More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_2108 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  100 
 
 
87 aa  171  3e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  2.04078e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  86.21 
 
 
87 aa  149  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  5.8734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2206  30S ribosomal protein S20  72.41 
 
 
87 aa  125  2e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.935236  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0756  30S ribosomal protein S20  74.71 
 
 
87 aa  119  2e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  1.25202e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0771  30S ribosomal protein S20  74.71 
 
 
87 aa  119  2e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3131  30S ribosomal protein S20  70.11 
 
 
87 aa  104  3e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  7.68382e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2297  30S ribosomal protein S20  68.97 
 
 
87 aa  103  7e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.10534e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1416  30S ribosomal protein S20  59.77 
 
 
87 aa  98.6  2e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  6.71927e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 
86 aa  88.6  2e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0292  30S ribosomal protein S20  55.81 
 
 
87 aa  86.7  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.161586 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2031  30S ribosomal protein S20  56.98 
 
 
87 aa  84.7  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0513769  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1267  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 
87 aa  80.9  5e-15  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.771067  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 
88 aa  78.6  2e-14  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2067  ribosomal protein S20  51.16 
 
 
88 aa  76.6  9e-14  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1685  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 
87 aa  76.6  1e-13  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.462249  normal  0.0272644 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0306  ribosomal protein S20  48.28 
 
 
84 aa  76.3  1e-13  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  1.67926e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  48.84 
 
 
88 aa  75.9  2e-13  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1740  30S ribosomal protein S20  53.49 
 
 
86 aa  75.9  2e-13  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.632163  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  43.68 
 
 
88 aa  75.9  2e-13  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
91 aa  74.3  6e-13  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  5.03412e-05 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
90 aa  73.9  6e-13  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2318  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 
87 aa  72.8  1e-12  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  4.31209e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  72  2e-12  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
89 aa  72.4  2e-12  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
92 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 
91 aa  72.4  2e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  49.37 
 
 
88 aa  72.4  2e-12  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0741  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 
89 aa  72.4  2e-12  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  47.67 
 
 
86 aa  72  3e-12  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  2.07001e-09  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
88 aa  72  3e-12  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2689  30S ribosomal protein S20  55 
 
 
88 aa  71.6  3e-12  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2561  30S ribosomal protein S20  55 
 
 
88 aa  71.6  3e-12  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  47.67 
 
 
92 aa  71.6  3e-12  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 
88 aa  71.6  3e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.73203e-15  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0225  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 
87 aa  71.6  3e-12  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  4.77404e-11  normal  0.0381808 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3424  SSU ribosomal protein S20P  47.13 
 
 
92 aa  71.2  4e-12  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1889  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
86 aa  71.2  5e-12  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1806  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 
89 aa  70.9  5e-12  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0293621  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2436  ribosomal protein S20  48.81 
 
 
88 aa  70.9  6e-12  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  1.2228e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13310  SSU ribosomal protein S20P  50 
 
 
86 aa  70.9  6e-12  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.170233  normal  0.153651 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1718  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 
88 aa  70.9  6e-12  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7071  ribosomal protein S20  52.33 
 
 
88 aa  70.5  8e-12  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.595098  normal  0.725666 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0917  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
89 aa  70.1  9e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
88 aa  70.1  1e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 
88 aa  69.7  1e-11  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  2.53205e-10  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  43.68 
 
 
88 aa  69.7  1e-11  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.03326e-06  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0819  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
84 aa  69.7  1e-11  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  44.19 
 
 
86 aa  69.7  1e-11  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  69.7  1e-11  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  3.96831e-11  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2223  ribosomal protein S20  54.65 
 
 
86 aa  68.9  2e-11  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.133967  normal  0.0102835 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2207  ribosomal protein S20  53.49 
 
 
86 aa  68.9  2e-11  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.437419  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0075  ribosomal protein S20  50.57 
 
 
91 aa  68.9  2e-11  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0016  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
87 aa  69.3  2e-11  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1005  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
89 aa  69.3  2e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
87 aa  68.9  2e-11  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  47.67 
 
 
87 aa  68.9  2e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.74442e-21 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
87 aa  68.9  2e-11  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2044  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
86 aa  69.3  2e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  68.2  3e-11  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  2.04572e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  68.6  3e-11  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  68.2  3e-11  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  2.94185e-06  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2446  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 
89 aa  68.6  3e-11  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.40091e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  68.2  3e-11  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  46.84 
 
 
88 aa  68.2  3e-11  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  4.08096e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  67.8  5e-11  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  7.00681e-09  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  45.35 
 
 
88 aa  67.8  5e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1552  ribosomal protein S20  48.81 
 
 
86 aa  67.4  6e-11  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0324223  normal  0.177559 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 
91 aa  67  7e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 
91 aa  67  7e-11  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  67  8e-11  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  3.22066e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  67  8e-11  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.11095e-08  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2505  30S ribosomal protein S20  47.13 
 
 
88 aa  67  8e-11  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  67  8e-11  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.0022e-08  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1207  ribosomal protein S20  46.51 
 
 
86 aa  67  9e-11  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.872926  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  43.02 
 
 
88 aa  66.6  1e-10  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1556  30S ribosomal protein S20  58.14 
 
 
86 aa  66.2  1e-10  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17390  SSU ribosomal protein S20P  50.6 
 
 
88 aa  66.6  1e-10  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.3443  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
87 aa  66.2  1e-10  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1783  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
87 aa  65.5  2e-10  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1598  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 
87 aa  65.5  2e-10  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3035  30S ribosomal protein S20  41.86 
 
 
89 aa  65.5  2e-10  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.051603  normal  0.325405 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0048  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  3.98649e-08  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0047  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  9.0572e-06  normal  0.149546 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0048  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  1.61385e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0047  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  8.72417e-06  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0047  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
87 aa  65.9  2e-10  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  5.42728e-06  normal  0.0144218 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1581  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
109 aa  65.5  2e-10  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1524  30S ribosomal protein S20  44.19 
 
 
109 aa  65.5  3e-10  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0001  30S ribosomal protein S20  45.98 
 
 
87 aa  65.1  3e-10  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00020529  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  42.53 
 
 
88 aa  65.1  3e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0776  SSU ribosomal protein S20P  47.95 
 
 
151 aa  65.1  3e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.38047  normal  0.149543 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1919  30S ribosomal protein S20  50 
 
 
99 aa  64.7  4e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000179184  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3185  ribosomal protein S20  47.67 
 
 
86 aa  64.7  4e-10  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2105  30S ribosomal protein S20  49.38 
 
 
107 aa  64.7  4e-10  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0211  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 
86 aa  64.7  4e-10  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.12504e-15  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>