62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0064 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0064  xylose isomerase-like TIM barrel  100 
 
 		 256 aa  530  1e-149  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3371  AP endonuclease  74.12 
 
 		 256 aa  399  9.999999999999999e-111  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4159  xylose isomerase domain-containing protein  64.57 
 
 		 257 aa  353  2e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3793  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  61.02 
 
 		 256 aa  334  7.999999999999999e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  60.63 
 
 		 256 aa  334  9e-91  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.883338 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2972  xylose isomerase domain-containing protein  57.09 
 
 		 255 aa  309  2.9999999999999997e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0876  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.03 
 
 		 255 aa  268  7e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3128  hypothetical protein  40.32 
 
 		 257 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0023  xylose isomerase domain-containing protein  32.94 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.140146  normal  0.179482 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3105  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.47 
 
 		 257 aa  123  3e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.84 
 
 		 270 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.0967776 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0655  AP endonuclease  29.69 
 
 		 278 aa  112  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2404  xylose isomerase domain-containing protein  28.57 
 
 		 262 aa  104  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.167076 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2599  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.3 
 
 		 282 aa  97.4  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0361  xylose isomerase domain-containing protein  30.9 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.934654  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1257  xylose isomerase domain-containing protein  26.39 
 
 		 264 aa  83.2  0.000000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.666664  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1364  hypothetical protein  28.51 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00000110599  hitchhiker  0.0000000254981 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0027  xylose isomerase domain-containing protein  25.22 
 
 		 268 aa  80.9  0.00000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  decreased coverage  0.0054119  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0863  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 268 aa  79  0.00000000000008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2151  xylose isomerase-like TIM barrel  28.12 
 
 		 257 aa  78.2  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00601378  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1121  xylose isomerase domain-containing protein  27.66 
 
 		 268 aa  77.4  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0973  hypothetical protein  30.99 
 
 		 257 aa  77.4  0.0000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0797  xylose isomerase domain-containing protein  27.13 
 
 		 268 aa  77  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.0606735  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1928  hypothetical protein  29.05 
 
 		 251 aa  73.6  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14000  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.25 
 
 		 254 aa  70.9  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.50908  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6463  hypothetical protein  24.79 
 
 		 273 aa  69.3  0.00000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.920651  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0247  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  30.77 
 
 		 253 aa  67.8  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0319  xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  24.18 
 
 		 273 aa  64.3  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  24.88 
 
 		 256 aa  64.3  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.436698  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0949  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 272 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0474  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.4 
 
 		 256 aa  62.8  0.000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0122  xylose isomerase domain-containing protein  26.67 
 
 		 254 aa  61.6  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.668761  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0036  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24 
 
 		 264 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.875943  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2030  xylose isomerase domain-containing protein  32.61 
 
 		 307 aa  59.7  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0830  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.16 
 
 		 272 aa  58.9  0.00000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.801774  normal  0.909409 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1555  xylose isomerase domain-containing protein  27.27 
 
 		 257 aa  58.9  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.123696  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1263  hypothetical protein  28.19 
 
 		 269 aa  57.8  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2461  xylose isomerase-like TIM barrel  29.07 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1458  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 		 255 aa  56.2  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.931629 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1592  xylose isomerase domain-containing protein  27.8 
 
 		 257 aa  53.9  0.000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.234456 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1143  xylose isomerase domain-containing protein  26.47 
 
 		 243 aa  54.7  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0499  xylose isomerase domain-containing protein  24.59 
 
 		 304 aa  54.3  0.000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00421742  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0531  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.77 
 
 		 258 aa  53.9  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0600  xylose isomerase domain-containing protein  25.74 
 
 		 244 aa  54.3  0.000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.352505  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4598  xylose isomerase-like TIM barrel  26.67 
 
 		 277 aa  53.9  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0988  xylose isomerase domain-containing protein  27.68 
 
 		 253 aa  53.1  0.000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.279783 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0511  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.77 
 
 		 258 aa  52.4  0.000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.717082  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0740  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28.04 
 
 		 243 aa  52  0.00001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.103383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0871  hypothetical protein  30.23 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00496229  hitchhiker  0.00660497 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0440  xylose isomerase-like TIM barrel  23.5 
 
 		 323 aa  48.5  0.0001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1528  xylose isomerase-like TIM barrel  23.72 
 
 		 269 aa  48.5  0.0001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.317464  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3156  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  30.08 
 
 		 331 aa  47.8  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1398  xylose isomerase-like TIM barrel  26.05 
 
 		 271 aa  47.4  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1974  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.87 
 
 		 256 aa  47  0.0003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.520711 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1235  apurinic endonuclease Apn1  26.9 
 
 		 278 aa  45.8  0.0007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0174  xylose isomerase domain-containing protein  25.53 
 
 		 236 aa  45.8  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1263  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  26.72 
 
 		 297 aa  45.8  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0995  xylose isomerase-like TIM barrel  26.92 
 
 		 304 aa  45.1  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4163  xylose isomerase domain-containing protein  29.37 
 
 		 257 aa  44.3  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2313  oxidoreductase domain protein  24.2 
 
 		 616 aa  43.5  0.004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0509  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  23.9 
 
 		 289 aa  42.7  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.440598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2851  xylose isomerase domain-containing protein  26.09 
 
 		 316 aa  42  0.009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>