82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1821 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1821  Carbohydrate-selective porin OprB  100 
 
 
486 aa  995    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0854  Carbohydrate-selective porin OprB  33.06 
 
 
485 aa  201  1.9999999999999998e-50  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.648225 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1115  Carbohydrate-selective porin OprB  30.68 
 
 
476 aa  184  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.967056  normal  0.588415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2869  Carbohydrate-selective porin OprB  29.76 
 
 
490 aa  176  8e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.206481 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1632  putative porin B precursor outer (glucose porin) transmembrane protein  28.27 
 
 
456 aa  126  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3835  Carbohydrate-selective porin OprB  27.79 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.899229 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4912  Carbohydrate-selective porin OprB  27.79 
 
 
456 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.00363735  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1331  carbohydrate-selective porin OprB  27.32 
 
 
510 aa  113  6e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.901069  hitchhiker  0.00588319 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1117  carbohydrate-selective porin OprB  25.12 
 
 
453 aa  113  9e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00415727  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4360  carbohydrate-selective porin OprB  25.29 
 
 
444 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.081551  normal  0.195321 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4276  carbohydrate-selective porin OprB  24.89 
 
 
444 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.308576  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1445  porin B  24.89 
 
 
444 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.374886  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2950  glucose-sensitive porin  23.95 
 
 
452 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.393124  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4205  carbohydrate-selective porin OprB  24.3 
 
 
447 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1082  carbohydrate-selective porin OprB  24.43 
 
 
448 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0774059  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1296  porin B  24.19 
 
 
453 aa  108  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.329329  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23030  glucose/carbohydrate outer membrane porin OprB precursor  23.82 
 
 
454 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0211738 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34960  glucose-sensitive porin  23.82 
 
 
452 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000209451  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1943  outer membrane porin OprB precursor  23.82 
 
 
454 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4576  carbohydrate-selective porin OprB  24.66 
 
 
453 aa  107  4e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4366  carbohydrate-selective porin OprB  24.47 
 
 
448 aa  107  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00370105  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1019  porin B  24.53 
 
 
447 aa  107  6e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2860  carbohydrate-selective porin OprB  27.08 
 
 
454 aa  106  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00385913  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1057  carbohydrate-selective porin OprB  24.07 
 
 
447 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.177917  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2838  carbohydrate-selective porin OprB  26.84 
 
 
455 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3070  carbohydrate-selective porin OprB  26.84 
 
 
455 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.681986  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1017  carbohydrate-selective porin OprB  23.6 
 
 
447 aa  105  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.134295  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1190  Carbohydrate-selective porin OprB  25.61 
 
 
501 aa  94.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4200  Carbohydrate-selective porin OprB  26.95 
 
 
482 aa  92.4  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00490  regulator of pathogenicity factors  24.7 
 
 
425 aa  89  2e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3953  carbohydrate-selective porin OprB  26.8 
 
 
488 aa  87.4  5e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0268403  normal  0.112791 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4004  carbohydrate-selective porin OprB  24.7 
 
 
483 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.415789  normal  0.208066 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1247  Carbohydrate-selective porin OprB  24.71 
 
 
512 aa  82.8  0.00000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5436  carbohydrate-selective porin, OprB family  28.17 
 
 
446 aa  79.7  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.390026  normal  0.345232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4737  Carbohydrate-selective porin OprB  23.65 
 
 
502 aa  79.7  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0100904  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01615  regulator of pathogenicity factors  23.54 
 
 
440 aa  77.4  0.0000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00130056  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3558  carbohydrate-selective porin OprB  24.47 
 
 
534 aa  77.4  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2070  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0489  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3023  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3354  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2652  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.486905  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0296  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77.4  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2771  carbohydrate-selective porin OprB  24.29 
 
 
534 aa  77  0.0000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.654501  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0309  carbohydrate porin  23.27 
 
 
504 aa  77  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1832  carbohydrate porin  24.68 
 
 
474 aa  76.3  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.378247 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2998  Carbohydrate-selective porin OprB  23.96 
 
 
534 aa  75.9  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0740005 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4831  Carbohydrate-selective porin OprB  24.28 
 
 
507 aa  73.2  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0156749  normal  0.100608 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0267  carbohydrate porin  23.08 
 
 
514 aa  72.4  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2351  carbohydrate-selective porin OprB  24.52 
 
 
422 aa  72  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.348926  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3570  carbohydrate-selective porin OprB  24.05 
 
 
396 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.481926  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2204  carbohydrate-selective porin OprB  24.05 
 
 
422 aa  71.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.329498  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3871  Carbohydrate-selective porin OprB  24.11 
 
 
484 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0231495 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2957  carbohydrate-selective porin OprB  24.05 
 
 
422 aa  70.5  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.107858  normal  0.40455 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0904  Carbohydrate-selective porin OprB  24.1 
 
 
481 aa  70.1  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0673705 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4227  carbohydrate-selective porin OprB  23.78 
 
 
498 aa  69.7  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.796044  normal  0.013612 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3489  carbohydrate-selective porin OprB  24.4 
 
 
493 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2033  Carbohydrate-selective porin OprB  24.01 
 
 
417 aa  67.4  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2711  carbohydrate-selective porin OprB  22.67 
 
 
417 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.695739  normal  0.810589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2894  Carbohydrate-selective porin OprB  23.01 
 
 
509 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.292984 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4759  carbohydrate-selective porin OprB  23.55 
 
 
494 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.15964  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0852  carbohydrate-selective porin OprB  22.47 
 
 
495 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942997 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2156  carbohydrate-selective porin OprB  22.7 
 
 
478 aa  64.3  0.000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3797  Carbohydrate-selective porin OprB  23.55 
 
 
484 aa  64.7  0.000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.577348 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3503  carbohydrate-selective porin OprB  23.39 
 
 
514 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.488626  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4863  carbohydrate-selective porin OprB  23.39 
 
 
514 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5422  carbohydrate-selective porin OprB  23.16 
 
 
493 aa  61.2  0.00000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.585602  normal  0.389505 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2383  hypothetical protein  36.72 
 
 
167 aa  61.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.168117  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2969  carbohydrate-selective porin OprB  21.48 
 
 
480 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4236  carbohydrate-selective porin OprB  23.88 
 
 
492 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.269576 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1290  Carbohydrate-selective porin OprB  21.56 
 
 
492 aa  58.5  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3564  Carbohydrate-selective porin OprB  21.56 
 
 
486 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1762  Carbohydrate-selective porin OprB  23.1 
 
 
446 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.259805  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1063  Carbohydrate-selective porin OprB  22.3 
 
 
473 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.659002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3682  Carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 
486 aa  48.9  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1436  Carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 
481 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1274  carbohydrate-selective porin OprB  20.22 
 
 
494 aa  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3373  carbohydrate-selective porin OprB  20.65 
 
 
486 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.389462  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2528  Carbohydrate-selective porin OprB  22.6 
 
 
502 aa  47.4  0.0006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.310329 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3804  carbohydrate-selective porin OprB  26.29 
 
 
708 aa  47.4  0.0007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0335542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1972  Carbohydrate-selective porin OprB  23.86 
 
 
703 aa  45.4  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0983998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1380  Carbohydrate-selective porin OprB  21.46 
 
 
522 aa  44.7  0.004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.768391  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>