45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0110 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0110  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  100 
 
 		 242 aa  486  1e-136  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245323  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0317  hypothetical protein  66.24 
 
 		 243 aa  307  1.0000000000000001e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.309994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0667  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  58.57 
 
 		 274 aa  222  4e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000588862  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0029  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  59.11 
 
 		 256 aa  210  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00147901  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1133  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  47.35 
 
 		 243 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000171522  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0569  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  51.72 
 
 		 277 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1481  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  43.81 
 
 		 258 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000462109 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0582  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  50.5 
 
 		 270 aa  181  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00229722 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0899  hypothetical protein  40.76 
 
 		 283 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.202304  normal  0.941783 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0887  hypothetical protein  39.83 
 
 		 271 aa  154  2e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.817518  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0883  hypothetical protein  39.74 
 
 		 270 aa  150  1e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0709  hypothetical protein  36.89 
 
 		 216 aa  140  9.999999999999999e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0000762305  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3669  nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type  40.08 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0837  hypothetical protein  57.41 
 
 		 270 aa  122  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1103  nucleic acid binding OB-fold tRNA/helicase-type  50.96 
 
 		 133 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179388  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3155  hypothetical protein  68.49 
 
 		 226 aa  105  5e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2522  hypothetical protein  43.62 
 
 		 126 aa  97.8  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.963067  normal  0.122207 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1137  hypothetical protein  61.19 
 
 		 332 aa  89.4  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3153  hypothetical protein  43.85 
 
 		 363 aa  87.4  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2333  hypothetical protein  43 
 
 		 121 aa  80.5  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1370  hypothetical protein  41.44 
 
 		 139 aa  79.3  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000915569  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3363  hypothetical protein  53.62 
 
 		 135 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.486225 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0898  hypothetical protein  53.62 
 
 		 135 aa  77  0.0000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000233925  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1172  putative lipoprotein  48 
 
 		 145 aa  72  0.000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000330219  normal  0.0707527 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0872  putative lipoprotein  48 
 
 		 155 aa  71.6  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1537  NrfJ-related protein  37.97 
 
 		 100 aa  60.8  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.268239 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1424  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.234475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1283  NrfJ-related protein  41.43 
 
 		 100 aa  60.5  0.00000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.743301  normal  0.565826 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1297  NrfJ-related protein  40.58 
 
 		 100 aa  59.7  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2667  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00860541  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3052  peptidase S1C, HrtA/DegP2/Q/S  27.88 
 
 		 772 aa  58.5  0.00000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00233494  normal  0.413301 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1110  NrfJ-related protein  43.75 
 
 		 100 aa  58.5  0.00000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.792546  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3159  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.875441  hitchhiker  0.00595197 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1362  hypothetical protein  36.54 
 
 		 126 aa  57.8  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0467517  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1217  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.105717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1288  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00755568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1218  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.862525 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1362  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000155395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3001  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3016  NrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3325  nrfJ-related protein  39.24 
 
 		 100 aa  56.6  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2163  hypothetical protein  34.07 
 
 		 110 aa  55.8  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3058  lipoprotein, putative  36.36 
 
 		 155 aa  51.6  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000637333  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2637  putative lipoprotein  34.15 
 
 		 152 aa  50.8  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2532  hypothetical protein  29.25 
 
 		 97 aa  47.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>