More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_1208 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
438 aa  818    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.22 
 
 
390 aa  210  4e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.76 
 
 
412 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  27.11 
 
 
433 aa  150  6e-35  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.24 
 
 
412 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.86 
 
 
434 aa  144  3e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.02 
 
 
443 aa  139  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  27.41 
 
 
431 aa  135  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.31 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  46.77 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  33.49 
 
 
430 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  35.65 
 
 
454 aa  126  9e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.83 
 
 
368 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.12 
 
 
409 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  44.2 
 
 
371 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.14 
 
 
412 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.62 
 
 
450 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.54 
 
 
345 aa  117  3.9999999999999997e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.04 
 
 
345 aa  116  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  47.75 
 
 
326 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.68 
 
 
347 aa  114  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.44 
 
 
346 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.05 
 
 
346 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  45.6 
 
 
358 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.68 
 
 
346 aa  106  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.17 
 
 
446 aa  106  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.04 
 
 
422 aa  105  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.77 
 
 
400 aa  104  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39 
 
 
377 aa  103  6e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  36.1 
 
 
445 aa  103  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  32.17 
 
 
448 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.44 
 
 
464 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.44 
 
 
464 aa  101  3e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.17 
 
 
448 aa  100  4e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.49 
 
 
456 aa  100  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.45 
 
 
339 aa  97.1  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.64 
 
 
448 aa  96.3  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1478  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.11 
 
 
418 aa  96.3  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.5 
 
 
491 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  37.04 
 
 
434 aa  95.1  2e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  27.54 
 
 
484 aa  94.4  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.4 
 
 
440 aa  94.4  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
438 aa  94.4  4e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3415  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35 
 
 
432 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.78 
 
 
427 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.77 
 
 
509 aa  92.4  1e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.34 
 
 
427 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1446  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.33 
 
 
321 aa  92.8  1e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.07 
 
 
319 aa  91.7  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.78 
 
 
427 aa  92  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0192  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.59 
 
 
432 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.13 
 
 
492 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  35.96 
 
 
443 aa  92  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1466  Fis family transcriptional regulator  33.65 
 
 
476 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.03 
 
 
436 aa  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0198  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
431 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.24 
 
 
342 aa  91.3  3e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1461  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 
491 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.78 
 
 
390 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.83 
 
 
325 aa  90.9  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1497  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.65 
 
 
491 aa  90.9  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.93 
 
 
453 aa  90.5  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.41 
 
 
308 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0181  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.59 
 
 
432 aa  90.5  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3472  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.2 
 
 
432 aa  90.5  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.878016  normal  0.473347 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 
425 aa  90.5  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2886  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.84 
 
 
496 aa  90.5  6e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664509  normal  0.0502291 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  31.09 
 
 
441 aa  90.1  7e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.67 
 
 
342 aa  90.1  7e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00186  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.17 
 
 
432 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.445968  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05430  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.63 
 
 
361 aa  89.7  1e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.540484  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  33.15 
 
 
427 aa  89.4  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00185  hypothetical protein  33.17 
 
 
432 aa  89.4  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.434611  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03220  hypothetical protein  33.18 
 
 
448 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1626  PP-loop family protein  22 
 
 
321 aa  89  2e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0190  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.03 
 
 
432 aa  89  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.95 
 
 
241 aa  88.2  2e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.26 
 
 
344 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.99 
 
 
524 aa  87.8  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3342  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.92 
 
 
439 aa  87.4  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.5 
 
 
326 aa  87.4  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0199  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33 
 
 
432 aa  87  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.41 
 
 
372 aa  87  7e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.7 
 
 
321 aa  85.9  0.000000000000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.56 
 
 
347 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.87 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.11 
 
 
487 aa  86.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.04 
 
 
338 aa  85.5  0.000000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1364  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.98 
 
 
465 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.33 
 
 
449 aa  85.1  0.000000000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.11 
 
 
442 aa  84.3  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.71 
 
 
334 aa  84.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
449 aa  84.3  0.000000000000004  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37 
 
 
425 aa  84  0.000000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
445 aa  84  0.000000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.76 
 
 
335 aa  84.3  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.67 
 
 
457 aa  83.6  0.000000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0014  MesJ/Ycf62 family protein  30.77 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.55 
 
 
442 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1786  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  21 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000009  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>