More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0403 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0403  3-dehydroquinate synthase  100 
 
 		 591 aa  1173    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.831997 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1467  3-dehydroquinate synthase  57.43 
 
 		 552 aa  583  1.0000000000000001e-165  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1641  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.42 
 
 		 604 aa  490  1e-137  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.124892 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1923  Shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  53.24 
 
 		 579 aa  489  1e-137  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0886542 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1589  Shikimate kinase, 3-dehydroquinate synthase  53.6 
 
 		 579 aa  488  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.025257  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0354  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  49.02 
 
 		 593 aa  481  1e-134  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1633  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  48.47 
 
 		 594 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.364457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2318  3-dehydroquinate synthase  48.04 
 
 		 615 aa  457  1e-127  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0070259 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1717  3-dehydroquinate synthase  55.52 
 
 		 372 aa  365  1e-100  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9764 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0007  3-dehydroquinate synthase  54.67 
 
 		 369 aa  364  3e-99  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.313295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1432  3-dehydroquinate synthase  55.24 
 
 		 373 aa  360  3e-98  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.68619  normal  0.103295 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2487  3-dehydroquinate synthase  53.54 
 
 		 370 aa  348  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.13771  normal  0.0143197 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0721  3-dehydroquinate synthase  52.32 
 
 		 369 aa  346  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.879879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3741  3-dehydroquinate synthase  53.06 
 
 		 385 aa  342  8e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1283  3-dehydroquinate synthase  54.11 
 
 		 367 aa  342  1e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.637861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1608  3-dehydroquinate synthase  50.27 
 
 		 383 aa  341  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.511347 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2818  3-dehydroquinate synthase  53.26 
 
 		 370 aa  340  5e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1478  3-dehydroquinate synthase  52.69 
 
 		 370 aa  335  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.389848  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1800  3-dehydroquinate synthase  52.66 
 
 		 368 aa  335  1e-90  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2169  3-dehydroquinate synthase  53.78 
 
 		 371 aa  331  2e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.105456 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7572  3-dehydroquinate synthase  50.81 
 
 		 382 aa  330  3e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.498964 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3888  3-dehydroquinate synthase  50.13 
 
 		 376 aa  329  9e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0114459  decreased coverage  0.00292677 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1131  3-dehydroquinate synthase  52.42 
 
 		 370 aa  328  2.0000000000000001e-88  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.547485  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1899  3-dehydroquinate synthase  50.71 
 
 		 369 aa  327  3e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.867319  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1528  3-dehydroquinate synthase  51.84 
 
 		 370 aa  326  7e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0261057  normal  0.35523 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0910  3-dehydroquinate synthase  51.47 
 
 		 378 aa  323  4e-87  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3065  3-dehydroquinate synthase  50.41 
 
 		 375 aa  322  1.9999999999999998e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.497615  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2564  3-dehydroquinate synthase  49.86 
 
 		 380 aa  318  1e-85  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.443147 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3595  3-dehydroquinate synthase  48.8 
 
 		 376 aa  318  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0533  3-dehydroquinate synthase  49.05 
 
 		 382 aa  318  2e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.630888 
 
 
-
 
NC_004310  BR2028  3-dehydroquinate synthase  51.24 
 
 		 378 aa  312  9e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.583475  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1950  3-dehydroquinate synthase  51.24 
 
 		 378 aa  312  9e-84  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2274  3-dehydroquinate synthase  53.69 
 
 		 367 aa  311  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.492898  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0504  3-dehydroquinate synthase  48.11 
 
 		 381 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0293  3-dehydroquinate synthase  48.92 
 
 		 382 aa  310  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.448053 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0703  3-dehydroquinate synthase  48.01 
 
 		 366 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4051  3-dehydroquinate synthase  47.12 
 
 		 381 aa  305  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3247  3-dehydroquinate synthase  50.42 
 
 		 368 aa  305  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2900  3-dehydroquinate synthase  50.57 
 
 		 368 aa  304  3.0000000000000004e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.146748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0680  3-dehydroquinate synthase  51.82 
 
 		 379 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.311145 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00509  3-dehydroquinate synthase  47.16 
 
 		 350 aa  303  4.0000000000000003e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0026349  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0396  3-dehydroquinate synthase  50.95 
 
 		 383 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.553566 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0315  3-dehydroquinate synthase  48.3 
 
 		 359 aa  303  9e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0328402 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0239  3-dehydroquinate synthase  45.74 
 
 		 359 aa  301  3e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000355339  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2455  3-dehydroquinate synthase  47.73 
 
 		 361 aa  300  3e-80  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0307726  normal  0.543805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2969  3-dehydroquinate synthase  50 
 
 		 368 aa  299  1e-79  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.351532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0536  3-dehydroquinate synthase  48.11 
 
 		 382 aa  299  1e-79  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0037  3-dehydroquinate synthase  44.96 
 
 		 377 aa  299  1e-79  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3030  3-dehydroquinate synthase  49.12 
 
 		 361 aa  298  2e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.213133  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3107  3-dehydroquinate synthase  47.67 
 
 		 370 aa  296  7e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.117886 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4951  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 365 aa  295  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0266  shikimate kinase., 3-dehydroquinate synthase  38.12 
 
 		 539 aa  295  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5078  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 365 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5128  3-dehydroquinate synthase  47.89 
 
 		 376 aa  294  4e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3367  3-dehydroquinate synthase  44.08 
 
 		 359 aa  294  4e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0475831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0491  3-dehydroquinate synthase  49.32 
 
 		 383 aa  291  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0214  3-dehydroquinate synthase  43.75 
 
 		 358 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0019522  hitchhiker  0.0093174 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0388  3-dehydroquinate synthase  46.76 
 
 		 365 aa  291  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0665  3-dehydroquinate synthase  45.48 
 
 		 355 aa  290  6e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000291417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4116  3-dehydroquinate synthase  45.92 
 
 		 368 aa  288  1e-76  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102611 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0216  3-dehydroquinate synthase  51.34 
 
 		 364 aa  288  2e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.411301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3129  3-dehydroquinate synthase  47.73 
 
 		 368 aa  288  2e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2926  3-dehydroquinate synthase  47.24 
 
 		 368 aa  288  2e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0268  3-dehydroquinate synthase  48.47 
 
 		 374 aa  288  2e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.230389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0341  3-dehydroquinate synthase  44.32 
 
 		 358 aa  288  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0679  3-dehydroquinate synthase  44.89 
 
 		 372 aa  287  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0085  3-dehydroquinate synthase  44.41 
 
 		 361 aa  287  4e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00165571 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2793  3-dehydroquinate synthase  46.67 
 
 		 363 aa  287  5e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3266  3-dehydroquinate synthase  48.58 
 
 		 368 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.966202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2205  3-dehydroquinate synthase  44.54 
 
 		 366 aa  286  8e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000150156  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0360  3-dehydroquinate synthase  46.01 
 
 		 361 aa  286  9e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.173183  normal  0.0544969 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00027  3-dehydroquinate synthase  44.2 
 
 		 366 aa  286  1.0000000000000001e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5126  3-dehydroquinate synthase  47.61 
 
 		 367 aa  286  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1758  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2746  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3728  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278518  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3757  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2796  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3699  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00532697  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4112  3-dehydroquinate synthase  44.32 
 
 		 358 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000335612  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3207  3-dehydroquinate synthase  47.06 
 
 		 359 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0892348  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0376  3-dehydroquinate synthase  42.61 
 
 		 358 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00801427  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3597  3-dehydroquinate synthase  45.45 
 
 		 361 aa  283  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00180341  hitchhiker  0.0000000386379 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4201  3-dehydroquinate synthase  44.03 
 
 		 358 aa  283  9e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.0000411195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4002  3-dehydroquinate synthase  44.03 
 
 		 358 aa  282  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00000746069  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3400  3-dehydroquinate synthase  43.94 
 
 		 373 aa  282  1e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3023  3-dehydroquinate synthase  46.63 
 
 		 358 aa  282  1e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0401  3-dehydroquinate synthase  44.64 
 
 		 366 aa  282  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294823 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0088  3-dehydroquinate synthase  44.13 
 
 		 361 aa  281  2e-74  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.627876  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4083  3-dehydroquinate synthase  43.75 
 
 		 358 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000010907  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0164  3-dehydroquinate synthase  42.38 
 
 		 356 aa  281  3e-74  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.300731  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3697  3-dehydroquinate synthase  42.9 
 
 		 359 aa  281  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0194599  normal  0.984962 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3893  3-dehydroquinate synthase  42.42 
 
 		 359 aa  281  3e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000115633  normal  0.386529 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5775  3-dehydroquinate synthase  46.98 
 
 		 368 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66600  3-dehydroquinate synthase  46.15 
 
 		 368 aa  280  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3705  3-dehydroquinate synthase  42.15 
 
 		 359 aa  279  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000820021  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002328  3-dehydroquinate synthase  44.48 
 
 		 366 aa  279  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00000221553  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3758  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 362 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0998523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3685  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 362 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000289356  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3854  3-dehydroquinate synthase  46.24 
 
 		 362 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00247011  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>