229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0019 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_R0019  tRNA-Trp  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0117064  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0487653  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0008  tRNA-Trp  96.1 
 
 		 77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769382 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0044  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.00376159  normal  0.558412 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09690  tRNA-Trp  94.81 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.000497928  hitchhiker  0.00000737021 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0027  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0017  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  9.66883e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0013  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0064  tRNA-Trp  93.51 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000899944 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0042  tRNA-Trp  94.52 
 
 		 77 bp  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0011  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0014  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.336426  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0011  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000961162  hitchhiker  0.00000879757 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0823  tRNA-Trp  92.21 
 
 		 78 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0144883  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0007  tRNA-Trp  93.15 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000241707  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60050  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08690  tRNA-Trp  91.89 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000355239  hitchhiker  0.00161168 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0052  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt07  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0041  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000135677  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0063  tRNA-Trp  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0021  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0047  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.512574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0009  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000520424  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0034  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0532216  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0018  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.341765  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0015  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00419833  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0024  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.648617  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0320  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 78 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.0000012562  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0044  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.910228  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1869  tRNA-Trp  90.91 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00000841204  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0161  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0037274  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0160  tRNA-Trp  94.64 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00344423  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0104  tRNA-Trp  92.06 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000684472  hitchhiker  0.0000018986 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.149464  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t08  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.220633  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA66  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000464617  normal  0.636582 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0008  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00647008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0020  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00786701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R86  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000013875  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0013  tRNA-Trp  91.3 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.799114  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0083  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0000000761194  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0024  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0026  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0026  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.200362  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0036  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000784105  unclonable  0.0000000173687 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0019  tRNA-Trp  89.61 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0292581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0066  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.154633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0017  tRNA-Trp  90.41 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225393  normal  0.0224677 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna7  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.387032  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0050  tRNA-Trp  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.391043  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0018  tRNA-Trp  89.33 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000348317  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0067  tRNA-Trp  90.14 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t08  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00447017  unclonable  0.000000239322 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Trp-1  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000619868  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0021  tRNA-Trp  88.31 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000328782  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0026  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.920402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t11  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000011334  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0013  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000203485  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0007  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00017287  hitchhiker  0.00000137659 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0312  tRNA-Trp  89.04 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0018  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000669798  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0053  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000643655  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0006  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0868408  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0017  tRNA-Trp  90.77 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000751689  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0068  tRNA-Trp  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.423507  normal  0.417359 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21050  tRNA-Trp  92.31 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.461019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0051  tRNA-Trp  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000551326  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0004  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000305052  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0051  tRNA-Trp  89.55 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128882  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0033  tRNA-Trp  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.0000000398886  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0013  tRNA-Trp  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00030816  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08670  tRNA-Trp  88 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000627266  hitchhiker  0.0000000142101 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0046  tRNA-Trp  93.48 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.590376 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0014  tRNA-Trp  88.57 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.933511 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0055  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00911957  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0017  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119473 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0016  tRNA-Trp  89.47 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.825811  normal  0.984478 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0017  tRNA-Trp  87.01 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000589441  hitchhiker  0.00131035 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0015  tRNA-Trp  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0544479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  93.33 
 
 		 78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>