131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0423 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_0423  radical SAM family protein  100 
 
 
293 aa  602  1.0000000000000001e-171  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3059  radical SAM domain-containing protein  83.96 
 
 
293 aa  507  1e-143  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3668  radical SAM domain-containing protein  73.38 
 
 
293 aa  448  1e-125  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000789266  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2265  Radical SAM domain protein  74.06 
 
 
293 aa  442  1e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2989  radical SAM domain-containing protein  68.94 
 
 
293 aa  421  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000144866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1162  Radical SAM domain protein  63.57 
 
 
295 aa  370  1e-101  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0199468 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3100  Radical SAM domain protein  62.89 
 
 
295 aa  370  1e-101  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.358776  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3046  radical SAM family protein  44.44 
 
 
293 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2142  Radical SAM domain protein  42.03 
 
 
291 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.608518  decreased coverage  0.00173745 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2963  radical SAM domain-containing protein  42.76 
 
 
293 aa  215  8e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3790  Radical SAM domain protein  38.69 
 
 
338 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.135303  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2529  radical SAM domain-containing protein  40.22 
 
 
296 aa  208  8e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.496911  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0717  radical SAM domain-containing protein  40.88 
 
 
292 aa  207  1e-52  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1475  radical SAM domain-containing protein  42.05 
 
 
298 aa  206  4e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0640288  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0919  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  40.91 
 
 
292 aa  204  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1151  Radical SAM domain protein  37.41 
 
 
291 aa  204  1e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.388903 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4516  radical SAM domain-containing protein  40.65 
 
 
293 aa  202  4e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1884  radical SAM family protein  42.03 
 
 
296 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.295187  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0530  radical SAM domain-containing protein  40.14 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3501  radical SAM domain-containing protein  40.14 
 
 
295 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1640  radical SAM domain-containing protein  42.81 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.387627  normal  0.955096 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2654  Radical SAM domain protein  38.89 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000344406  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0453  radical SAM domain-containing protein  38.95 
 
 
294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0528  hypothetical protein  40.07 
 
 
295 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25810  hypothetical protein  43.84 
 
 
298 aa  195  7e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.723648  normal  0.254703 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3076  radical SAM family protein  39.51 
 
 
292 aa  193  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0110421  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2205  hypothetical protein  43.48 
 
 
298 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.42445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0486  radical SAM domain-containing protein  40.49 
 
 
295 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3965  radical SAM domain-containing protein  40.14 
 
 
295 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0201  radical SAM domain-containing protein  35.69 
 
 
293 aa  192  7e-48  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0456  radical SAM domain-containing protein  39.57 
 
 
309 aa  191  2e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0365  radical SAM domain-containing protein  37.27 
 
 
289 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00570597  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0407  hypothetical protein  39.86 
 
 
294 aa  187  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1360  radical SAM domain-containing protein  39.22 
 
 
300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.397431  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3395  radical SAM domain-containing protein  38.65 
 
 
292 aa  181  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00495336  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_13790  Fe-S oxidoreductase  35.84 
 
 
297 aa  179  7e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0443  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  32.84 
 
 
291 aa  175  6e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3617  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, Fe-S oxidoreductase  35.87 
 
 
293 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0173  radical SAM domain-containing protein  37.05 
 
 
292 aa  169  6e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000741532  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0657  Radical SAM domain protein  34.21 
 
 
292 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2870  Radical SAM domain protein  32.56 
 
 
373 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.578576 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3411  Elongator protein 3/MiaB/NifB  38.14 
 
 
257 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1410  Radical SAM domain protein  32.23 
 
 
377 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02260  Fe-S oxidoreductase  30 
 
 
293 aa  139  3.9999999999999997e-32  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2726  Radical SAM domain protein  30.03 
 
 
399 aa  137  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0066  Radical SAM domain protein  27.74 
 
 
293 aa  135  7.000000000000001e-31  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.628263  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase putative  31.29 
 
 
388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3023  radical SAM domain-containing protein  31.38 
 
 
386 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1505  radical SAM domain-containing protein  32.12 
 
 
292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00044584 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04170  Fe-S oxidoreductase  29.96 
 
 
293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.63469 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_24530  Fe-S oxidoreductase  35.29 
 
 
293 aa  124  1e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2061  radical SAM domain-containing protein  28.36 
 
 
294 aa  123  4e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.952171  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25530  Fe-S oxidoreductase  27.99 
 
 
308 aa  121  9.999999999999999e-27  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.261112  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1744  radical SAM domain-containing protein  27.78 
 
 
380 aa  121  9.999999999999999e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00743194  decreased coverage  0.000183859 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0622  radical SAM domain-containing protein  26.55 
 
 
311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.044899  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26860  Fe-S oxidoreductase  29.14 
 
 
291 aa  117  1.9999999999999998e-25  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25380  Fe-S oxidoreductase  32.29 
 
 
300 aa  102  9e-21  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.76381  normal  0.564969 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00660  Fe-S oxidoreductase  27.76 
 
 
321 aa  100  4e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2640  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  26.8 
 
 
296 aa  89.7  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1019  Radical SAM domain protein  23.83 
 
 
390 aa  76.3  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3579  radical SAM domain-containing protein  29.95 
 
 
409 aa  75.5  0.000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.630491  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16730  Fe-S oxidoreductase  24.74 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.359613 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1372  radical SAM domain-containing protein  25.91 
 
 
402 aa  71.6  0.00000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.798772 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3838  radical SAM domain-containing protein  34.38 
 
 
156 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3496  hypothetical protein  64.71 
 
 
38 aa  58.5  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.871156  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1187  RNA modification enzyme, MiaB family  25.11 
 
 
446 aa  56.6  0.0000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0386779 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0873  radical SAM family Fe-S protein  30.06 
 
 
501 aa  56.2  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2062  putative methyltransferase, or Fe-S oxidoreductase  26.29 
 
 
473 aa  53.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.6809  normal  0.16843 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0385  hypothetical protein  25.71 
 
 
473 aa  53.5  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1836  radical SAM domain-containing protein  26.86 
 
 
474 aa  53.5  0.000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0800  radical SAM domain-containing protein  27.27 
 
 
455 aa  53.1  0.000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.422662  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1360  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28.04 
 
 
371 aa  52.8  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.716239  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2201  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24 
 
 
473 aa  52.8  0.000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0692  radical SAM family protein  24.57 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.346694  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1171  radical SAM domain-containing protein  24.57 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.397655  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2133  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.57 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0273985  normal  0.585786 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1147  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.57 
 
 
473 aa  52  0.00001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125383  normal  0.546782 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0100  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 
705 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0253265  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0577  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
473 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2859  Fe-S oxidoreductase  22.86 
 
 
473 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4283  radical SAM family protein  24.57 
 
 
480 aa  51.2  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.419045  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1767  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
503 aa  51.2  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.580532  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1050  radical SAM domain-containing protein  24.57 
 
 
473 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0795903  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2852  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
481 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2737  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
481 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2796  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
481 aa  51.6  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0536346  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1750  radical SAM domain-containing protein  22.86 
 
 
473 aa  51.6  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.499976  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1053  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  24.57 
 
 
473 aa  51.2  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1179  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnJ  22.86 
 
 
474 aa  50.1  0.00004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.846685  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2199  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  27.64 
 
 
448 aa  50.1  0.00005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.186673  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2566  radical SAM family protein  25.16 
 
 
441 aa  48.9  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2433  radical SAM domain-containing protein  26.88 
 
 
502 aa  48.5  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4901  radical SAM family protein  22.29 
 
 
474 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.413487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3408  radical SAM family protein  29 
 
 
473 aa  48.1  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17330  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  29.57 
 
 
389 aa  47.8  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.395345  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2195  Radical SAM domain protein  26.23 
 
 
460 aa  48.1  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.565929  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0983  Radical SAM domain protein  30.48 
 
 
442 aa  47  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2434  radical SAM domain-containing protein  26.62 
 
 
520 aa  47  0.0004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4198  radical SAM domain-containing protein  27.38 
 
 
620 aa  46.6  0.0005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0178344  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1742  radical SAM domain-containing protein  25.97 
 
 
521 aa  46.2  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>