More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2986 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_2986  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
219 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0258  dihydrouridine synthase, DuS  63.13 
 
 
331 aa  224  7e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.704286  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2912  dihydrouridine synthase, DuS  60.8 
 
 
342 aa  218  3.9999999999999997e-56  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0273  dihydrouridine synthase, DuS  59.55 
 
 
333 aa  214  8e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0080  dihydrouridine synthase DuS  51.58 
 
 
341 aa  203  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.28082e-22 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0098  dihydrouridine synthase DuS  50.25 
 
 
341 aa  202  3e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00993648  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0904  tRNA-dihydrouridine synthase  52.63 
 
 
303 aa  185  4e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.377154  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2659  dihydrouridine synthase DuS  32.04 
 
 
324 aa  95.9  4e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.44 
 
 
326 aa  86.3  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.61 
 
 
318 aa  84  0.000000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  41.27 
 
 
362 aa  82.8  0.000000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2169  dihydrouridine synthase, DuS  29.56 
 
 
378 aa  82  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.8 
 
 
333 aa  80.5  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.45 
 
 
346 aa  80.5  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.18 
 
 
348 aa  79.3  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.89 
 
 
347 aa  79  0.00000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  32.91 
 
 
318 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.01 
 
 
354 aa  77.4  0.0000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  32.28 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.71 
 
 
352 aa  77.4  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.81 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.6 
 
 
370 aa  77.8  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  30.35 
 
 
334 aa  77.8  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.71 
 
 
333 aa  77.4  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.59 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.59 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.72 
 
 
333 aa  75.1  0.0000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.75 
 
 
326 aa  74.7  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  32.64 
 
 
328 aa  73.9  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  43.21 
 
 
349 aa  73.6  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.62 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  39.78 
 
 
347 aa  73.6  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 
320 aa  73.2  0.000000000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.17 
 
 
347 aa  73.2  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  32.94 
 
 
331 aa  72.8  0.000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.78 
 
 
332 aa  72.8  0.000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.06 
 
 
322 aa  72.8  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.63 
 
 
325 aa  72.4  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.82 
 
 
356 aa  72.4  0.000000000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  30.18 
 
 
378 aa  72.4  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  35.9 
 
 
329 aa  72.4  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 
347 aa  72.4  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  32.28 
 
 
322 aa  72.4  0.000000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  31.75 
 
 
336 aa  72  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  42.5 
 
 
318 aa  72  0.000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.41 
 
 
337 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.86 
 
 
333 aa  71.6  0.000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.78 
 
 
332 aa  71.6  0.000000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.11 
 
 
334 aa  71.6  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1054  dihydrouridine synthase DuS  27.91 
 
 
311 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0122  dihydrouridine synthase, putative  34.07 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3875  dihydrouridine synthase DuS  34.19 
 
 
384 aa  71.2  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.0179624 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.65 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  37.78 
 
 
323 aa  71.2  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.78 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  34.78 
 
 
324 aa  71.6  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.78 
 
 
332 aa  70.9  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.94 
 
 
325 aa  70.9  0.00000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  34.58 
 
 
312 aa  70.9  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.65 
 
 
308 aa  70.1  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.98 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  27.27 
 
 
333 aa  70.5  0.00000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  36.17 
 
 
335 aa  69.7  0.00000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  30.89 
 
 
287 aa  70.1  0.00000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.381062 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2170  NifR3 family TIM-barrel protein  35.14 
 
 
341 aa  69.7  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.565467 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  28.26 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  28.19 
 
 
320 aa  69.3  0.00000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 
341 aa  69.3  0.00000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  40.59 
 
 
449 aa  69.3  0.00000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.91 
 
 
332 aa  69.3  0.00000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.9 
 
 
326 aa  69.3  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  31.3 
 
 
331 aa  69.3  0.00000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.75 
 
 
327 aa  68.9  0.00000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1884  dihydrouridine synthase DuS  26.78 
 
 
318 aa  69.3  0.00000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000236711  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  41.25 
 
 
333 aa  68.9  0.00000000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  31.07 
 
 
310 aa  68.9  0.00000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  27.27 
 
 
308 aa  68.9  0.00000000006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0283  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.24 
 
 
334 aa  68.6  0.00000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  35.2 
 
 
319 aa  68.6  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.64 
 
 
352 aa  68.2  0.00000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3360  nifR3 family TIM-barrel protein  31.94 
 
 
356 aa  68.2  0.00000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0316669  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.58 
 
 
335 aa  68.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.4 
 
 
320 aa  67.4  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  30.94 
 
 
356 aa  67.4  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  33.33 
 
 
326 aa  67.4  0.0000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 
328 aa  67.4  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.48 
 
 
350 aa  66.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  34.09 
 
 
331 aa  67  0.0000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.86 
 
 
351 aa  67.4  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  33.61 
 
 
362 aa  67  0.0000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.25 
 
 
330 aa  67.4  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  31.9 
 
 
324 aa  66.6  0.0000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  36.44 
 
 
320 aa  66.6  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  34.75 
 
 
356 aa  66.6  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  30.99 
 
 
334 aa  66.6  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>