296 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0003 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  100 
 
 		 365 aa  740    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  77.81 
 
 		 365 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  54.14 
 
 		 364 aa  424  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0003  recombination protein F  51.93 
 
 		 364 aa  386  1e-106  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  51.66 
 
 		 364 aa  384  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  46.83 
 
 		 370 aa  330  2e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0003  recombination protein F  44.35 
 
 		 368 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00792918  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  240  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  34.42 
 
 		 375 aa  239  4e-62  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  34.15 
 
 		 375 aa  239  5e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  33.88 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  33.88 
 
 		 375 aa  238  2e-61  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  34.33 
 
 		 373 aa  238  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  36.36 
 
 		 372 aa  237  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  33.88 
 
 		 375 aa  237  3e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.11 
 
 		 372 aa  232  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.11 
 
 		 372 aa  229  5e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  34.32 
 
 		 374 aa  229  6e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.85 
 
 		 375 aa  229  6e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.8 
 
 		 382 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  31.9 
 
 		 374 aa  227  2e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.97 
 
 		 369 aa  227  3e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  34.4 
 
 		 374 aa  226  5.0000000000000005e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0003  DNA replication and repair protein  37.64 
 
 		 363 aa  223  6e-57  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0241212  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  40.05 
 
 		 372 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.71 
 
 		 374 aa  222  7e-57  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  33.62 
 
 		 369 aa  216  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  34.32 
 
 		 371 aa  216  5e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.93 
 
 		 386 aa  212  7e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.16 
 
 		 360 aa  210  3e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.48 
 
 		 372 aa  208  1e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  31.7 
 
 		 361 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  31.7 
 
 		 361 aa  207  2e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.85 
 
 		 371 aa  204  2e-51  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.59 
 
 		 370 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.59 
 
 		 370 aa  204  3e-51  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.98 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  37.78 
 
 		 371 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  33.25 
 
 		 384 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  32.88 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  33.96 
 
 		 376 aa  198  1.0000000000000001e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  31.45 
 
 		 366 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0002  RecF protein  34.94 
 
 		 369 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000642266  normal  0.645599 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.67 
 
 		 373 aa  196  5.000000000000001e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1123  recombination protein F  35.17 
 
 		 380 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.633638 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1094  recombination protein F  35.17 
 
 		 380 aa  192  5e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.18 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  31.79 
 
 		 369 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2250  recombination protein F  35.95 
 
 		 387 aa  188  1e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.122677 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  31.27 
 
 		 359 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  32.57 
 
 		 392 aa  183  3e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  34.16 
 
 		 370 aa  184  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.02 
 
 		 376 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0042  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  34.56 
 
 		 377 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.51 
 
 		 386 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.78 
 
 		 360 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  33 
 
 		 390 aa  179  5.999999999999999e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1725  recombination protein F  35.08 
 
 		 390 aa  178  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.1 
 
 		 363 aa  178  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.52 
 
 		 380 aa  176  7e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  34.84 
 
 		 380 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  34.84 
 
 		 380 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  34.84 
 
 		 380 aa  176  8e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.82 
 
 		 381 aa  174  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.75 
 
 		 365 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  33.15 
 
 		 386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  32.89 
 
 		 371 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  31.91 
 
 		 401 aa  171  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2450  DNA replication and repair protein RecF  37.04 
 
 		 366 aa  171  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  33.72 
 
 		 373 aa  170  3e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 		 377 aa  169  5e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 		 397 aa  169  5e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.31 
 
 		 397 aa  170  5e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0003  RecF protein  32.79 
 
 		 364 aa  169  1e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.056932  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00030  recF protein  33.15 
 
 		 376 aa  167  2e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000612951  decreased coverage  0.0000132668 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  30.35 
 
 		 359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  29.48 
 
 		 377 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  34.96 
 
 		 377 aa  166  5e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.11 
 
 		 378 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  29.31 
 
 		 359 aa  166  8e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0398  recF protein  30.86 
 
 		 364 aa  165  1.0000000000000001e-39  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.26 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16931  recombination protein F  35.4 
 
 		 352 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.919518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  32.29 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  36 
 
 		 371 aa  162  6e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  32.98 
 
 		 390 aa  160  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.53 
 
 		 369 aa  160  2e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0749386  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.05 
 
 		 415 aa  160  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  32.29 
 
 		 399 aa  160  4e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  32.51 
 
 		 389 aa  160  4e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.83 
 
 		 370 aa  160  4e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0004  recombination protein F  30.9 
 
 		 420 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.72 
 
 		 359 aa  158  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  30.83 
 
 		 402 aa  158  1e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5456  DNA replication and repair protein RecF  30.23 
 
 		 360 aa  157  3e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0356472  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>