  258  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1207  30S ribosomal protein S1  41.26 
 
 		 489 aa  254  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000450379  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0546  RNA binding S1 domain protein  40.1 
 
 		 410 aa  253  6e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1610  30S ribosomal protein S1  38.7 
 
 		 487 aa  250  3e-65  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2122  30S ribosomal protein S1  38.52 
 
 		 492 aa  246  4e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000709036  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1882  30S ribosomal protein S1  39.33 
 
 		 573 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  6.48438e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.7 
 
 		 676 aa  243  3e-63  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2145  ribosomal protein S1  39.89 
 
 		 573 aa  241  2e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000142665  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 568 aa  237  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000189842  unclonable  0.0000000000588279 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 568 aa  237  3e-61  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  37.76 
 
 		 556 aa  236  4e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.00000348916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0931  30S ribosomal protein S1  38.75 
 
 		 561 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 560 aa  236  6e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0507  30S ribosomal protein S1  35.41 
 
 		 574 aa  236  7e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.762722  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  236  7e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000015623  hitchhiker  0.000000568585 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  38.29 
 
 		 555 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000721785  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 555 aa  235  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  35.88 
 
 		 557 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  36.24 
 
 		 551 aa  234  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000269635  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  37.25 
 
 		 561 aa  233  3e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.0000762655  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 		 558 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1772  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 		 558 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0551844 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000984925  unclonable  0.00000000000376809 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000133831  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 		 558 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  38.07 
 
 		 558 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0235  30S ribosomal protein S1  35.82 
 
 		 577 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  unclonable  0.00000120876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000132225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000546021  unclonable  0.0000133254 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1924  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000191049  unclonable  0.0000000000752303 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2054  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  5e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000199699  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  5e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.000000796646  unclonable  0.000000000124259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2402  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 555 aa  233  6e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 		 555 aa  233  6e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000879863  unclonable  0.000000000196055 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 555 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000214666  unclonable  0.00000523034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 555 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000968358  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1350  ribosomal protein S1  38.95 
 
 		 579 aa  232  8.000000000000001e-60  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000154477  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  36.39 
 
 		 559 aa  232  9e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 559 aa  232  9e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23330  30S ribosomal protein S1  36.13 
 
 		 559 aa  232  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000169607  hitchhiker  0.00388994 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  36.36 
 
 		 563 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0147  30S ribosomal protein S1  35.11 
 
 		 575 aa  232  1e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.0000000164989  normal  0.503273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2163  30S ribosomal protein S1  36.47 
 
 		 559 aa  232  1e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0054934  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 555 aa  231  2e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000389287  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2335  30S ribosomal protein S1  36.58 
 
 		 553 aa  230  3e-59  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00568908  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3255  30S ribosomal protein S1  37.86 
 
 		 584 aa  230  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000271492  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2123  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 555 aa  230  3e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000359988  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3385  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  42.86 
 
 		 661 aa  230  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000070499  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 557 aa  230  4e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0995  30S ribosomal protein S1  37.86 
 
 		 584 aa  230  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 677 aa  230  4e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 558 aa  229  5e-59  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  35.96 
 
 		 561 aa  229  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1467  30S ribosomal protein S1  39.02 
 
 		 584 aa  229  6e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000364254  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1376  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 558 aa  229  7e-59  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  36.29 
 
 		 560 aa  229  7e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1372  30S ribosomal protein S1  36.57 
 
 		 558 aa  229  8e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1329  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.76 
 
 		 736 aa  228  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000119457  normal  0.0289615 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1753  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 555 aa  228  2e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000374073  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  35.71 
 
 		 560 aa  228  2e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1154  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  36.27 
 
 		 672 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.225673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  37.22 
 
 		 560 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1702  30S ribosomal protein S1  34.33 
 
 		 577 aa  226  4e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  35.43 
 
 		 561 aa  226  5.0000000000000005e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  36.86 
 
 		 556 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000598437  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  37.43 
 
 		 556 aa  226  6e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1413  30S ribosomal protein S1  36.31 
 
 		 555 aa  226  7e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0578612  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  37.43 
 
 		 556 aa  226  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000113511  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00915  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.792164  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2732  ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000185762  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000956942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000383759  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.00000000848151  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000560944  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  38 
 
 		 557 aa  225  9e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 569 aa  225  1e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  37.71 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  225  1e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  37.22 
 
 		 561 aa  224  2e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000537264  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 559 aa  224  3e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000421469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  37.54 
 
 		 565 aa  223  3e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  33.77 
 
 		 558 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  36.75 
 
 		 559 aa  223  3e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000113977  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0976  30S ribosomal protein S1  37.14 
 
 		 547 aa  224  3e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00186692  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  38 
 
 		 557 aa  223  3e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>