214 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_R0047 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_R0047  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  170  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.460212  normal  0.496186 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0003  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 86 bp  139  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0034  tRNA-Tyr  94.19 
 
 		 85 bp  123  7e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0365863  normal  0.384153 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0072  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000172192  normal  0.224883 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Tyr-3  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.000509746  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3797  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.0000000000392981  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0059  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111463  hitchhiker  0.000000693164 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0012  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000498022  normal  0.583386 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3087  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000100368  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0079  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000287408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0061  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000782814  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0012  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000122749  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0012  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000828702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0011  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.000000561505  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3189  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533959  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1903  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00000431131  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3765  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000000159613  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3827  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.400436  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3458  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.000255407  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0009  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 86 bp  123  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000816684  normal  0.0119926 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0020  tRNA-Tyr  92.77 
 
 		 83 bp  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000230184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0053  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.798877 
 
 
-
 
NC_003295  RS05585  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000486194  normal  0.206056 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0050  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 86 bp  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.160697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0058  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0036  tRNA-Tyr  91.86 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.391408 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0560  tRNA-Tyr  93.02 
 
 		 84 bp  107  4e-22  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000480165  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0025  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.578313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0068  tRNA-Tyr  90.7 
 
 		 86 bp  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544581  normal  0.0861147 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0063  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0058  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0117646  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0059  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0060  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000231954  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0057  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.658819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0003  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 86 bp  99.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0042  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0015  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNATyrVIMSS1309080  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNATyrVIMSS1309112  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.722386  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNATyrVIMSS1309201  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.0854141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNATyrVIMSS1309156  tRNA-Tyr  93.06 
 
 		 82 bp  95.6  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0015  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.914639  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1215  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 87 bp  91.7  3e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0016  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0163881 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0034  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4565  tRNA-Tyr  89.53 
 
 		 85 bp  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.795414  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNATyrVIMSS1309353  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0022  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 82 bp  87.7  4e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0313146  normal  0.1141 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNATyrVIMSS1309298  tRNA-Tyr  91.67 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0675624 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0020  tRNA-Tyr  88.51 
 
 		 87 bp  85.7  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t23  tRNA-Tyr  89.16 
 
 		 82 bp  85.7  0.000000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.676233  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0050  tRNA-Tyr  87.8 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00161887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0007  tRNA-Tyr  88.37 
 
 		 85 bp  83.8  0.000000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000157532  hitchhiker  0.000000000121254 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0013  tRNA-Tyr  97.78 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000223303  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0013  tRNA-Tyr  97.78 
 
 		 87 bp  81.8  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000469327  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0016  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.291032 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0017  tRNA-Tyr  88.61 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.411262  normal  0.2939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0024  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000291994  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0043  tRNA-Tyr  97.67 
 
 		 87 bp  77.8  0.0000000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000118909  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0029  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0021  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.359257  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0038  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.105251 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0036  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.45022  normal  0.113165 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0035  tRNA-Tyr  90.91 
 
 		 82 bp  75.8  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.923295  normal  0.851315 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0007  tRNA-Tyr  87.21 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000312079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0002  tRNA-Tyr  90 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0030  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.105228  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0054  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000756603  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0054  tRNA-Tyr  88.89 
 
 		 86 bp  69.9  0.00000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000219013  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0021  tRNA-Tyr  85.54 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0010  tRNA-Tyr  95.35 
 
 		 87 bp  69.9  0.00000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000000367926  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0029  tRNA-Tyr  85.54 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0022  tRNA-Tyr  85.54 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.322461  normal  0.0145309 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0029  tRNA-Tyr  85.54 
 
 		 83 bp  69.9  0.00000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.572111  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0042  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.755335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0033  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.392734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0003  tRNA-Tyr  89.19 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0434  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000168072  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0435  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000139864  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0436  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000899619  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2720  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000267596  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0002  tRNA-Tyr  89.19 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0012  tRNA-Tyr  89.39 
 
 		 82 bp  67.9  0.0000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0787862  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna4  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.619166  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0015  tRNA-Tyr  87.3 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000666826  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0010  tRNA-Tyr  86.57 
 
 		 83 bp  61.9  0.00000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  decreased coverage  0.00640732  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0037  tRNA-Tyr  100 
 
 		 86 bp  61.9  0.00000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.499961 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0068  tRNA-Tyr  89.83 
 
 		 82 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0019  tRNA-Tyr  89.83 
 
 		 84 bp  61.9  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.164183  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0012  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000201631  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0007  tRNA-Tyr  87.88 
 
 		 83 bp  60  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0265739 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0050  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11931  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0090  tRNA-Tyr  86.05 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000140728  hitchhiker  0.00740419 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0059  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000803667  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0437  tRNA-Tyr  84.88 
 
 		 85 bp  60  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000091753  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0024  tRNA-Tyr  84.15 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.640159  normal  0.173611 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0038  tRNA-Tyr  83.72 
 
 		 86 bp  60  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000000481051  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  92.68 
 
 		 85 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>