More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3438 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



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Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 
190 aa  396  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  39.36 
 
 
211 aa  139  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
202 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  32.98 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
176 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  33.15 
 
 
186 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
212 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
212 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
212 aa  111  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  31.55 
 
 
212 aa  110  9e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  33.7 
 
 
186 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  33.52 
 
 
212 aa  110  2.0000000000000002e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  31.55 
 
 
198 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  31.61 
 
 
196 aa  107  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 
196 aa  105  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
212 aa  105  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 
209 aa  105  3e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  30.93 
 
 
193 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  31.61 
 
 
206 aa  102  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 
205 aa  101  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
211 aa  101  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
193 aa  99.8  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  30.85 
 
 
214 aa  96.3  2e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  25.82 
 
 
198 aa  96.3  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  31.91 
 
 
227 aa  96.3  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  27.81 
 
 
196 aa  95.1  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
193 aa  94.7  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  32.97 
 
 
219 aa  94  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
212 aa  92.8  3e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1201  transcription regulator protein  32.12 
 
 
209 aa  92  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.871194 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  32.42 
 
 
219 aa  92  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  27.81 
 
 
190 aa  92  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  34.05 
 
 
200 aa  91.3  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  29.26 
 
 
213 aa  90.1  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  30.68 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  32.95 
 
 
199 aa  89.7  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1137  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 
209 aa  89  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.13929  normal  0.961099 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  30.77 
 
 
219 aa  89.4  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1045  transcriptional regulator, TetR family  32.61 
 
 
222 aa  89  3e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  32.96 
 
 
194 aa  88.2  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  32.39 
 
 
199 aa  88.2  7e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  27.22 
 
 
191 aa  85.5  5e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  28.34 
 
 
222 aa  85.5  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  32.8 
 
 
196 aa  85.1  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  30.17 
 
 
195 aa  84.7  7e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  31.69 
 
 
194 aa  84.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1726  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.716564  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 
212 aa  84.3  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1980  TetR family transcriptional regulator  29.21 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00264568  hitchhiker  0.00106159 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 
192 aa  84.3  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1841  transcriptional regulator, TetR family  29.21 
 
 
199 aa  84.3  0.000000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.170954  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  26.44 
 
 
214 aa  83.2  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
199 aa  83.2  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
196 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  28.65 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
196 aa  82.8  0.000000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 
210 aa  82.8  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  28.65 
 
 
199 aa  82.4  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  29.59 
 
 
197 aa  81.6  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3076  transcriptional regulator, TetR family  25.95 
 
 
193 aa  81.3  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  30.39 
 
 
199 aa  80.9  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  32.26 
 
 
196 aa  80.5  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
221 aa  79.7  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 
206 aa  79.7  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  27.71 
 
 
179 aa  80.1  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2933  regulatory protein, TetR  27.88 
 
 
193 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.316351  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
201 aa  78.6  0.00000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  28.27 
 
 
210 aa  78.2  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  27.18 
 
 
206 aa  77.8  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  29.05 
 
 
196 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  29.67 
 
 
194 aa  77  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
194 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 
220 aa  75.1  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  27.23 
 
 
202 aa  74.7  0.0000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal 
 
 
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NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  28 
 
 
199 aa  74.7  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01619  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.48 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000798557  n/a   
 
 
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NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
194 aa  74.3  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
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NC_012892  B21_01609  hypothetical protein  28.48 
 
 
171 aa  74.3  0.0000000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000476829  n/a   
 
 
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NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
198 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
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NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  27.75 
 
 
207 aa  72.4  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
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NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
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NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  27.68 
 
 
206 aa  72.4  0.000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal 
 
 
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NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  25.97 
 
 
200 aa  72  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  27.32 
 
 
200 aa  71.6  0.000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010335  Caul_5102  TetR family transcriptional regulator  27.27 
 
 
203 aa  71.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  26.78 
 
 
204 aa  71.2  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  27.37 
 
 
206 aa  70.9  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_008321  Shewmr4_0261  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00036521 
 
 
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NC_008322  Shewmr7_3760  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 
198 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
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NC_011312  VSAL_I1242  transcriptional regulator, TetR-family  30.56 
 
 
190 aa  69.7  0.00000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  26.55 
 
 
206 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.472754 
 
 
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NC_008835  BMA10229_0121  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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NC_006349  BMAA1408  TetR family transcriptional regulator  29.05 
 
 
200 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
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