More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_2009 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_2009  RNA-binding S4 domain protein  100 
 
 
264 aa  522  1e-147  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113163  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1478  RNA-binding S4 domain-containing protein  70.08 
 
 
247 aa  341  5.999999999999999e-93  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.367389  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0652  pseudouridine synthase, Rsu  64.44 
 
 
293 aa  299  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0843984  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4639  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.37 
 
 
501 aa  288  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1701  putative pseudouridine synthase, Rsu  59.11 
 
 
690 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.305016  normal  0.35374 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0644  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.08 
 
 
327 aa  276  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0618  pseudouridine synthase, Rsu  57.33 
 
 
372 aa  276  4e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0879771 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0910  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.23 
 
 
704 aa  275  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.237604  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2790  RNA pseudouridine synthase  59.11 
 
 
322 aa  275  6e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.525633  normal  0.683012 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2550  pseudouridine synthase, Rsu  61.37 
 
 
680 aa  275  6e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0219746  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3094  RNA-binding S4 domain-containing protein  60.25 
 
 
620 aa  273  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.703122 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3171  pseudouridine synthase, Rsu  60.09 
 
 
687 aa  271  7e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.601748  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6055  RNA-binding S4 domain-containing protein  59.48 
 
 
609 aa  271  1e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.228541  normal  0.392617 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0428  pseudouridine synthase, Rsu  57.89 
 
 
466 aa  271  1e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0206  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.85 
 
 
598 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3036  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.94 
 
 
576 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.246075  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0416  pseudouridine synthase  58.75 
 
 
576 aa  270  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.561279 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0185  RNA pseudouridylate synthase family protein  56.43 
 
 
598 aa  268  5.9999999999999995e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0907  pseudouridine synthase Rsu  59.23 
 
 
743 aa  268  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4321  RNA-binding S4 domain protein  55.65 
 
 
577 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0568238  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1356  RNA-binding S4 domain protein  59.23 
 
 
736 aa  267  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.284872  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6591  RNA-binding S4 domain protein  58.44 
 
 
576 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351846  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3861  RNA-binding S4 domain-containing protein  57.2 
 
 
669 aa  265  5e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.227341 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1210  RNA pseudouridine synthase  56.22 
 
 
499 aa  265  5.999999999999999e-70  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.125933  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4170  RNA-binding S4 domain protein  57.2 
 
 
674 aa  265  5.999999999999999e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1273  pseudouridine synthase Rsu  59.23 
 
 
795 aa  265  8e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.897048 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0522  RNA-binding S4 domain protein  58.16 
 
 
698 aa  264  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.575781 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0477  RNA-binding S4 domain protein  58.16 
 
 
689 aa  263  3e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.53583  normal  0.544761 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0940  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.82 
 
 
489 aa  262  4e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.811015  normal  0.643203 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0069  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.65 
 
 
601 aa  261  8e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2266  pseudouridine synthase  58.82 
 
 
508 aa  261  1e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0326251  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4142  RNA-binding S4 domain-containing protein  56.6 
 
 
457 aa  259  4e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1217  pseudouridine synthase, Rsu  57.08 
 
 
296 aa  258  5.0000000000000005e-68  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.970304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2231  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.82 
 
 
466 aa  256  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00234161  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2874  RNA-binding S4 domain protein  56.17 
 
 
676 aa  251  1e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0536834 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1171  pseudouridine synthase Rsu  59.23 
 
 
784 aa  248  6e-65  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.312711 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1927  pseudouridine synthase, Rsu  54.51 
 
 
422 aa  248  6e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.975227  normal  0.86306 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2376  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.53 
 
 
528 aa  247  1e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.000179936  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2705  pseudouridine synthase  55.61 
 
 
286 aa  246  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0707065  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1297  pseudouridine synthase, Rsu  54.59 
 
 
270 aa  241  1e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.445377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1058  pseudouridine synthase, Rsu  52.56 
 
 
285 aa  240  2e-62  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.042394  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2873  pseudouridine synthase  47.73 
 
 
736 aa  162  6e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1038  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.44 
 
 
332 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.716965 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  47.11 
 
 
290 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_20893  predicted protein  38.8 
 
 
331 aa  156  4e-37  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.775902  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1867  pseudouridine synthase  45.16 
 
 
527 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.919575  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.92 
 
 
345 aa  154  2e-36  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  43.78 
 
 
328 aa  154  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2613  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.7 
 
 
544 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0609714  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  43.17 
 
 
587 aa  152  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  42.73 
 
 
417 aa  152  8e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2312  pseudouridine synthase, Rsu  44.5 
 
 
466 aa  151  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.49516  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.44 
 
 
315 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  43.44 
 
 
310 aa  150  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.1 
 
 
355 aa  149  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2505  pseudouridine synthase  41.82 
 
 
239 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000824724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  41.49 
 
 
409 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  43.78 
 
 
447 aa  149  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.49 
 
 
408 aa  149  6e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  39.58 
 
 
597 aa  149  6e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2001  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  45.91 
 
 
686 aa  149  6e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.850732  normal  0.19762 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0689  pseudouridine synthase  40.17 
 
 
253 aa  149  7e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.49 
 
 
405 aa  148  8e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  43.12 
 
 
244 aa  148  9e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1217  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.09 
 
 
258 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000897909  hitchhiker  0.000000206079 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  44.04 
 
 
300 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000000468714  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.42 
 
 
633 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 
289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1419  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  44.24 
 
 
483 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.829241  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  41.74 
 
 
244 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
626 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  41.11 
 
 
291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1085  pseudouridine synthase  43.32 
 
 
435 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.126004  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  40.56 
 
 
278 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0085  pseudouridine synthase  43.44 
 
 
520 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.300201  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1114  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
594 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.692137  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  40.4 
 
 
295 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1207  pseudouridine synthase  40.42 
 
 
594 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.948896  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.67 
 
 
355 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000006993 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.67 
 
 
355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  44.69 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000305854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  42.67 
 
 
354 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000422758 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  46.58 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  0.0000324002 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000521291 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  146  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1286  hypothetical protein  41.18 
 
 
598 aa  145  5e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0722025  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  41.38 
 
 
379 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  40.71 
 
 
291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  40.71 
 
 
291 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  41.74 
 
 
554 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  42.66 
 
 
291 aa  145  8.000000000000001e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000312166 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  40.71 
 
 
291 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  41.85 
 
 
554 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  41.85 
 
 
554 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  41.85 
 
 
554 aa  145  9e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  40.71 
 
 
291 aa  145  9e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  40.24 
 
 
291 aa  145  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>