142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0609 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0609  radical SAM family protein  100 
 
 
603 aa  1237  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00147953  hitchhiker  0.00191958 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3187  Radical SAM domain protein  65.28 
 
 
607 aa  807  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00436822  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1897  Fe-S oxidoreductase  64.09 
 
 
625 aa  783  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.17655e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0915  Radical SAM domain protein  68.78 
 
 
599 aa  856  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0556  radical SAM domain-containing protein  67.84 
 
 
623 aa  843  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.837617  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1052  radical SAM domain-containing protein  68.2 
 
 
605 aa  851  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.173598  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3346  Radical SAM domain protein  69.86 
 
 
598 aa  872  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0576598 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2873  radical SAM domain-containing protein  76.92 
 
 
605 aa  902  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.344485  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1094  hypothetical protein  48.99 
 
 
639 aa  625  1e-178  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0145194  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0746  Radical SAM domain protein  50.41 
 
 
677 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0689  radical SAM family protein  50 
 
 
671 aa  618  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0942  radical SAM domain-containing protein  51.31 
 
 
679 aa  612  1e-174  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7218  hypothetical protein  50.57 
 
 
674 aa  612  1e-174  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.466758  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6215  radical SAM domain-containing protein  52.12 
 
 
679 aa  611  1e-173  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.310596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4193  Radical SAM domain protein  51.31 
 
 
678 aa  607  1e-172  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0279  hypothetical protein  47.67 
 
 
777 aa  603  1e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4234  hypothetical protein  45.9 
 
 
721 aa  604  1e-171  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.577109 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3424  hypothetical protein  47.02 
 
 
724 aa  602  1e-171  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0585  hypothetical protein  46.37 
 
 
787 aa  601  1e-171  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5075  Radical SAM domain protein  51.47 
 
 
688 aa  603  1e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.369209 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2271  radical SAM domain-containing protein  46.66 
 
 
770 aa  602  1e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4610  radical SAM domain-containing protein  51.47 
 
 
688 aa  603  1e-171  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0159872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3519  hypothetical protein  46.46 
 
 
723 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.115115  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1776  hypothetical protein  47.95 
 
 
622 aa  600  1e-170  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0666  hypothetical protein  46.37 
 
 
775 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3418  hypothetical protein  46.46 
 
 
723 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3352  hypothetical protein  46.46 
 
 
723 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3424  hypothetical protein  46.46 
 
 
723 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.518229  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3349  hypothetical protein  46.46 
 
 
723 aa  599  1e-170  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0603  hypothetical protein  44.98 
 
 
683 aa  595  1e-169  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65080  hypothetical protein  46.55 
 
 
747 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00809643  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02777  hypothetical protein  46.77 
 
 
787 aa  596  1e-169  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2003  radical SAM family protein  50.25 
 
 
707 aa  595  1e-168  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003066  hypothetical protein  46.77 
 
 
781 aa  589  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3682  hypothetical protein  47.28 
 
 
790 aa  588  1e-167  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3126  hypothetical protein  48.27 
 
 
642 aa  588  1e-167  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0311249  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0856  hypothetical protein  45.77 
 
 
790 aa  588  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.109884  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01783  hypothetical protein  46.36 
 
 
791 aa  589  1e-167  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1314  hypothetical protein  46.37 
 
 
789 aa  590  1e-167  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0652  hypothetical protein  45.79 
 
 
763 aa  586  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  decreased coverage  2.31874e-06 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1858  radical SAM domain-containing protein  52.05 
 
 
600 aa  587  1e-166  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5654  hypothetical protein  45.88 
 
 
747 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1972  Radical SAM domain protein  49.14 
 
 
621 aa  579  1e-164  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.270598  normal  0.360161 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1515  Radical SAM domain protein  47.11 
 
 
758 aa  580  1e-164  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0572332  hitchhiker  0.00245581 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0684  Radical SAM domain protein  46.01 
 
 
739 aa  576  1e-163  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1407  hypothetical protein  47.93 
 
 
662 aa  577  1e-163  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00374356  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3194  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  576  1e-163  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3484  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  576  1e-163  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0681  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  576  1e-163  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3300  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  575  1e-163  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0672097 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3451  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  577  1e-163  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4327  hypothetical protein  46.01 
 
 
739 aa  575  1e-163  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02888  hypothetical protein  45.7 
 
 
739 aa  575  1e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02838  hypothetical protein  45.7 
 
 
739 aa  575  1e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4663  hypothetical protein  45.85 
 
 
737 aa  572  1e-162  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1103  radical SAM domain-containing protein  50.59 
 
 
673 aa  572  1e-162  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07700  hypothetical protein  45.73 
 
 
757 aa  574  1e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.568115  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0382  hypothetical protein  44.81 
 
 
763 aa  573  1e-162  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1216  hypothetical protein  47.41 
 
 
662 aa  572  1e-162  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.364904  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0587  hypothetical protein  45.55 
 
 
769 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.282021  normal  0.175321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0540  hypothetical protein  45.4 
 
 
767 aa  568  1e-161  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.212733  normal  0.530642 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2444  radical SAM domain-containing protein  48.82 
 
 
640 aa  570  1e-161  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0293  hypothetical protein  46.99 
 
 
710 aa  570  1e-161  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1538  radical SAM domain-containing protein  51.2 
 
 
598 aa  568  1e-160  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.415289  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1364  radical SAM domain-containing protein  43.84 
 
 
755 aa  565  1e-159  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000206829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4928  radical SAM domain protein  45.4 
 
 
771 aa  565  1e-159  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1632  extracellular solute-binding protein  48.81 
 
 
612 aa  558  1e-157  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1013  Radical SAM domain protein  51.52 
 
 
607 aa  552  1e-156  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  4.09081e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3616  hypothetical protein  45.86 
 
 
685 aa  552  1e-156  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0068  radical SAM domain-containing protein  47.6 
 
 
658 aa  551  1e-155  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.514908  normal  0.0285773 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0281  Radical SAM domain protein  45.63 
 
 
589 aa  549  1e-155  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1996  radical SAM family protein  45.44 
 
 
740 aa  550  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.578599  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4160  hypothetical protein  46.69 
 
 
687 aa  550  1e-155  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0066  radical SAM family protein  47.44 
 
 
648 aa  546  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0072  Radical SAM domain protein  47.31 
 
 
648 aa  542  1e-153  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.290916  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1409  Radical SAM domain protein  49.22 
 
 
614 aa  542  1e-153  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0934  hypothetical protein  45.77 
 
 
634 aa  539  1e-152  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.157188 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1403  Radical SAM domain protein  43.73 
 
 
630 aa  539  1e-152  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.59751 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2132  hypothetical protein  44.75 
 
 
620 aa  538  1e-151  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00115691  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0596  radical SAM domain-containing protein  47.89 
 
 
567 aa  535  1e-150  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.578273  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2328  Radical SAM domain protein  46.64 
 
 
666 aa  533  1e-150  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.80431 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0582  radical SAM domain-containing protein  47.89 
 
 
567 aa  535  1e-150  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11120  Fe-S oxidoreductase  44.04 
 
 
718 aa  532  1e-150  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.390145  normal  0.0549005 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0084  Radical SAM domain protein  47.31 
 
 
648 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.028481  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0819  radical SAM domain-containing protein  50 
 
 
680 aa  522  1e-147  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0262  radical SAM domain-containing protein  47.42 
 
 
568 aa  519  1e-146  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.282617  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1359  Elongator protein 3/MiaB/NifB  47.45 
 
 
646 aa  511  1e-143  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1188  Radical SAM domain protein  45.4 
 
 
740 aa  508  1e-142  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.903904  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2985  Radical SAM domain protein  47.8 
 
 
771 aa  505  1e-141  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.5382 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1109  Radical SAM domain protein  43.84 
 
 
571 aa  499  1e-140  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.890323  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2297  Elongator protein 3/MiaB/NifB  45.45 
 
 
620 aa  500  1e-140  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2121  Radical SAM domain protein  45.18 
 
 
746 aa  488  1e-137  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1417  Fe-S oxidoreductase, radical SAM domain protein  43.51 
 
 
583 aa  483  1e-135  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1506  radical SAM domain-containing protein  45.5 
 
 
554 aa  478  1e-133  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0407  radical SAM domain-containing protein  44.39 
 
 
595 aa  447  1e-124  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0945  hypothetical protein  48.63 
 
 
657 aa  374  1e-102  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3431  radical SAM-like  48.26 
 
 
784 aa  369  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2153  Elongator protein 3/MiaB/NifB  47.01 
 
 
763 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.157967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4059  hypothetical protein  48.4 
 
 
819 aa  363  6e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4177  hypothetical protein  48.4 
 
 
807 aa  363  7e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>