96 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0044 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_R0044  tRNA-Arg  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  89.33 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0046  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000728299  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0010  tRNA-Arg  88.31 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0798313  hitchhiker  0.000168441 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0005  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  79.8  0.00000000000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00128122  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0049  tRNA-Arg  87.01 
 
 
77 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000329911  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  91.07 
 
 
74 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  91.07 
 
 
77 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  90.91 
 
 
77 bp  69.9  0.00000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0035  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0090  tRNA-Arg  89.47 
 
 
77 bp  65.9  0.000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0001  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0001  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.510939 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0024  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80866  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  89.29 
 
 
80 bp  63.9  0.000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0002  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353519  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0001  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  89.29 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0001  tRNA-Arg  92.31 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0043  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2735  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.152126  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  85.33 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0048  tRNA-Arg  87.3 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000177864  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0044  tRNA-Arg  88.14 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.4333  hitchhiker  0.000000000614004 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  93.02 
 
 
77 bp  61.9  0.00000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0060  tRNA-Arg  91.3 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    92.86 
 
 
77 bp  60  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0001  tRNA-Arg  92.68 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.179964  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  87.72 
 
 
77 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0019  tRNA-Arg  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.414165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0001  tRNA-Arg  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00219476  hitchhiker  0.0000103826 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.893816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  87.5 
 
 
74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  87.5 
 
 
79 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0001  tRNA-Arg  90.38 
 
 
76 bp  56  0.000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.285544  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  87.5 
 
 
77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  87.27 
 
 
77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  90.48 
 
 
77 bp  52  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0024  tRNA-Val  100 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0265895  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0034  tRNA-Arg  90.24 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.904479  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg04  tRNA-Arg  85.25 
 
 
80 bp  50.1  0.00008  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0364203  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0065  tRNA-Arg  93.94 
 
 
65 bp  50.1  0.00008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  85.96 
 
 
74 bp  50.1  0.00008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna53  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0045  tRNA-Arg  87.5 
 
 
76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0003  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0079  tRNA-Arg  85.71 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2513  tRNA-Arg  88.37 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0504098  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0003  tRNA-Arg  85.45 
 
 
77 bp  46.1  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.744258 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4334  tRNA-Arg  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0018  tRNA-Arg  91.18 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.208481  normal  0.822208 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0005  tRNA-Arg  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345809  normal  0.135729 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0610  tRNA-Arg  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0978805  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0001  tRNA-Arg  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.125316 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0036  tRNA-Arg  88.1 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00277119  normal  0.546011 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>