More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Glov_1330 on replicon NC_010814
Organism: Geobacter lovleyi SZ



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010814  Glov_1330  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  100 
 
 
285 aa  578  1e-164  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000387324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2854  sigma 32 (RpoH)  65.58 
 
 
279 aa  372  1e-102  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000132969  hitchhiker  0.0000000816438 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0655  RNA polymerase sigma-32 factor  65.22 
 
 
284 aa  370  1e-101  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00800994  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3950  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.91 
 
 
280 aa  368  1e-101  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000446037  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0664  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  65.57 
 
 
282 aa  364  1e-99  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000163215  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0586  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  66.06 
 
 
285 aa  357  9.999999999999999e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00166054 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0573  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  65.47 
 
 
285 aa  355  3.9999999999999996e-97  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00000689788  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0181  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  61.59 
 
 
280 aa  350  2e-95  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000220203  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0114  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  59.79 
 
 
292 aa  338  5e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00356807  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2382  RNA polymerase, sigma (32) factor  52.54 
 
 
286 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.21763e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1848  RNA polymerase sigma factor RpoH  51.77 
 
 
307 aa  269  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.370084  normal  0.912724 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1991  RNA polymerase sigma factor RpoH  47.83 
 
 
307 aa  254  8e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1887  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  48.55 
 
 
307 aa  254  8e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1972  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  48.55 
 
 
307 aa  254  1.0000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1986  RNA polymerase factor sigma-32  46.89 
 
 
300 aa  245  6e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0784767  normal  0.134117 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2430  RNA polymerase factor sigma-32  44.98 
 
 
299 aa  241  7.999999999999999e-63  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0283677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6760  RNA polymerase factor sigma-32  44.98 
 
 
299 aa  241  1e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.209002  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3156  RNA polymerase factor sigma-32  46.59 
 
 
308 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00251516  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0605  RNA polymerase factor sigma-32  44.29 
 
 
299 aa  239  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0347  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.53 
 
 
299 aa  238  9e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0371  RNA polymerase factor sigma-32  43.94 
 
 
299 aa  237  1e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.532177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0455  RNA polymerase factor sigma-32  43.94 
 
 
299 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.676672  normal  0.248951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0360  RNA polymerase factor sigma-32  43.6 
 
 
299 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000866831 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6847  RNA polymerase factor sigma-32  46.07 
 
 
296 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1110  RNA polymerase factor sigma-32  45.65 
 
 
299 aa  235  6e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.140858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2159  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  46.76 
 
 
340 aa  235  7e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0287  RNA polymerase factor sigma-32  43.49 
 
 
303 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7583  RNA polymerase factor sigma-32  45.71 
 
 
296 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00673582  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2860  RNA polymerase factor sigma-32  43.01 
 
 
299 aa  234  2.0000000000000002e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1236  RNA polymerase factor sigma-32  46.95 
 
 
303 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2614  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
301 aa  232  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3344  RNA polymerase factor sigma-32  45.26 
 
 
302 aa  232  6e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00239824 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2307  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.66 
 
 
303 aa  231  8.000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00328793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0474  RNA polymerase factor sigma-32  45.13 
 
 
295 aa  231  9e-60  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.455996  hitchhiker  0.00148932 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1597  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
303 aa  231  1e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1650  RNA polymerase factor sigma-32  45.56 
 
 
303 aa  230  2e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0113806  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0942  RNA polymerase factor sigma-32  45 
 
 
297 aa  230  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.784725  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3087  RNA polymerase factor sigma-32  45.62 
 
 
302 aa  230  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.341195  normal  0.142268 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0584  RNA polymerase factor sigma-32  46.38 
 
 
295 aa  229  4e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.114197  hitchhiker  0.000584555 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3045  RNA polymerase factor sigma-32  45.69 
 
 
299 aa  229  5e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0964  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
297 aa  229  6e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.45833 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5640  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
297 aa  228  6e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0190332  normal  0.102095 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1001  RNA polymerase factor sigma-32  44.64 
 
 
297 aa  229  6e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3538  RNA polymerase factor sigma-32  44.89 
 
 
300 aa  227  1e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0192521  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1108  RNA polymerase sigma-70  47.97 
 
 
299 aa  227  2e-58  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0489202  normal  0.248396 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0060  RNA polymerase factor sigma-32  44.77 
 
 
301 aa  226  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0322341  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2515  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  45.42 
 
 
389 aa  226  4e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.244142  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1069  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  47.27 
 
 
300 aa  226  4e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1197  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  47.27 
 
 
300 aa  225  5.0000000000000005e-58  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1128  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  47.27 
 
 
300 aa  225  6e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2718  RNA polymerase factor sigma-32  44.53 
 
 
296 aa  223  2e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2323  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  41.88 
 
 
290 aa  223  2e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000107256  normal  0.893759 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1743  RNA polymerase factor sigma-32  45.15 
 
 
300 aa  223  3e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0213426  normal  0.0854936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1021  RNA polymerase factor sigma-32  45.29 
 
 
306 aa  222  6e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.000226407  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1572  RNA polymerase factor sigma-32  43.21 
 
 
298 aa  221  7e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.013476  normal  0.683466 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0385  sigma-70 region 2:sigma-70 region 4  41.99 
 
 
300 aa  222  7e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.58272  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2216  RNA polymerase factor sigma-32  43.27 
 
 
301 aa  221  9e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.239761  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0662  RNA polymerase factor sigma-32  45.11 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2410  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1073  RNA polymerase factor sigma-32  42.5 
 
 
298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.293042  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0563  RNA polymerase factor sigma-32  43.57 
 
 
299 aa  217  2e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.939582  normal  0.0697509 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2115  sigma-70 region 2 domain-containing protein  45.09 
 
 
326 aa  214  1.9999999999999998e-54  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00000423948  unclonable  0.00000794083 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0655  RNA polymerase sigma-32 factor  40.86 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0381956  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2641  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
322 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0535725  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2735  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  43.16 
 
 
322 aa  209  3e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2545  RNA polymerase sigma-70  42.66 
 
 
357 aa  209  5e-53  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0762323  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3400  RNA polymerase factor sigma-32  41.22 
 
 
298 aa  208  9e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.874849  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1224  sigma 32 (RpoH)  42.66 
 
 
322 aa  206  5e-52  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2609  RNA polymerase factor sigma-32  41.03 
 
 
298 aa  205  8e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000766177 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00277  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
285 aa  204  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0570  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.25 
 
 
291 aa  204  2e-51  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2371  RNA polymerase factor sigma-32  40.43 
 
 
286 aa  202  7e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115405  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2900  RNA polymerase factor sigma-32  38.65 
 
 
286 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0400312  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002141  RNA polymerase sigma factor RpoH  38.79 
 
 
285 aa  201  9.999999999999999e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000181562  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0702  sigma 32 (RpoH)  42.65 
 
 
285 aa  200  3e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.0000000179676  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0858  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  43.07 
 
 
350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  0.0000000000347952  normal  0.310936 
 
 
-
 
NC_002978  WD1064  heat shock sigma factor RpoH  38.29 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0283902  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0341  RNA polymerase sigma-32 factor  41.3 
 
 
288 aa  198  1.0000000000000001e-49  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788591  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0357  RNA polymerase factor sigma-32  39.86 
 
 
284 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108013  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3977  RNA polymerase factor sigma-32  38.63 
 
 
285 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000000239264  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3666  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
291 aa  197  2.0000000000000003e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3465  RNA polymerase factor sigma-32  39.93 
 
 
285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.36661  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2370  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.18 
 
 
286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.228679  hitchhiker  0.0000736942 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2750  RNA polymerase sigma-32 factor  39.18 
 
 
286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2986  RNA polymerase factor sigma-32  41.45 
 
 
288 aa  194  9e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.160532  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5108  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
284 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149866  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1062  RNA polymerase factor sigma-32  42.39 
 
 
283 aa  194  1e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.369095  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4981  RNA polymerase factor sigma-32  39.15 
 
 
284 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1443  putative RNA polymerase, sigma 70 family subunit  40.67 
 
 
433 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00000239959  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03711  RNA polymerase factor sigma-32  40.57 
 
 
282 aa  193  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5158  RNA polymerase factor sigma-32  38.93 
 
 
284 aa  192  4e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.900853  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1525  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  42.53 
 
 
326 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.480979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4062  RNA polymerase factor sigma-32  40 
 
 
285 aa  192  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3948  RNA polymerase, sigma 32 subunit, RpoH  39.34 
 
 
289 aa  192  7e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00908242  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1545  RNA polymerase factor sigma-32  41.03 
 
 
280 aa  192  7e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.197254  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0325  RNA polymerase factor sigma-32  38.79 
 
 
309 aa  191  9e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0161  RNA polymerase factor sigma-32  38.97 
 
 
285 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3837  RNA polymerase factor sigma-32  38.87 
 
 
286 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0265332  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0174  RNA polymerase factor sigma-32  37.01 
 
 
285 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000841804  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04930  RNA polymerase factor sigma-32  37.77 
 
 
284 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.119593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>