More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0607 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0607  30S ribosomal protein S9  100 
 
 
130 aa  263  7e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000206629  hitchhiker  0.00149279 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2875  30S ribosomal protein S9  95.38 
 
 
130 aa  251  2.0000000000000002e-66  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0195834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1050  30S ribosomal protein S9  83.85 
 
 
130 aa  226  9e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000126027  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3190  30S ribosomal protein S9  80 
 
 
130 aa  218  1.9999999999999999e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000452354  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3085  30S ribosomal protein S9  78.46 
 
 
130 aa  215  2e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000996861  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0913  ribosomal protein S9  78.12 
 
 
129 aa  213  9e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000269489  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3348  ribosomal protein S9  78.12 
 
 
129 aa  211  2.9999999999999995e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0614997 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1899  30S ribosomal protein S9  72.31 
 
 
130 aa  197  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  3.1303899999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0300  30S ribosomal protein S9  68.46 
 
 
130 aa  189  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00212654  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4348  30S ribosomal protein S9  67.69 
 
 
130 aa  187  4e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000000012665  hitchhiker  0.00291766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2399  ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  185  2e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.696602  normal  0.066769 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0293  ribosomal protein S9  66.92 
 
 
130 aa  184  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000515876  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00882  30S ribosomal protein S9  67.69 
 
 
130 aa  183  8e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3796  ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  183  9e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000182281  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1133  30S ribosomal protein S9  67.69 
 
 
130 aa  182  2.0000000000000003e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000113025  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3642  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000331692  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0461  30S ribosomal protein S9  67.69 
 
 
130 aa  182  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000140237  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3704  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00817033  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3607  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000867127  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3535  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000799314  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3536  30S ribosomal protein S9  66.15 
 
 
130 aa  181  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.0000037617  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0525  30S ribosomal protein S9  67.69 
 
 
130 aa  182  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000883336  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4425  ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.146621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4119  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3638  ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00994207  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4221  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  180  6e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000135609  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3665  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  180  6e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0023412  normal  0.0755267 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0748  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  180  6e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000172866  normal  0.041404 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3939  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0745  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000051972  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0703  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000775692  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3651  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000456747  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0724  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00489418  hitchhiker  0.0000321207 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3268  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000222713  hitchhiker  0.0000090404 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0679  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000564509  hitchhiker  0.00025421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0733  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000589004  hitchhiker  0.00344758 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0693  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000579549  decreased coverage  0.00000193008 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03090  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000557445  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0476  ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000601039  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3525  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000016286  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0476  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000111446  normal  0.163216 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3293  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000148641  hitchhiker  0.00108393 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4547  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000000371086  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03041  hypothetical protein  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000287646  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3546  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000104404  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3713  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000596943  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3419  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  179  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000112038  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1316  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.428523  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4533  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  178  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848049  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3594  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  178  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000165532  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4408  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  179  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.40853 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3070  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  178  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000352838  normal  0.198807 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4693  30S ribosomal protein S9  64.62 
 
 
130 aa  177  4e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00380118  normal  0.0220476 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2679  ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  177  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0151101  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004510  SSU ribosomal protein S9p (S16e)  63.85 
 
 
130 aa  177  5.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0923  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  176  8e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0104  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  176  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000569691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3702  ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  176  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000244977  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0902  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  175  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3627  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023775  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2241  SSU ribosomal protein S9P  60.77 
 
 
130 aa  172  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.201316  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0230  SSU ribosomal protein S9P  63.08 
 
 
132 aa  172  1.9999999999999998e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000443747  normal  0.670048 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13050  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2663  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  171  3.9999999999999995e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00134428  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2043  ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  170  5e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000585971  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1782  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  170  5e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000024243  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1233  30S ribosomal protein S9  61.54 
 
 
130 aa  169  1e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000147442  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0056  SSU ribosomal protein S9P  65.32 
 
 
130 aa  169  1e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128063  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2069  30S ribosomal protein S9  58.46 
 
 
130 aa  168  2e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000831765  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0797  30S ribosomal protein S9  64.52 
 
 
128 aa  168  2e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000494469  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0753  30S ribosomal protein S9  63.08 
 
 
130 aa  168  2e-41  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000116915  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0145  30S ribosomal protein S9  63.85 
 
 
130 aa  169  2e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0795  30S ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  166  8e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000718866  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0650  SSU ribosomal protein S9P  61.54 
 
 
130 aa  166  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  1.4124e-16  normal  0.0939463 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1566  30S ribosomal protein S9  62.9 
 
 
128 aa  165  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000968491  normal  0.322438 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4442  ribosomal protein S9  62.31 
 
 
130 aa  164  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0902  30S ribosomal protein S9  58.46 
 
 
130 aa  162  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000079624  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1748  30S ribosomal protein S9  62.1 
 
 
128 aa  162  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00000973218  normal  0.252579 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0560  30S ribosomal protein S9  58.46 
 
 
130 aa  162  2.0000000000000002e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000599765  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3371  30S ribosomal protein S9  59.23 
 
 
130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0767368  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3453  30S ribosomal protein S9  59.23 
 
 
130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3517  30S ribosomal protein S9  59.23 
 
 
130 aa  161  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.143376  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3163  30S ribosomal protein S9  58.46 
 
 
130 aa  161  3e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.247444  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0247  SSU ribosomal protein S9P  60.77 
 
 
130 aa  160  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00762963  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0454  30S ribosomal protein S9  60.48 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0255963  normal  0.796217 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0507  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000732186  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2678  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000125135  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2363  30S ribosomal protein S9  60.77 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000350135  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3359  30S ribosomal protein S9  65.38 
 
 
130 aa  160  5.0000000000000005e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000301087  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2471  ribosomal protein S9  57.69 
 
 
130 aa  159  8.000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0151898  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2843  30S ribosomal protein S9  56.45 
 
 
161 aa  159  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1872  30S ribosomal protein S9  57.26 
 
 
159 aa  159  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.952658 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5913  30S ribosomal protein S9  63.41 
 
 
130 aa  159  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.208895  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2620  30S ribosomal protein S9  56.45 
 
 
161 aa  159  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.159482 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0367  30S ribosomal protein S9  60.48 
 
 
130 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.000448381  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0331  ribosomal protein S9  56.92 
 
 
130 aa  159  1e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00016739  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0382  30S ribosomal protein S9  60.48 
 
 
130 aa  159  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0184231  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3377  30S ribosomal protein S9  61.29 
 
 
130 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00000325455  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3420  30S ribosomal protein S9  61.29 
 
 
130 aa  158  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00000202027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1650  30S ribosomal protein S9  58.87 
 
 
160 aa  158  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.377487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>