More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0473 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0473  pseudouridine synthase, RluA family  100 
 
 		 322 aa  646    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000500273 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2719  RluA family pseudouridine synthase  68.09 
 
 		 332 aa  389  1e-107  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.344852  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1111  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  52.29 
 
 		 343 aa  305  6e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.522532  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0947  pseudouridine synthase, RluA family  53.87 
 
 		 345 aa  303  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.48756 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1598  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.84 
 
 		 334 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.8835  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.84 
 
 		 347 aa  303  4.0000000000000003e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0348  RluA family pseudouridine synthase  51.56 
 
 		 346 aa  301  9e-81  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1237  RluA family pseudouridine synthase  51.53 
 
 		 334 aa  300  3e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.289539  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0968  pseudouridine synthase, RluA family  52.58 
 
 		 343 aa  299  4e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.431214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1005  RluA family pseudouridine synthase  52.58 
 
 		 343 aa  298  7e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1742  pseudouridine synthase, RluD  51.39 
 
 		 376 aa  291  7e-78  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0441246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2164  RluA family pseudouridine synthase  48.35 
 
 		 482 aa  290  3e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.317837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3146  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.15 
 
 		 343 aa  289  5.0000000000000004e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.19664  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6848  RluA family pseudouridine synthase  52.4 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0345  RluA family pseudouridine synthase  52.85 
 
 		 351 aa  284  2.0000000000000002e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7584  pseudouridine synthase, RluA family  52.7 
 
 		 337 aa  280  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0816319  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2308  pseudouridine synthase, RluA family  51.27 
 
 		 342 aa  279  6e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0234443 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  51.63 
 
 		 321 aa  278  1e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2406  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.95 
 
 		 335 aa  275  7e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0234677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  54.25 
 
 		 332 aa  273  2.0000000000000002e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1985  RluA family pseudouridine synthase  47.59 
 
 		 377 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.122684  normal  0.0341634 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3086  pseudouridine synthase, RluA family  48.91 
 
 		 341 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.226558 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5641  RluA family pseudouridine synthase  50.31 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0784245  normal  0.0662389 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3536  ribosomal large subunit pseudouridine synthase RluD subfamily  48.9 
 
 		 342 aa  270  2.9999999999999997e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.618363  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3343  pseudouridine synthase, RluA family  47.98 
 
 		 341 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0105982 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2613  RluA family pseudouridine synthase  49.21 
 
 		 343 aa  268  7e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  48.85 
 
 		 326 aa  265  7e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  46.73 
 
 		 315 aa  264  2e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2409  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  50.32 
 
 		 349 aa  263  3e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6759  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.84 
 
 		 326 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0288  RluA family pseudouridine synthase  45.71 
 
 		 336 aa  261  8.999999999999999e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1072  RluA family pseudouridine synthase  50 
 
 		 349 aa  261  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0863187  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1573  RluA family pseudouridine synthase  48.9 
 
 		 349 aa  260  3e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105453  normal  0.522178 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1112  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.88 
 
 		 313 aa  259  4e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0997976  normal  0.952064 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2132  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.93 
 
 		 332 aa  259  6e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.864009 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  48.56 
 
 		 323 aa  257  2e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  45.83 
 
 		 304 aa  255  6e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  48.99 
 
 		 320 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0359  pseudouridine synthase RluD  48.87 
 
 		 426 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000104546 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2467  pseudouridine synthase, RluA family  49.35 
 
 		 322 aa  252  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.373438  normal  0.235173 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0372  pseudouridine synthase, RluA family  47.38 
 
 		 334 aa  252  7e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.544933  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0454  pseudouridine synthase RluD  47 
 
 		 324 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.256268 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2610  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.87 
 
 		 347 aa  251  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000916578 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1515  pseudouridine synthase, RluA family  44.81 
 
 		 306 aa  249  4e-65  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0647442 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  49.2 
 
 		 322 aa  249  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2431  pseudouridine synthase, RluD  46.86 
 
 		 351 aa  249  6e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0293774 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  43.42 
 
 		 304 aa  248  9e-65  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  44.77 
 
 		 304 aa  248  1e-64  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0606  pseudouridine synthase RluD  47.4 
 
 		 391 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.32929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1390  pseudouridine synthase, RluA family  45.91 
 
 		 348 aa  248  1e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.568078 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4642  pseudouridine synthase, RluA family  44.12 
 
 		 313 aa  247  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000189125  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2924  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.48 
 
 		 312 aa  246  4e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.459608  normal  0.0830361 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  43.17 
 
 		 306 aa  246  4e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.61 
 
 		 308 aa  245  6.999999999999999e-64  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 306 aa  245  8e-64  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.93 
 
 		 306 aa  245  9e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  44.05 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.63 
 
 		 305 aa  244  1.9999999999999999e-63  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2215  RluA family pseudouridine synthase  47.31 
 
 		 341 aa  244  1.9999999999999999e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.550248  normal  0.919804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2356  RluA family pseudouridine synthase  41.96 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.105918  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.35 
 
 		 310 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.67 
 
 		 303 aa  243  3.9999999999999997e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.99 
 
 		 319 aa  243  3.9999999999999997e-63  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  45.6 
 
 		 306 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3401  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.23 
 
 		 310 aa  241  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0482  pseudouridine synthase, RluA family  48.25 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147798  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.56 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.18 
 
 		 403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.71 
 
 		 403 aa  240  2.9999999999999997e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  46.01 
 
 		 331 aa  239  4e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 319 aa  239  5e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2118  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.21 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  46.52 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1817  RluA family pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 360 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.294999 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28001  putative pseudouridylate synthase specific to ribosomal large subunit  46.36 
 
 		 324 aa  237  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6286  pseudouridine synthase, RluD  46.01 
 
 		 402 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.07 
 
 		 334 aa  237  2e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1793  RluA family pseudouridine synthase  46.01 
 
 		 402 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5094  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.01 
 
 		 402 aa  237  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3490  pseudouridine synthase, RluA family  44.41 
 
 		 329 aa  236  3e-61  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.788611  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0486  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  38.24 
 
 		 337 aa  235  8e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.766955  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  46.2 
 
 		 370 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2541  RluA family pseudouridine synthase  41.86 
 
 		 302 aa  234  1.0000000000000001e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.15335  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2859  pseudouridine synthase, RluD  52.17 
 
 		 264 aa  234  1.0000000000000001e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.13 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.13 
 
 		 302 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1704  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 407 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.225391  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 		 302 aa  233  3e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1731  RluA family pseudouridine synthase  45.57 
 
 		 405 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.895388  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.81 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  46.52 
 
 		 309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.49 
 
 		 302 aa  232  5e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11940  Pseudouridine synthase  46.56 
 
 		 336 aa  232  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.86 
 
 		 313 aa  232  8.000000000000001e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase  39.81 
 
 		 302 aa  231  9e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00039208  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.86 
 
 		 320 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.587851  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0540  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  35.91 
 
 		 323 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.373783  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>