More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2728 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_2728  pseudouridine synthase  100 
 
 
274 aa  555  1e-157  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2070  pseudouridine synthase  67.51 
 
 
271 aa  337  1e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0652133  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1403  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  64.53 
 
 
247 aa  311  7e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.645637  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  63.25 
 
 
239 aa  301  9e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.24724e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1172  pseudouridine synthase  55.11 
 
 
266 aa  295  4e-79  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.80053e-32 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  62.39 
 
 
258 aa  294  8e-79  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  8.97909e-06  hitchhiker  2.06079e-07 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3089  pseudouridine synthase  56.59 
 
 
266 aa  293  3e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  2.12991e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1301  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.26 
 
 
236 aa  250  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1292  pseudouridine synthase  54.74 
 
 
251 aa  249  3e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1142  pseudouridine synthase  49.8 
 
 
309 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07230  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.64 
 
 
237 aa  245  5e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  1.0493e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1196  pseudouridine synthase  55.41 
 
 
238 aa  242  5e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.939109  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2095  pseudouridine synthase  50.43 
 
 
264 aa  240  2e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.965704 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1352  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.55 
 
 
240 aa  238  9e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.92415  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0398  pseudouridine synthase  52.77 
 
 
243 aa  236  4e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2223  pseudouridine synthase  50.63 
 
 
243 aa  234  1e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  7.80288e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1730  pseudouridine synthase  46.99 
 
 
273 aa  226  4e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1196  pseudouridine synthase  46.31 
 
 
242 aa  223  3e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3863  pseudouridine synthase, Rsu  46.88 
 
 
680 aa  222  6e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.695211  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2174  pseudouridine synthase  49.57 
 
 
329 aa  221  1e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2263  pseudouridine synthase  49.57 
 
 
324 aa  220  2e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0689065  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1466  pseudouridine synthase  47.11 
 
 
241 aa  219  3e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1643  pseudouridine synthase  48.05 
 
 
238 aa  219  3e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.734555 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09640  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.19 
 
 
249 aa  219  4e-56  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.444703  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2122  pseudouridine synthase  49.35 
 
 
354 aa  219  5e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327075  normal  0.0800596 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3411  pseudouridine synthase  51.69 
 
 
255 aa  218  9e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1565  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 
242 aa  217  2e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.37262e-16 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1354  pseudouridylate synthase  45.49 
 
 
242 aa  216  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1355  pseudouridylate synthase  45.49 
 
 
242 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0888  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase related enzyme  46.41 
 
 
245 aa  216  2e-55  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.06154e-13 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1597  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 
242 aa  216  2e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 
242 aa  216  2e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1527  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.49 
 
 
242 aa  217  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3818  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.08 
 
 
242 aa  216  4e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.41699e-14 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1493  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.08 
 
 
242 aa  215  5e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1382  RNA pseudouridine  45.08 
 
 
242 aa  215  5e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.947274  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1682  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.71 
 
 
328 aa  215  6e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  decreased coverage  0.00200841  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1578  pseudouridine synthase  45.96 
 
 
236 aa  215  7e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1395  pseudouridine synthase  44.67 
 
 
242 aa  214  1e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0693  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.59 
 
 
239 aa  211  8e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1743  pseudouridine synthase  45.45 
 
 
235 aa  209  5e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1056  pseudouridine synthase RluB  46.15 
 
 
245 aa  207  1e-52  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1406  ribosomal large subunit pseudouridine synthaseB (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase)  45.02 
 
 
239 aa  206  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.541928  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1296  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.03 
 
 
249 aa  205  6e-52  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.531864  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0787  pseudouridine synthase  47.19 
 
 
728 aa  205  6e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  9.26536e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1534  pseudouridine synthase  47.66 
 
 
403 aa  204  8e-52  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.49556e-06 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1928  pseudouridine synthase  48.92 
 
 
306 aa  204  1e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.262991  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0710  pseudouridine synthase  40.6 
 
 
244 aa  204  1e-51  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2817  pseudouridine synthase  47.01 
 
 
329 aa  203  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0696867  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0757  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.99 
 
 
238 aa  204  2e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  9.12353e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5639  pseudouridine synthase  45.49 
 
 
553 aa  202  5e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1236  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  48.93 
 
 
269 aa  202  6e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.862824 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2497  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.02 
 
 
251 aa  201  8e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0166  pseudouridine synthase  46.98 
 
 
556 aa  200  2e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.252408  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1545  pseudouridine synthase  41.41 
 
 
230 aa  201  2e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1550  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.53 
 
 
245 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1581  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.53 
 
 
245 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1147  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
236 aa  199  4e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  4.5472e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1336  ribosomal small subunit pseudouridine synthase B  43.22 
 
 
236 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.014485  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  46.75 
 
 
253 aa  199  6e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0328  pseudouridine synthase  44.36 
 
 
567 aa  198  9e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.106742 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1330  pseudouridine synthase  44.15 
 
 
282 aa  197  1e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.297072 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4592  pseudouridine synthase  47.84 
 
 
624 aa  197  1e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.667434  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  45.04 
 
 
379 aa  196  2e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1534  pseudouridine synthase, Rsu  45.92 
 
 
406 aa  196  4e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0171678  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1442  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.98 
 
 
236 aa  195  5e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000380815  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1396  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.78 
 
 
239 aa  196  5e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.131517  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1593  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.35 
 
 
240 aa  194  1e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0723  pseudouridine synthase  44.22 
 
 
279 aa  194  1e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0159498  normal  0.0828355 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1564  pseudouridine synthase  44.87 
 
 
243 aa  194  2e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.531508  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3120  pseudouridine synthase  44.21 
 
 
322 aa  192  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.246679  hitchhiker  0.00195827 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.24 
 
 
268 aa  192  6e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0683  pseudouridine synthase  48.48 
 
 
250 aa  190  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.316582  normal  0.0629739 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0806  pseudouridine synthase  44.12 
 
 
274 aa  190  3e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.316767  normal  0.474505 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2996  pseudouridine synthase, Rsu  45.02 
 
 
621 aa  189  3e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.772965  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15310  pseudouridine synthase family protein  46.19 
 
 
306 aa  190  3e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.226125  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0309  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.63 
 
 
255 aa  189  4e-47  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.07 
 
 
332 aa  188  9e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl548  23S rRNA pseudouridine synthase  42.37 
 
 
251 aa  187  1e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00558647  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  48.42 
 
 
289 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.4 
 
 
292 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  43.4 
 
 
292 aa  186  3e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2153  pseudouridine synthase  44.93 
 
 
245 aa  185  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.433224  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1454  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.59 
 
 
252 aa  185  7e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702616 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1493  pseudouridine synthase  42.98 
 
 
426 aa  184  1e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.797477  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06820  pseudouridine synthase family protein  41.81 
 
 
296 aa  184  1e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.493821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1270  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
265 aa  184  1e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0462  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  40.09 
 
 
256 aa  183  2e-45  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0481234  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.96 
 
 
294 aa  184  2e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19880  pseudouridine synthase family protein  42.92 
 
 
263 aa  184  2e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0829  pseudouridylate synthase  40.95 
 
 
284 aa  183  2e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  47.96 
 
 
294 aa  183  2e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0369  pseudouridine synthase  45.38 
 
 
251 aa  183  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.126334 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0017  pseudouridine synthase  41.56 
 
 
239 aa  183  3e-45  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  3.55614e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.57 
 
 
243 aa  183  3e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3276  pseudouridine synthase  44.02 
 
 
247 aa  183  3e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0129049  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3744  pseudouridine synthase  46.91 
 
 
233 aa  182  4e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.212732  normal  0.0135633 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1206  pseudouridine synthase, Rsu  42.31 
 
 
375 aa  182  4e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.9 
 
 
286 aa  182  6e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2371  pseudouridine synthase  44.44 
 
 
319 aa  182  7e-45  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.588015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>