More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0459 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 317 aa  307  1.0000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  47.99 
 
 		 278 aa  262  4.999999999999999e-69  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  46.45 
 
 		 307 aa  238  1e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  41.86 
 
 		 319 aa  235  6e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 307 aa  229  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 321 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 305 aa  212  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  39.35 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 301 aa  203  4e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 306 aa  196  6e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000194873  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 313 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  37.75 
 
 		 304 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 298 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 298 aa  169  4e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 309 aa  167  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  37.23 
 
 		 323 aa  161  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 328 aa  159  4e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  37.42 
 
 		 308 aa  159  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 319 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 353 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  36.17 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 325 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 325 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 339 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  33.69 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 305 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.08 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  28.77 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  25.68 
 
 		 304 aa  119  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.14 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 327 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.01 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 312 aa  116  6e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 299 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 300 aa  114  1.0000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  25.68 
 
 		 304 aa  114  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 297 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  24.34 
 
 		 314 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  25.97 
 
 		 314 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  25 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 298 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5495  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.663771 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  26.06 
 
 		 313 aa  110  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 318 aa  110  4.0000000000000004e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.12 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  26.44 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4711  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 292 aa  109  6e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>