More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1652 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  49.29 
 
 		 289 aa  252  6e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  48.93 
 
 		 283 aa  241  2e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  49.64 
 
 		 286 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  49.3 
 
 		 290 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1490  shikimate 5-dehydrogenase  49.47 
 
 		 286 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0290047  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  48.44 
 
 		 290 aa  227  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  45.42 
 
 		 277 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  42.81 
 
 		 291 aa  206  3e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  36.81 
 
 		 298 aa  202  6e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1168  shikimate dehydrogenase  40.29 
 
 		 274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00990538  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  41.6 
 
 		 277 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  36.69 
 
 		 279 aa  193  3e-48  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  41 
 
 		 277 aa  191  9e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  38.35 
 
 		 289 aa  191  1e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  43.4 
 
 		 297 aa  191  1e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  41.22 
 
 		 277 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  40.37 
 
 		 277 aa  190  2e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 308 aa  190  2e-47  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  40.46 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  39.1 
 
 		 284 aa  189  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  189  7e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  40.84 
 
 		 277 aa  189  7e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  40.96 
 
 		 286 aa  187  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  36.9 
 
 		 298 aa  186  3e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  42.37 
 
 		 276 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  39.24 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  39.24 
 
 		 288 aa  182  6e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  37.63 
 
 		 286 aa  181  1e-44  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  38.81 
 
 		 288 aa  181  2e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  35.13 
 
 		 294 aa  180  2.9999999999999997e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  39.1 
 
 		 289 aa  179  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  35.61 
 
 		 280 aa  178  8e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0361  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.746823 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0182  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  37.84 
 
 		 298 aa  176  3e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  38.91 
 
 		 286 aa  174  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.53 
 
 		 273 aa  174  9.999999999999999e-43  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  38.87 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0108  shikimate 5-dehydrogenase  36.1 
 
 		 289 aa  172  5e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  34.15 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  37.28 
 
 		 288 aa  172  7.999999999999999e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3415  shikimate 5-dehydrogenase  42.05 
 
 		 283 aa  168  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.17955  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  33.92 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3564  shikimate dehydrogenase  38.3 
 
 		 279 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.490647  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  34.39 
 
 		 275 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_19151  shikimate 5-dehydrogenase  31.96 
 
 		 286 aa  166  5.9999999999999996e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  34.98 
 
 		 279 aa  166  5.9999999999999996e-40  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1184  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 273 aa  165  8e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.504249  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  42.39 
 
 		 283 aa  162  7e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  34.55 
 
 		 305 aa  162  8.000000000000001e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.03 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1798  shikimate 5-dehydrogenase  32.2 
 
 		 286 aa  159  5e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  38.61 
 
 		 284 aa  159  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3384  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 292 aa  159  6e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.442523 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 284 aa  159  6e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1921  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 286 aa  159  7e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.0000576763  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  33.69 
 
 		 280 aa  157  2e-37  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0987  shikimate 5-dehydrogenase  38.72 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  32.14 
 
 		 283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2840  shikimate 5-dehydrogenase  41.67 
 
 		 274 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0530402 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  155  7e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18961  shikimate 5-dehydrogenase  31.19 
 
 		 286 aa  155  1e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  35.06 
 
 		 288 aa  154  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2016  shikimate 5-dehydrogenase  39.15 
 
 		 283 aa  154  2e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  34.69 
 
 		 288 aa  154  2e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  37.15 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  34.69 
 
 		 288 aa  153  4e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 		 283 aa  152  5e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  35.9 
 
 		 289 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  36.16 
 
 		 288 aa  150  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  35.2 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.58 
 
 		 269 aa  150  2e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1819  shikimate 5-dehydrogenase  39.5 
 
 		 271 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.302994  normal  0.244145 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18411  shikimate / quinate 5-dehydrogenase  33.22 
 
 		 300 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.611208 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  35.44 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0483  shikimate 5-dehydrogenase  38.32 
 
 		 296 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2537  shikimate 5-dehydrogenase  40.31 
 
 		 280 aa  146  3e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  35.29 
 
 		 283 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.77 
 
 		 290 aa  147  3e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2304  shikimate 5-dehydrogenase  35.94 
 
 		 289 aa  146  4.0000000000000006e-34  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1314  shikimate 5-dehydrogenase  29.8 
 
 		 311 aa  145  5e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1345  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  37.36 
 
 		 287 aa  145  6e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.786263  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  40.21 
 
 		 295 aa  145  6e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  36.65 
 
 		 296 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2830  shikimate dehydrogenase  35.58 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0523448 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  35.8 
 
 		 279 aa  144  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>