279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1582 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_1582  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  100 
 
 		 466 aa  939    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0010  RNA polymerase factor sigma-54  44.31 
 
 		 500 aa  377  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.608534  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0338  RNA polymerase factor sigma-54  49.46 
 
 		 458 aa  373  1e-102  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0175077  normal  0.141122 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2015  RNA polymerase factor sigma-54  45.53 
 
 		 490 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.427751  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0153  RNA polymerase factor sigma-54  42.09 
 
 		 500 aa  366  1e-100  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0158  RNA polymerase factor sigma-54  41.9 
 
 		 500 aa  365  1e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0170  RNA polymerase factor sigma-54  41.55 
 
 		 513 aa  363  3e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0015  RNA polymerase factor sigma-54  41.8 
 
 		 513 aa  351  2e-95  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973254  hitchhiker  0.000243165 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0105  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 504 aa  347  3e-94  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.768383 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0177  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 543 aa  347  4e-94  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.570335  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0064  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.06 
 
 		 520 aa  345  8.999999999999999e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.353758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0121  RNA polymerase factor sigma-54  40.54 
 
 		 545 aa  345  1e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.515582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0415  RNA polymerase factor sigma-54  39.77 
 
 		 553 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.774408  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3667  RNA polymerase factor sigma-54  41.47 
 
 		 493 aa  333  3e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0052  RNA polymerase factor sigma-54  49.01 
 
 		 548 aa  333  5e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.15874  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0192  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.36 
 
 		 515 aa  332  8e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0159  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.11 
 
 		 516 aa  331  2e-89  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.69641 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0655  RNA polymerase factor sigma-54  49.01 
 
 		 546 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.220841 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0178  RNA polymerase factor sigma-54  49.01 
 
 		 546 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.570253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0048  RNA polymerase factor sigma-54  38.31 
 
 		 520 aa  326  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0064  RNA polymerase factor sigma-54  38.1 
 
 		 519 aa  326  5e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0567  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37.24 
 
 		 526 aa  326  5e-88  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4958  RNA polymerase factor sigma-54  40.59 
 
 		 502 aa  323  4e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2999  RNA polymerase factor sigma-54  39.96 
 
 		 484 aa  318  2e-85  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.167711 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2420  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.13 
 
 		 524 aa  316  4e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.481883  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2429  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.65 
 
 		 511 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0481489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0404  RNA polymerase sigma-54 factor  44.61 
 
 		 482 aa  312  7.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0157372  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0173  RNA polymerase factor sigma-54  47.19 
 
 		 546 aa  311  1e-83  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.174453  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2724  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.16 
 
 		 511 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.174199 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2501  RNA polymerase sigma-54 factor, RpoN  40.16 
 
 		 511 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.423834  normal  0.389615 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1144  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.72 
 
 		 512 aa  305  8.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.260838  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2907  RNA polymerase factor sigma-54  39.02 
 
 		 507 aa  304  2.0000000000000002e-81  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.332311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0297  RNA polymerase factor sigma-54  38 
 
 		 498 aa  299  7e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3935  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.19 
 
 		 503 aa  296  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5028  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.67 
 
 		 528 aa  291  1e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2182  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.74 
 
 		 518 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0296118  normal  0.759233 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1657  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.11 
 
 		 441 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.108649  normal  0.937056 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3334  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.22 
 
 		 510 aa  269  7e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0150  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.37 
 
 		 475 aa  267  2.9999999999999995e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.125748  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3512  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3510  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3581  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 477 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3617  RNA polymerase factor sigma-54  33.9 
 
 		 477 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.167296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  257  3e-67  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 502 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 513 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 513 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 502 aa  256  4e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 502 aa  256  4e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 502 aa  256  5e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  34.89 
 
 		 513 aa  256  7e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3815  RNA polymerase factor sigma-54  33.26 
 
 		 477 aa  255  1.0000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.51503  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3938  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  34.34 
 
 		 472 aa  255  2.0000000000000002e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000403843  normal  0.477567 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2956  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  37 
 
 		 456 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  35.28 
 
 		 505 aa  254  3e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  34.48 
 
 		 513 aa  253  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  31.9 
 
 		 487 aa  252  9.000000000000001e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1601  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  35.16 
 
 		 474 aa  252  1e-65  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.62613 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  35.22 
 
 		 503 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  33.05 
 
 		 477 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0281  RNA polymerase factor sigma-54  32.22 
 
 		 477 aa  249  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  31.74 
 
 		 507 aa  247  3e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  34.23 
 
 		 492 aa  247  4e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 477 aa  246  4.9999999999999997e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  35.08 
 
 		 505 aa  246  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  32.93 
 
 		 511 aa  246  6.999999999999999e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3657  RNA polymerase factor sigma-54  32.63 
 
 		 478 aa  245  9e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0558274  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1704  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.21 
 
 		 438 aa  246  9e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000294974 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  32.43 
 
 		 477 aa  246  9e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0068  sigma-54 factor (RpoN2)  35.99 
 
 		 444 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.370469  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0441  RNA polymerase factor sigma-54  33.26 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  30.94 
 
 		 489 aa  244  3e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0505  RNA polymerase factor sigma-54  33.26 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1153  RNA polymerase factor sigma-54  33.26 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  32.79 
 
 		 497 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0265  sigma-54 (RpoN)  34.72 
 
 		 461 aa  243  5e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 497 aa  243  6e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  34.96 
 
 		 501 aa  243  6e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 		 489 aa  243  7e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  30.82 
 
 		 491 aa  243  7e-63  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  33.2 
 
 		 497 aa  243  7e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  35.79 
 
 		 499 aa  242  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 501 aa  242  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  35.29 
 
 		 503 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 497 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  32.59 
 
 		 497 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  35.17 
 
 		 498 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  35.17 
 
 		 498 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  33.33 
 
 		 487 aa  240  4e-62  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  33.67 
 
 		 503 aa  240  5e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  34.55 
 
 		 501 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>