More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1329 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  74.41 
 
 
426 aa  655    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
423 aa  867    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  73.62 
 
 
411 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  72.21 
 
 
416 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3771  Formyl-CoA transferase  70.82 
 
 
395 aa  572  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.531066  normal  0.292423 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6415  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  69.74 
 
 
394 aa  568  1e-161  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.835321 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4272  Formyl-CoA transferase  69.66 
 
 
393 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.329604  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  57.99 
 
 
395 aa  488  1e-137  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.08 
 
 
395 aa  372  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  47.33 
 
 
411 aa  368  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  45.5 
 
 
406 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.51 
 
 
415 aa  339  5e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5189  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.07 
 
 
406 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0395978  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5111  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.32 
 
 
406 aa  332  6e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.658987  normal  0.523719 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3421  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.78 
 
 
416 aa  332  1e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.8 
 
 
406 aa  330  3e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4648  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.07 
 
 
406 aa  330  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.166918 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.29 
 
 
405 aa  330  4e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  44.02 
 
 
412 aa  327  3e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  44.76 
 
 
406 aa  326  4.0000000000000003e-88  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  44.7 
 
 
396 aa  326  4.0000000000000003e-88  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.95 
 
 
419 aa  324  2e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  42.39 
 
 
418 aa  322  6e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.59 
 
 
395 aa  321  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  44.05 
 
 
396 aa  320  3e-86  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.13 
 
 
418 aa  318  9e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3426  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.03 
 
 
403 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.64 
 
 
406 aa  317  2e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.14 
 
 
407 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  42.39 
 
 
393 aa  316  5e-85  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.16 
 
 
435 aa  316  5e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.79 
 
 
434 aa  316  6e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3087  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
411 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.22 
 
 
413 aa  314  1.9999999999999998e-84  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3414  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.75 
 
 
412 aa  313  2.9999999999999996e-84  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.94 
 
 
404 aa  311  1e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.11 
 
 
415 aa  311  1e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.22 
 
 
395 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  40.2 
 
 
427 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.34 
 
 
407 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0880  Formyl-CoA transferase  43.65 
 
 
389 aa  310  4e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.000116287  normal  0.673423 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  43.07 
 
 
416 aa  310  4e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  41.16 
 
 
396 aa  308  1.0000000000000001e-82  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.65 
 
 
433 aa  307  2.0000000000000002e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.69 
 
 
415 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.94 
 
 
413 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0265  Alpha-methylacyl-CoA racemase  40.66 
 
 
408 aa  303  6.000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.125421  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.35 
 
 
407 aa  302  6.000000000000001e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.33 
 
 
387 aa  302  7.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  41.4 
 
 
413 aa  301  1e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.56 
 
 
418 aa  301  1e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  41.4 
 
 
413 aa  301  1e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1831  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.63 
 
 
414 aa  300  2e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00867179  normal  0.544825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.32 
 
 
418 aa  301  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.6 
 
 
407 aa  301  2e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.6 
 
 
406 aa  300  3e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2158  Formyl-CoA transferase  43.24 
 
 
382 aa  300  4e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  41.84 
 
 
421 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1713  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.79 
 
 
402 aa  298  1e-79  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.8 
 
 
386 aa  297  2e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3677  hypothetical protein  43.16 
 
 
390 aa  298  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0288524  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1069  CaiB/BaiF family protein  43.28 
 
 
411 aa  296  3e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4014  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.95 
 
 
399 aa  297  3e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.29 
 
 
388 aa  297  3e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.54 
 
 
407 aa  296  4e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.73 
 
 
409 aa  295  1e-78  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.54 
 
 
424 aa  295  1e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4160  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.35 
 
 
407 aa  294  2e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  40.1 
 
 
411 aa  294  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.9 
 
 
415 aa  293  3e-78  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.47 
 
 
415 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
430 aa  292  1e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.61 
 
 
413 aa  290  2e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
406 aa  290  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
446 aa  291  2e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.51 
 
 
452 aa  290  3e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.81 
 
 
407 aa  290  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
426 aa  290  4e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1886  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.47 
 
 
384 aa  290  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.494704 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.8 
 
 
411 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.04 
 
 
390 aa  290  5.0000000000000004e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  39.48 
 
 
406 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
406 aa  289  7e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  40.23 
 
 
442 aa  289  8e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  41.6 
 
 
422 aa  289  8e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0706  Alpha-methylacyl-CoA racemase  42.55 
 
 
395 aa  288  9e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.848354  normal  0.893078 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
426 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  39.51 
 
 
406 aa  288  1e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  38.57 
 
 
425 aa  288  1e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.49 
 
 
410 aa  288  1e-76  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  38.46 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  41.97 
 
 
401 aa  288  1e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.29 
 
 
406 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  40.24 
 
 
420 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1328  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.18 
 
 
394 aa  288  2e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.46 
 
 
406 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  39.48 
 
 
406 aa  288  2e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1735  Formyl-CoA transferase  40.41 
 
 
448 aa  286  4e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.186489 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4307  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  43.15 
 
 
396 aa  286  4e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>