More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2788 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 325 aa  667    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  62.26 
 
 		 324 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  59.75 
 
 		 325 aa  408  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  62.38 
 
 		 329 aa  408  1e-113  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.18 
 
 		 321 aa  405  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.18 
 
 		 321 aa  401  1e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  57.48 
 
 		 347 aa  372  1e-102  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  50.16 
 
 		 342 aa  324  1e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.69 
 
 		 322 aa  276  5e-73  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  43.31 
 
 		 318 aa  275  8e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  40.38 
 
 		 326 aa  273  3e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 		 347 aa  271  1e-71  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  39.81 
 
 		 333 aa  265  7e-70  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.69 
 
 		 319 aa  263  3e-69  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.98 
 
 		 320 aa  262  4.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.57 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.18 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.5 
 
 		 328 aa  260  3e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  45.08 
 
 		 334 aa  260  3e-68  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.62 
 
 		 326 aa  259  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.62 
 
 		 326 aa  259  3e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.65 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 		 326 aa  252  6e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.61 
 
 		 320 aa  250  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.29 
 
 		 332 aa  249  6e-65  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  41.08 
 
 		 332 aa  249  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.08 
 
 		 332 aa  248  7e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  41.08 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 351 aa  247  2e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.13 
 
 		 332 aa  246  3e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.39 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 333 aa  244  9.999999999999999e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  40.32 
 
 		 336 aa  243  3e-63  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.62 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  38.8 
 
 		 325 aa  241  1e-62  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.39 
 
 		 354 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.07 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.07 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.62 
 
 		 370 aa  239  4e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  39.12 
 
 		 325 aa  238  8e-62  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  38.68 
 
 		 334 aa  238  8e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.35 
 
 		 325 aa  237  2e-61  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.96 
 
 		 341 aa  237  2e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.92 
 
 		 352 aa  237  2e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.87 
 
 		 358 aa  236  4e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.81 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.01 
 
 		 332 aa  236  5.0000000000000005e-61  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.65 
 
 		 393 aa  235  7e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.78 
 
 		 329 aa  233  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 		 321 aa  233  5e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 		 348 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.01 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  38.75 
 
 		 323 aa  231  2e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 328 aa  230  2e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 		 346 aa  231  2e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.68 
 
 		 354 aa  231  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  40.7 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  40.7 
 
 		 306 aa  230  3e-59  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.34 
 
 		 327 aa  229  5e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.94 
 
 		 330 aa  229  5e-59  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.27 
 
 		 332 aa  229  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.27 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.75 
 
 		 348 aa  228  8e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.32 
 
 		 398 aa  228  1e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.78 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.75 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.37 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  43.38 
 
 		 352 aa  228  1e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  37.18 
 
 		 362 aa  227  2e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.69 
 
 		 331 aa  227  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.81 
 
 		 350 aa  227  2e-58  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  41.48 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 		 353 aa  227  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.19 
 
 		 343 aa  226  3e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.05 
 
 		 355 aa  226  4e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.85 
 
 		 327 aa  226  4e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.51 
 
 		 381 aa  225  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.53 
 
 		 348 aa  225  1e-57  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.99 
 
 		 320 aa  224  1e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.79 
 
 		 337 aa  224  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  35.8 
 
 		 357 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.33 
 
 		 347 aa  224  1e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.28 
 
 		 337 aa  224  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 		 354 aa  224  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.7 
 
 		 351 aa  223  3e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.36 
 
 		 352 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.44 
 
 		 351 aa  223  4e-57  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 		 333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.51 
 
 		 317 aa  222  7e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 		 347 aa  222  7e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 		 357 aa  222  8e-57  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.42 
 
 		 329 aa  221  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>