More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0977 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0977  shikimate kinase  100 
 
 		 168 aa  334  2.9999999999999997e-91  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.937224  normal  0.13223 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1819  shikimate kinase  63.25 
 
 		 169 aa  211  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2026  shikimate kinase  64.02 
 
 		 175 aa  210  7.999999999999999e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2661  Shikimate kinase  56.97 
 
 		 170 aa  191  5e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000463113 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1555  shikimate kinase  54.55 
 
 		 170 aa  188  2.9999999999999997e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.436884  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1591  Shikimate kinase  56.55 
 
 		 175 aa  169  2e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0528  shikimate kinase  43.83 
 
 		 168 aa  136  1e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.361692  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1517  shikimate kinase  39.13 
 
 		 171 aa  135  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1700  Shikimate kinase  40.94 
 
 		 172 aa  134  4e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0528  Shikimate kinase  40.48 
 
 		 166 aa  134  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.276227  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06110  Shikimate kinase  45.86 
 
 		 171 aa  131  3.9999999999999996e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3534  Shikimate kinase  42.42 
 
 		 207 aa  130  6.999999999999999e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2486  Shikimate kinase  46.95 
 
 		 192 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1556  shikimate kinase  44.65 
 
 		 173 aa  125  3e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.367363 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2745  shikimate kinase  40.48 
 
 		 173 aa  124  5e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.164945  normal  0.272805 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0894  shikimate kinase  43.45 
 
 		 190 aa  124  7e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00120765  hitchhiker  0.000836884 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1020  shikimate kinase  36.97 
 
 		 177 aa  124  7e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1220  shikimate kinase  40.94 
 
 		 190 aa  122  2e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.455019  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3524  Shikimate kinase  42.67 
 
 		 169 aa  122  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.236256  normal  0.835023 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1855  shikimate kinase  39.49 
 
 		 181 aa  122  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1330  Shikimate kinase  43.4 
 
 		 219 aa  121  5e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0593402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1506  shikimate kinase  40.74 
 
 		 184 aa  120  7e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0165  Shikimate kinase  39.39 
 
 		 172 aa  119  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2745  Shikimate kinase  41.51 
 
 		 181 aa  119  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.11158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0781  shikimate kinase  39.02 
 
 		 170 aa  119  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.275347  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0658  shikimate kinase  41.92 
 
 		 178 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2345  shikimate kinase  39.02 
 
 		 199 aa  119  3e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1942  Shikimate kinase  41.07 
 
 		 167 aa  116  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.195968  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2258  shikimate kinase  42.17 
 
 		 177 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_49363  predicted protein  43.62 
 
 		 277 aa  115  1.9999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.130562  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0837  shikimate kinase  37.36 
 
 		 190 aa  115  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.8297  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2549  Shikimate kinase  41.57 
 
 		 189 aa  114  5e-25  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2761  shikimate kinase  42.68 
 
 		 179 aa  114  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2137  shikimate kinase  38.41 
 
 		 174 aa  114  6e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.628527  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1763  shikimate kinase  36.26 
 
 		 264 aa  114  6.9999999999999995e-25  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1804  Shikimate kinase  44.24 
 
 		 172 aa  114  8.999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0346  shikimate kinase  37.5 
 
 		 191 aa  113  1.0000000000000001e-24  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0091  shikimate kinase  42.17 
 
 		 173 aa  112  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.10625 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0553  shikimate kinase  40 
 
 		 181 aa  112  2.0000000000000002e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.387005  normal  0.100064 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0882  Shikimate kinase  39.88 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.314525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3029  Shikimate kinase  41.1 
 
 		 190 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.194702  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0734  shikimate kinase  39.88 
 
 		 179 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0946  shikimate kinase  38.92 
 
 		 199 aa  112  3e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.133424  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1799  shikimate kinase  39.38 
 
 		 191 aa  111  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.279615  normal  0.998322 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2456  shikimate kinase  37.5 
 
 		 170 aa  111  6e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.209695  normal  0.679915 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02051  shikimate kinase  37.27 
 
 		 192 aa  111  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1899  Shikimate kinase  36.31 
 
 		 184 aa  110  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000431404 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2922  shikimate kinase  38.51 
 
 		 165 aa  110  8.000000000000001e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1731  shikimate kinase  43.24 
 
 		 180 aa  110  1.0000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.083399 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4020  shikimate kinase  39.88 
 
 		 181 aa  110  1.0000000000000001e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.263055  normal  0.623088 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0994  shikimate kinase I  36.9 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0963  shikimate kinase I  36.9 
 
 		 175 aa  109  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4089  shikimate kinase  35.4 
 
 		 165 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4053  shikimate kinase  36.88 
 
 		 197 aa  108  3e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.477248  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0979  Shikimate kinase  36.25 
 
 		 187 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0506883 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02182  shikimate kinase  37.5 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0952  Shikimate kinase  36.25 
 
 		 187 aa  108  3e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1529  shikimate kinase  35.93 
 
 		 180 aa  108  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.140024  normal  0.642585 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0505  shikimate kinase  38.69 
 
 		 200 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0294  shikimate kinase  39.88 
 
 		 204 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4313  shikimate kinase  34.73 
 
 		 170 aa  108  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1406  shikimate kinase  35.67 
 
 		 202 aa  107  5e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.812389  normal  0.370393 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0111  shikimate kinase  36.65 
 
 		 185 aa  108  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1297  shikimate 5-dehydrogenase  43.37 
 
 		 458 aa  107  6e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2092  shikimate kinase II  40.61 
 
 		 175 aa  107  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.300334  normal  0.0606791 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2817  shikimate kinase  35.93 
 
 		 181 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.248239  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0893  shikimate kinase  34.78 
 
 		 165 aa  107  8.000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3987  shikimate kinase  34.78 
 
 		 165 aa  107  9.000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.585593  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1479  shikimate kinase  35.93 
 
 		 193 aa  107  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.298287  normal  0.404477 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0989  shikimate kinase  40.48 
 
 		 189 aa  107  1e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.764928  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0652  shikimate kinase  38 
 
 		 195 aa  106  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3036  shikimate kinase  39.38 
 
 		 180 aa  106  1e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4255  shikimate kinase  34.78 
 
 		 165 aa  106  1e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0441  shikimate kinase  35.37 
 
 		 176 aa  106  1e-22  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.567872  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3977  shikimate kinase  34.78 
 
 		 165 aa  106  2e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.537604  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4366  shikimate kinase  35.4 
 
 		 165 aa  105  2e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0692  shikimate kinase  35.62 
 
 		 180 aa  106  2e-22  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0786  shikimate kinase  41.61 
 
 		 174 aa  105  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1718  shikimate kinase  37.58 
 
 		 208 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.825758  normal  0.851225 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3596  shikimate kinase  40.41 
 
 		 196 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4137  shikimate kinase  35.4 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.151576  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  35.15 
 
 		 593 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4457  shikimate kinase  35.4 
 
 		 165 aa  105  3e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.745283  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0535  shikimate kinase  37.5 
 
 		 205 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.74412  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0490  shikimate kinase  40.12 
 
 		 224 aa  105  3e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01231  shikimate kinase  36.02 
 
 		 185 aa  105  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  35.37 
 
 		 591 aa  104  4e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0611  shikimate kinase  35.62 
 
 		 180 aa  105  4e-22  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.78726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2399  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.94 
 
 		 328 aa  105  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.125376 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00028  shikimate kinase I  37.5 
 
 		 172 aa  105  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2532  shikimate kinase  39.13 
 
 		 173 aa  104  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2722  shikimate kinase I  37.5 
 
 		 172 aa  104  5e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1431  shikimate kinase  35.71 
 
 		 196 aa  104  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.373345  normal  0.0895571 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_407  shikimate kinase  34.76 
 
 		 176 aa  104  5e-22  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01201  shikimate kinase  33.93 
 
 		 185 aa  104  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1516  shikimate kinase  35.67 
 
 		 197 aa  104  6e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.681098 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01241  shikimate kinase  36.02 
 
 		 185 aa  104  6e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  38.79 
 
 		 615 aa  104  7e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3889  shikimate kinase  39.04 
 
 		 196 aa  104  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.090563  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  39.86 
 
 		 594 aa  103  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>