More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_3196 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  100 
 
 
316 aa  625  1e-178  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  49.18 
 
 
305 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  51.5 
 
 
304 aa  237  2e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  40.86 
 
 
305 aa  231  1e-59  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  42.24 
 
 
308 aa  229  5e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  41.28 
 
 
299 aa  224  2e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  43.09 
 
 
306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  41.53 
 
 
317 aa  215  9e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0005  ribokinase, putative  44.74 
 
 
313 aa  214  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0831175  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  42.16 
 
 
305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  41.72 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  41.72 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  41.72 
 
 
308 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  42.16 
 
 
305 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  39.94 
 
 
307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  37.62 
 
 
311 aa  211  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.42 
 
 
308 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  44.04 
 
 
307 aa  208  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  40.26 
 
 
305 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03638  ribokinase  41.42 
 
 
309 aa  206  6e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00223583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03583  hypothetical protein  41.42 
 
 
309 aa  206  6e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00147711  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4120  ribokinase  40.94 
 
 
314 aa  205  9e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.444588  normal  0.199768 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5188  ribokinase  40.63 
 
 
314 aa  204  1e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.034479  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4215  ribokinase  41.12 
 
 
309 aa  205  1e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4242  ribokinase  41.12 
 
 
309 aa  204  2e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00710658 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  40.58 
 
 
310 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  42.16 
 
 
309 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  42.16 
 
 
309 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3968  ribokinase  41.12 
 
 
309 aa  204  2e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.112559  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  41.45 
 
 
308 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  42.16 
 
 
309 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  42.16 
 
 
309 aa  204  2e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4268  ribokinase  41.12 
 
 
309 aa  204  2e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00050994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  41.45 
 
 
308 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  41.12 
 
 
318 aa  203  3e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4167  ribokinase  41.12 
 
 
309 aa  203  4e-51  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.895072  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  41.83 
 
 
309 aa  202  5e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4447  ribokinase  43.79 
 
 
334 aa  202  7e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  39.61 
 
 
308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  39.94 
 
 
308 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  39.6 
 
 
306 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  40.13 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  41.64 
 
 
314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  40.33 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  36.66 
 
 
403 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.67 
 
 
302 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  40.4 
 
 
302 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  39.2 
 
 
303 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  40.33 
 
 
303 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  40.33 
 
 
303 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40 
 
 
302 aa  195  1e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  40.6 
 
 
302 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  40.33 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  40.33 
 
 
303 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40 
 
 
302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  35.29 
 
 
309 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  39 
 
 
303 aa  193  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  35.43 
 
 
307 aa  193  4e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  38.7 
 
 
424 aa  192  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  34.54 
 
 
308 aa  192  7e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  39 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  39 
 
 
303 aa  191  1e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  41 
 
 
304 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  38.41 
 
 
302 aa  189  4e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  39.07 
 
 
308 aa  188  9e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  38.54 
 
 
309 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  37.21 
 
 
307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  36.36 
 
 
403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  36.63 
 
 
297 aa  183  3e-45  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  37.67 
 
 
302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  34.93 
 
 
398 aa  182  6e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  41.33 
 
 
299 aa  181  1e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3718  ribokinase  40.4 
 
 
318 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  38.64 
 
 
310 aa  181  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  35.88 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  33.22 
 
 
304 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  33.22 
 
 
304 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  33.55 
 
 
304 aa  179  7e-44  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  34.65 
 
 
305 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  40.47 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  40.47 
 
 
311 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  38.18 
 
 
314 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  40.94 
 
 
308 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  39.26 
 
 
309 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  33 
 
 
340 aa  176  4e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  38.17 
 
 
313 aa  176  5e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  39.47 
 
 
302 aa  176  6e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  40.8 
 
 
308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  40.13 
 
 
311 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.64 
 
 
312 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  33 
 
 
306 aa  174  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  38.64 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  35.22 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  38.93 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  39.74 
 
 
306 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  32.67 
 
 
306 aa  172  7.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000720941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  38.41 
 
 
295 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  33.33 
 
 
310 aa  172  1e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  39.74 
 
 
308 aa  171  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  32.67 
 
 
310 aa  169  4e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>