140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0057 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.218372 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0005  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0049  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0541281  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0049  tRNA-Pro  92.86 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.925267  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0087  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0009  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0057  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.600099  normal  0.289188 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0030  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0641219  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0076  tRNA-Pro  91.94 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.77205  normal  0.0987165 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0015  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0316324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0033  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00710383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0016  tRNA-Pro  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna31  tRNA-Pro  91.07 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.184408  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA40  tRNA-Pro  93.62 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0135525  normal  0.0275356 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.043428  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0004  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.14749  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0008  tRNA-Pro  90 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0022  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000263342  normal  0.454307 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0044  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0038  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.714758  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0164  tRNA-Pro  90 
 
 		 79 bp  65.9  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0067  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0029  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0033  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.216286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0615  tRNA-Pro  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.394292  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0086  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 84 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0075  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0814813  normal  0.0521466 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0072  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46213  normal  0.371186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0070  tRNA-Pro  90.2 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0034  tRNA-Pro  87.93 
 
 		 74 bp  60  0.00000007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.199678  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t10  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0829003  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0019  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.0000000000000100673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0020  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0019  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAProVIMSS1309076  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAProVIMSS1309142  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.165714  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAProVIMSS1309195  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0101473 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0034  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.870471  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAProVIMSS1309152  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0035  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0039  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.500451  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0774  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.631  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0011  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.11857  normal  0.0548204 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0048  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.255642  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0039  tRNA-Pro  87.72 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000294906  hitchhiker  0.000684327 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAProVIMSS1309349  tRNA-Pro  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.521011 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60330  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.665088  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R7  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.365989  normal  0.610069 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1637  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.590858  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0052  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0016  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0504484  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0026  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0039  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000242706 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0047  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0044  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0097  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.96402 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0021  tRNA-Pro  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0039  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0039  tRNA-Pro  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0035  tRNA-Pro  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0637572  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t01  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt16  tRNA-Pro  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0030    85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0163482  normal  0.16826 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0013  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.959732  normal  0.117453 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0040  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0033  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.923916  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0017  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03410  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000139149  hitchhiker  1.96604e-19 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0025  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.692455  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA20  tRNA-Pro  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0493048 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0005  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.964403 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0340  tRNA-Arg  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6030  tRNA-Pro  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.285404  normal  0.189385 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0010  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0001  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.592302  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0032  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.832737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1702  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.535582  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.290911  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0035  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.4244  normal  0.758764 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2759  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0341238  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0025  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0034  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.450402 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0024  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0032  tRNA-Pro  87.23 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0580782  normal  0.580774 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0039  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00372537  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0037  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448716  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0036  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0022  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1308  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.585322  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0590  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.532151  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0057  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.252818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0041  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.210764 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6001  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0238611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0059  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493454  normal  0.0177961 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0047  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0051  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.293622  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>