More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0492 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0492  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 325 aa  642    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113875 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0164  RluA family pseudouridine synthase  60 
 
 		 324 aa  355  6.999999999999999e-97  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.95 
 
 		 330 aa  291  8e-78  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2767  RluA family pseudouridine synthase  52.2 
 
 		 330 aa  286  2.9999999999999996e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.901259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1648  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.89 
 
 		 327 aa  286  2.9999999999999996e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.141846  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1019  RluA family pseudouridine synthase  47.06 
 
 		 330 aa  285  5.999999999999999e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.798058 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1312  RluA family pseudouridine synthase  46.97 
 
 		 350 aa  282  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2086  pseudouridine synthase, RluA family  48.45 
 
 		 330 aa  282  5.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.140778  normal  0.342789 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1884  pseudouridine synthase, RluA family  47.98 
 
 		 329 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0958449  normal  0.0260992 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4767  RluA family pseudouridine synthase  45.56 
 
 		 364 aa  279  4e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.305838  hitchhiker  0.0012362 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2261  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  48.58 
 
 		 330 aa  279  6e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1000  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.12 
 
 		 326 aa  278  8e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0966  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.4 
 
 		 318 aa  276  3e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.948591  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0090  pseudouridine synthase, RluA family  46.84 
 
 		 349 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.768556 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2083  RluA family pseudouridine synthase  46.39 
 
 		 326 aa  276  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  44.06 
 
 		 327 aa  275  5e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.54 
 
 		 330 aa  275  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  48.41 
 
 		 329 aa  271  1e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2505  RluA family pseudouridine synthase  46.45 
 
 		 346 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1745  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.15 
 
 		 346 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.2 
 
 		 458 aa  265  8e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0315  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  47.9 
 
 		 348 aa  265  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.458148 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.56 
 
 		 436 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0391  RluA family pseudouridine synthase  45.86 
 
 		 346 aa  264  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0291  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  42.94 
 
 		 348 aa  262  4.999999999999999e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.503835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3624  pseudouridine synthase, RluA family  43.04 
 
 		 455 aa  259  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6367  RluA family pseudouridine synthase  45.68 
 
 		 469 aa  258  7e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.129788  normal  0.347421 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  46.39 
 
 		 368 aa  257  2e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1394  pseudouridine synthase, RluD  41.74 
 
 		 412 aa  256  4e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.377241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3403  pseudouridine synthase RluD  42.9 
 
 		 501 aa  256  4e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0666836  normal  0.0916306 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2335  pseudouridine synthase RluD  42.41 
 
 		 453 aa  255  8e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.134936 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0624  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  44.41 
 
 		 354 aa  254  2.0000000000000002e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3129  pseudouridine synthase RluD  42.22 
 
 		 444 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.411663  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2102  pseudouridine synthase, RluD  48.39 
 
 		 405 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7124  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 		 457 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1575  pseudouridine synthase, RluD  41.61 
 
 		 411 aa  251  1e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.286446  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0354  pseudouridine synthase, RluA family  45.09 
 
 		 446 aa  249  5e-65  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0857  RluA family pseudouridine synthase  45.37 
 
 		 471 aa  248  8e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000295039 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0322  pseudouridine synthase, RluA family  44.75 
 
 		 468 aa  246  3e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.539792  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0278  RluA family pseudouridine synthase  44.75 
 
 		 468 aa  246  3e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0790  RluA family pseudouridine synthase  44.15 
 
 		 348 aa  245  8e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.143813  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  33.76 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1654  pseudouridine synthase  44.57 
 
 		 286 aa  180  2e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.142786 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1614  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.76 
 
 		 315 aa  165  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109224  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1777  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  37.04 
 
 		 328 aa  162  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00553261  decreased coverage  0.000101871 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2242  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.12 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2214  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  33.12 
 
 		 315 aa  160  3e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.38 
 
 		 308 aa  158  1e-37  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0556  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.33 
 
 		 305 aa  158  2e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.39 
 
 		 300 aa  157  3e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0480  RluA family pseudouridine synthase  33.66 
 
 		 364 aa  157  3e-37  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.632369  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.52 
 
 		 307 aa  156  4e-37  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02917  rRNA ribosomal pseudouridine synthase  33 
 
 		 339 aa  155  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  35.31 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  34.41 
 
 		 300 aa  154  1e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.5 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00181118  normal  0.877955 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002989  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.55 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0445865  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0657  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.45 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.422678 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1721  pseudouridine synthase, RluD  33.84 
 
 		 346 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.35 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  34.19 
 
 		 331 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2404  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.5 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000151583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2474  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.5 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0799284  normal  0.0195489 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2566  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.5 
 
 		 329 aa  153  4e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00643292  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1708  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 329 aa  152  5e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000190104  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1711  RluA family pseudouridine synthase  32.08 
 
 		 329 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000000334248  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4412  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 228 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2510  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.75 
 
 		 318 aa  152  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000592786  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1580  pseudouridine synthase, RluA family  34.11 
 
 		 319 aa  151  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000241554  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2656  pseudouridine synthase, RluA family  32.08 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0425559  hitchhiker  0.000122586 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1241  RluA family pseudouridine synthase  36.14 
 
 		 325 aa  151  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2722  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 239 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1751  RluA family pseudouridine synthase  31.97 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000123206  normal  0.30128 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1379  pseudouridine synthase, RluA family  36.62 
 
 		 370 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2815  23S rRNA pseudouridylate synthase C  33.54 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000464709  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1594  RluA family pseudouridine synthase  31.96 
 
 		 329 aa  149  4e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0260553  normal  0.0130241 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1491  pseudouridine synthase, RluA family protein  32.45 
 
 		 318 aa  150  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.446351  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14830  Pseudouridine synthase, RluC  37.78 
 
 		 278 aa  149  5e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.300608  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1574  RluA family pseudouridine synthase  31.76 
 
 		 330 aa  149  6e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00553384  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02339  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (pseudouridylate synthase) (uracil hydrolyase  33.33 
 
 		 313 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.336245  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  42.45 
 
 		 239 aa  149  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5337  pseudouridine synthase  43.29 
 
 		 224 aa  149  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.588803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0714  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.69 
 
 		 326 aa  149  7e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  32.28 
 
 		 320 aa  149  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2844  pseudouridine synthase  42.46 
 
 		 249 aa  149  8e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.556308 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0257  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  31.6 
 
 		 338 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.390571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0315  pseudouridine synthase  38.8 
 
 		 264 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3519  pseudouridine synthase  42.36 
 
 		 234 aa  148  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.477125  normal  0.108825 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1601  23S rRNA pseudouridylate synthase C  32.6 
 
 		 315 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000249423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1390  pseudouridine synthase  39.41 
 
 		 255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.371905  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0283  pseudouridine synthase, RluD  31.27 
 
 		 343 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.131037 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2503  RluA family pseudouridine synthase  30.72 
 
 		 319 aa  146  5e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.721496  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3409  pseudouridine synthase  41.35 
 
 		 228 aa  146  5e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.386946 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2234  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C (rRNA uridine isomerase C) (rRNA pseudouridylate synthase C)  31.21 
 
 		 315 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0928032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4165  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.12 
 
 		 320 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0336491  normal  0.921895 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1620  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.52 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.27015  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3840  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  32.8 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.283554  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1988  pseudouridylate synthase  33.33 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00771455  normal  0.0114075 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 264 aa  144  3e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>