More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_3178 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 
295 aa  600  1e-170  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  60.56 
 
 
306 aa  349  3e-95  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3353  RNA pseudouridine synthase family protein  51.4 
 
 
296 aa  290  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622873  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  49.29 
 
 
297 aa  279  5e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  49.65 
 
 
297 aa  278  8e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0175  RluA family pseudouridine synthase  48.95 
 
 
296 aa  276  3e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.408906  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  49.09 
 
 
295 aa  262  5e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.86 
 
 
300 aa  152  7e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  2.04845e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0212  RluA family pseudouridine synthase  39.27 
 
 
298 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.935896  normal  0.204158 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0218  pseudouridine synthase, RluA family  41 
 
 
301 aa  148  1e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805878  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0207  pseudouridine synthase, RluA family  40.61 
 
 
302 aa  145  1e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.604096  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0195  pseudouridine synthase, RluD  39.64 
 
 
299 aa  141  2e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0653986  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.54 
 
 
302 aa  139  5e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1875  RluA family pseudouridine synthase  35.83 
 
 
317 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.763374  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6830  pseudouridine synthase, RluA family  35.13 
 
 
303 aa  138  9e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.84 
 
 
300 aa  137  3e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  4.47138e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.12 
 
 
316 aa  134  3e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  33.94 
 
 
306 aa  133  3e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  30.82 
 
 
305 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0213  pseudouridine synthase  43.86 
 
 
240 aa  132  8e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0138576 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  34.68 
 
 
305 aa  131  2e-29  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  37.41 
 
 
299 aa  130  2e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  34.04 
 
 
310 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.33 
 
 
332 aa  128  1e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1632  pseudouridine synthase, RluA family  33.47 
 
 
304 aa  128  1e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1926  pseudouridine synthase  34.65 
 
 
304 aa  128  1e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000261611  hitchhiker  0.00324235 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3639  RluA family pseudouridine synthase  33.68 
 
 
309 aa  127  2e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.323041  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1878  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  34.14 
 
 
301 aa  127  2e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.21798e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2774  RluA family pseudouridine synthase  34.75 
 
 
309 aa  127  3e-28  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.538883  normal  0.492186 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3427  RluA family pseudouridine synthase  33.21 
 
 
314 aa  126  4e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0544491 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1429  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.1 
 
 
327 aa  126  4e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.550632 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2588  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 
325 aa  126  4e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3092  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.81 
 
 
304 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.598347  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3152  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.81 
 
 
304 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.311943 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1110  RluA family pseudouridine synthase  34.15 
 
 
297 aa  125  6e-28  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  30.86 
 
 
310 aa  125  6e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1420  pseudouridine synthase, RluA family  33.45 
 
 
310 aa  125  9e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.276517 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0574  RluA family pseudouridine synthase  36 
 
 
301 aa  125  9e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  1.15636e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0912  pseudouridine synthase, RluA family  32.97 
 
 
308 aa  124  1e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2414  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  36.96 
 
 
290 aa  124  2e-27  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2303  RluA family pseudouridine synthase  32.54 
 
 
323 aa  124  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0509  P-protein  32.96 
 
 
323 aa  124  2e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1196  pseudouridine synthase, RluA family  28.83 
 
 
307 aa  124  2e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2677  pseudouridine synthase, RluA family  33.22 
 
 
324 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.304816 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1284  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  34.68 
 
 
292 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1209  pseudouridine synthase, RluA family  33.95 
 
 
309 aa  123  3e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2639  pseudouridine synthase  33.91 
 
 
299 aa  124  3e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.465483  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  32.63 
 
 
323 aa  122  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3195  pseudouridine synthase, RluA family  31.69 
 
 
308 aa  123  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  2.21583e-06  hitchhiker  0.000231767 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2133  RluA family pseudouridine synthase  33.67 
 
 
318 aa  122  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.73 
 
 
309 aa  122  5e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.45 
 
 
304 aa  122  5e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.233987  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16460  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.19 
 
 
309 aa  122  6e-27  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.0163428 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2574  pseudouridine synthase, RluA family  36.2 
 
 
315 aa  122  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0131416  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.27 
 
 
318 aa  122  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.050794  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1580  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.08 
 
 
308 aa  122  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0928054  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.53 
 
 
308 aa  121  1e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  33.46 
 
 
320 aa  121  1e-26  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.46 
 
 
323 aa  121  1e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
311 aa  121  1e-26  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1482  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 
333 aa  121  1e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00286389  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.5 
 
 
311 aa  121  2e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0736  RluA family pseudouridine synthase  32.86 
 
 
319 aa  121  2e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  34.14 
 
 
315 aa  121  2e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  33.61 
 
 
296 aa  120  2e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3808  RluA family pseudouridine synthase  35.86 
 
 
333 aa  121  2e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0127606  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  29.96 
 
 
306 aa  121  2e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  29.39 
 
 
306 aa  120  2e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1121  pseudouridine synthetase  36.65 
 
 
297 aa  120  2e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.53 
 
 
318 aa  121  2e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.56 
 
 
296 aa  121  2e-26  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  36.65 
 
 
297 aa  120  2e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1639  pseudouridine synthase, RluD  35.2 
 
 
318 aa  121  2e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.289887 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1097  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  36.13 
 
 
297 aa  120  3e-26  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1103  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  36.13 
 
 
297 aa  120  3e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.36 
 
 
318 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0268386  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1447  pseudouridine synthase, RluD  31.02 
 
 
578 aa  120  3e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1517  RluA family pseudouridine synthase  35.53 
 
 
333 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  1.47946e-05  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2627  pseudouridine synthase, RluA family  31.88 
 
 
308 aa  120  3e-26  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981062  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1322  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.27 
 
 
297 aa  120  4e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2883  RluA family pseudouridine synthase  31.65 
 
 
309 aa  120  4e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.464437  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1184  ribosomal large subunit pseudouridylate synthase D  35.34 
 
 
307 aa  119  5e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.11 
 
 
321 aa  119  5e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  32.21 
 
 
309 aa  119  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  2.59384e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2003  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.25 
 
 
334 aa  119  7e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.704766  normal  0.26865 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  34.63 
 
 
326 aa  118  9e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  36.28 
 
 
255 aa  118  9e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1520  pseudouridine synthase, RluA family  30.6 
 
 
308 aa  119  9e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.67 
 
 
330 aa  119  9e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  31.64 
 
 
302 aa  118  9e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  27.72 
 
 
303 aa  118  1e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0522  pseudouridine synthase, RluA family  37.61 
 
 
304 aa  118  1e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0292  pseudouridine synthase, RluA family  32.46 
 
 
283 aa  118  1e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  1.732e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  31.37 
 
 
364 aa  118  1e-25  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  34.36 
 
 
313 aa  118  1e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0971  pseudouridine synthase, RluA family  32.28 
 
 
344 aa  118  1e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.158596 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1435  RNA pseudouridine synthase family protein  29.41 
 
 
252 aa  118  1e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.540473  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1383  pseudouridine synthase, RluA family  39.23 
 
 
299 aa  118  1e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2175  pseudouridylate synthase  32.09 
 
 
330 aa  117  2e-25  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.37 
 
 
304 aa  117  2e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>