More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_R0008 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  Gs23SA  23S ribosomal RNA  92.98 
 
 
2958 bp  3998    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.287  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  Gs23SB  23S ribosomal RNA  92.98 
 
 
2958 bp  3998    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SA  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145616  hitchhiker  0.000134511 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SB  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  hitchhiker  0.000114916 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SC  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.15738  normal  0.0640928 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SD  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.507419  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SE  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.564865  normal  0.184682 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SF  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.201882  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_23SG  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2902 bp  831    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0194263 
 
 
-
 
NC_004310  BR_r02  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 
2908 bp  817    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_r05  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 
2908 bp  817    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.346302  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAr02  23S ribosomal RNA  85.34 
 
 
2809 bp  817    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.722824  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r02  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r05  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r08  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r11  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_r14  23S ribosomal RNA  85.79 
 
 
2903 bp  831    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.701415  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA16  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.048152 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA49  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832187  normal  0.473588 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA7  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.685402  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA71  23S ribosomal RNA  85.99 
 
 
2903 bp  846    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0658993  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA80  23S ribosomal RNA  85.89 
 
 
2903 bp  839    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0495778  normal  0.0181156 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0013  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2913 bp  882    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0027  23S ribosomal RNA  84.42 
 
 
2913 bp  882    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R15  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.28387  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R4  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.657154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R44  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.100661  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R57  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.344499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R78  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0420771  normal  0.0126919 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R91  23S ribosomal RNA  85.8 
 
 
2892 bp  827    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000653016  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0049  23S ribosomal RNA  88.92 
 
 
2956 bp  3011    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0054  23S ribosomal RNA  88.92 
 
 
2956 bp  3011    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.175608  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0014  23S ribosomal RNA  92.79 
 
 
2983 bp  3850    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.58284  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0043  23S ribosomal RNA  92.73 
 
 
2983 bp  3943    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.101725  hitchhiker  0.000000749297 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0004  23S ribosomal RNA  86.63 
 
 
2817 bp  1029    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0023  23S ribosomal RNA  86.63 
 
 
2816 bp  1029    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0053  23S ribosomal RNA  86.63 
 
 
2814 bp  1029    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.652954  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0076  23S ribosomal RNA  86.68 
 
 
2798 bp  1025    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0007  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 
2758 bp  858    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0021  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 
2758 bp  858    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0043  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 
2758 bp  858    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0061  23S ribosomal RNA  85.64 
 
 
2758 bp  858    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0014  23S ribosomal RNA  87.57 
 
 
2985 bp  1132    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0035  23S ribosomal RNA  87.57 
 
 
2985 bp  1132    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0039  23S ribosomal RNA  85.58 
 
 
3105 bp  839    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0522575  normal  0.211989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0047  23S ribosomal RNA  85.58 
 
 
3105 bp  839    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.137502  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0050  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0056  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0062  23S ribosomal RNA  84.87 
 
 
2783 bp  767    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0048  23S ribosomal RNA  84.68 
 
 
3384 bp  781    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.770601 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0014  23S ribosomal RNA  85.49 
 
 
2872 bp  809    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0368239  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0042  23S ribosomal RNA  85.49 
 
 
2872 bp  809    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.121457 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0002  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.905525  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0010  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0016  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.427778  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0047  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0106  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.492781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0116  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0121  23S ribosomal RNA  85.5 
 
 
2905 bp  777    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0126  23S ribosomal RNA  85.3 
 
 
2905 bp  771    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0004  23S ribosomal RNA  86.05 
 
 
2897 bp  856    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0014  23S ribosomal RNA  85.95 
 
 
2897 bp  848    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20297  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0058  23S ribosomal RNA  86.05 
 
 
2897 bp  856    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0076  23S ribosomal RNA  86.05 
 
 
2898 bp  856    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.430532  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0084  23S ribosomal RNA  85.95 
 
 
2897 bp  848    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0041  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 
2875 bp  848    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0051  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 
2875 bp  848    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0007  23S ribosomal RNA  83.06 
 
 
2898 bp  924    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237096  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0012  23S ribosomal RNA  81.15 
 
 
2898 bp  1055    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.31433 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0020  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 
2747 bp  850    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.730998  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0040  23S ribosomal RNA  85.74 
 
 
2747 bp  850    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08600  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 
2891 bp  789    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000197684 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62060  23S ribosomal RNA  85.93 
 
 
2891 bp  797    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0546487 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70880  23S ribosomal RNA  85.83 
 
 
2891 bp  789    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.560692 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0016  23S ribosomal RNA  88.14 
 
 
2811 bp  1181    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.629398  normal  0.58938 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0048  23S ribosomal RNA  88.14 
 
 
2811 bp  1181    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.108917  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0004  23S ribosomal RNA  84.3 
 
 
2774 bp  862    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.174681  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0037  23S ribosomal RNA  84.3 
 
 
2774 bp  862    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0041  23S ribosomal RNA  84.3 
 
 
2774 bp  862    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0024  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 
2556 bp  3776    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0314547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0035  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 
2556 bp  3776    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.381491  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0051  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 
2556 bp  3776    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0486976  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0061  23S ribosomal RNA  94.64 
 
 
2556 bp  3776    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0009  23S ribosomal RNA  85.46 
 
 
2900 bp  793    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.517564  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0019  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 
2900 bp  785    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00407691  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0056  23S ribosomal RNA  85.36 
 
 
2900 bp  785    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.239322  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0008  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2940 bp  910    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.608951  hitchhiker  0.00128582 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0024  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2940 bp  910    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0031  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2940 bp  910    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0075  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2940 bp  910    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.60998 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0082  23S ribosomal RNA  86.42 
 
 
2940 bp  910    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0008  23S ribosomal RNA  84.75 
 
 
2904 bp  896    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.0096662  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0030  23S ribosomal RNA  84.58 
 
 
2904 bp  880    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000445054  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0002  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.198027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0005  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0011  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.471392  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0023  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0070  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0116  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0120  23S ribosomal RNA  85.4 
 
 
2903 bp  769    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.569814  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>