98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0049 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0052  tRNA-Met  93.85 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.35698  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0066  tRNA-Met  92.75 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0014  tRNA-Met  93.85 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0015  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.325787  normal  0.15681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6037  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  89.7  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.018397  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0050  tRNA-Met  90.54 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0029  tRNA-Met  90.77 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00945673 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0005  tRNA-Met  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0047  tRNA-Met  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.236827  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1429  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0028  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA27  tRNA-Met  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.841539  normal  0.0659835 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0049  tRNA-Met  91.23 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.488702  normal  0.899504 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0059  tRNA-Met  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0010  tRNA-Met  90.77 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.132718 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t27  tRNA-Met  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0008  tRNA-Met  89.86 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0020  tRNA-Met  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.929177  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0039  tRNA-Met  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.495047  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0001  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.220439  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0006  tRNA-Met  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0343832 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0062  tRNA-Met  88.41 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0374221  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0065  tRNA-Met  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.46604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0964  tRNA-Met  89.47 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0491752  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0065  tRNA-Met  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.224549 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0064  tRNA-Met  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.304655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0059  tRNA-Met  89.23 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.122769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_R0080  tRNA-Met  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_R0081  tRNA-Met  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_R0082  tRNA-Met  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0055  tRNA-Met  89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0053  tRNA-Met  86.15 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0018  tRNA-Met  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.69443  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0053  tRNA-Met  87.69 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.157606  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0036  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.269516  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0012    89.47 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.735583  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0045  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.602401 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0024  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000167821  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0045  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.868146  normal  0.416735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4315  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0063  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0024  tRNA-Arg  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000092316  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0047  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.173614 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0015  tRNA-Met  87.72 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.741818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0011  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0041  tRNA-Met  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0048  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000330801  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0218  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000264905  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0860  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000046411  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0299  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000767893  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0003  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4997  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0785  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.40314e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0277  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5044  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4571  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000605128  normal  0.110688 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0053  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.0000000376557  hitchhiker  8.69297e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5813  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000449706  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0101  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5732  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000100542  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5672  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000112746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5639  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5028  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 79 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000552339  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5694  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000635784  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0104  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000527432  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5664  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000049458  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5726  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000859141  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000219464  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000143078  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000847547  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000123447  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000523953  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353058  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000201078  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-3  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000012583  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Arg-5  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000407513  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000072092  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000000692763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Arg-4  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000500778  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0056  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0137  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00346099  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0051  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000001938  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0223361  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0133  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000990226  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0100  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00184606  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0051  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0024  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0232798  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0056  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.771364  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0014  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000388984  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0014  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000281617  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0041  tRNA-Met  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000154494  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0023  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000112621  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0044  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000172694  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0018  tRNA-Arg  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000528633  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>