More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0088 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0088  Polyprenyl synthetase  100 
 
 
311 aa  611  9.999999999999999e-175  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0102091  normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2618  farnesyl-diphosphate synthase  54.7 
 
 
305 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1198  polyprenyl synthetase  63.35 
 
 
301 aa  301  1e-80  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.805389  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0780  polyprenyl synthetase  54.3 
 
 
302 aa  277  2e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.175929  normal  0.724613 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2894  Polyprenyl synthetase  52.69 
 
 
292 aa  268  8e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2253  farnesyl-diphosphate synthase  48.49 
 
 
303 aa  263  2e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0847122  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0516  polyprenyl synthetase  50.72 
 
 
308 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.472432  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0848  farnesyl-diphosphate synthase  48.68 
 
 
295 aa  258  1e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.840697  normal  0.407344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0313  polyprenyl synthetase  51.08 
 
 
321 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.732711 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0623  polyprenyl synthetase  49.28 
 
 
308 aa  255  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.226314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7389  Polyprenyl synthetase  51.87 
 
 
337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7621  farnesyl-diphosphate synthase  46.78 
 
 
307 aa  251  9.000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0290776  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0497  polyprenyl synthetase  49.28 
 
 
308 aa  249  3e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.385542  normal  0.0104009 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0495  polyprenyl synthetase  47.12 
 
 
308 aa  247  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1423  Polyprenyl synthetase  46.55 
 
 
300 aa  247  2e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.37451  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0525  Polyprenyl synthetase  46.01 
 
 
308 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0818  Polyprenyl synthetase  50.51 
 
 
309 aa  241  1e-62  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.238069 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2435  geranyltranstransferase  46.58 
 
 
293 aa  241  1e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.408518  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1049  farnesyl-diphosphate synthase  46.55 
 
 
294 aa  239  4e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0022  farnesyl-diphosphate synthase  54.76 
 
 
297 aa  239  5e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3060  farnesyl-diphosphate synthase  48.59 
 
 
297 aa  239  5.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.016258  hitchhiker  0.00000723246 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004257  octaprenyl-diphosphate synthase/dimethylallyltransferase/geranyltranstransferase/ geranylgeranyl pyrophosphate synthetase  41.84 
 
 
294 aa  237  2e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0423  polyprenyl synthetase  48.17 
 
 
310 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.175484 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0934  geranyltranstransferase  47.39 
 
 
298 aa  236  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.298715  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6645  polyprenyl synthetase  53.73 
 
 
290 aa  235  6e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0105803 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1126  polyprenyl synthetase  49.49 
 
 
304 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3315  polyprenyl synthetase  48.81 
 
 
294 aa  232  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1777  geranyltranstransferase  48.81 
 
 
304 aa  231  1e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.66005  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0205  polyprenyl synthetase  52.4 
 
 
308 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0937506  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0120  polyprenyl synthetase  44.27 
 
 
300 aa  229  4e-59  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2791  polyprenyl synthetase  55.09 
 
 
289 aa  229  4e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0405242  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3212  geranyltranstransferase  46.13 
 
 
299 aa  229  6e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000111364 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0833  farnesyl-diphosphate synthase  44.88 
 
 
299 aa  229  6e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0162065  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1257  Polyprenyl synthetase  43 
 
 
295 aa  228  7e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00136441  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3026  Polyprenyl synthetase  43 
 
 
295 aa  228  1e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3432  farnesyl-diphosphate synthase  41.64 
 
 
315 aa  228  1e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1344  polyprenyl synthetase  45.95 
 
 
293 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00140947  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1358  polyprenyl synthetase  45.95 
 
 
293 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00331153  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1383  polyprenyl synthetase  45.95 
 
 
293 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.444608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3002  Polyprenyl synthetase  45.95 
 
 
293 aa  227  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.383925  decreased coverage  0.0000000854993 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1712  geranyltranstransferase  48.46 
 
 
304 aa  227  2e-58  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2796  polyprenyl synthetase  56.6 
 
 
289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0945  farnesyl-diphosphate synthase  45.42 
 
 
306 aa  226  5.0000000000000005e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_11751  polyprenyl synthetase  40.53 
 
 
300 aa  225  8e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1135  farnesyl-diphosphate synthase  56.6 
 
 
289 aa  225  8e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.129882  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0681  polyprenyl synthetase  44.25 
 
 
299 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1081  polyprenyl synthetase  40.53 
 
 
300 aa  224  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.168923  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0612  polyprenyl synthetase  47.19 
 
 
323 aa  224  1e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_11761  polyprenyl synthetase  40.8 
 
 
299 aa  224  2e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2404  polyprenyl synthetase  45.27 
 
 
297 aa  223  3e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0620494  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2789  polyprenyl synthetase  46.36 
 
 
293 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00992702  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1276  polyprenyl synthetase  45.17 
 
 
293 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0835849  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1599  polyprenyl synthetase  47.55 
 
 
291 aa  223  4e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0416  Polyprenyl synthetase  47.67 
 
 
297 aa  222  4.9999999999999996e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1651  geranyltranstransferase  47.17 
 
 
291 aa  222  6e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1975  geranyltranstransferase  45.23 
 
 
306 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.668358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1643  Polyprenyl synthetase  45.23 
 
 
306 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000512207 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0880  farnesyl-diphosphate synthase  48.75 
 
 
296 aa  221  8e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15151  polyprenyl synthetase  44.78 
 
 
299 aa  221  9.999999999999999e-57  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.423714  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2770  polyprenyl synthetase  45.28 
 
 
293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.409346 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0235  polyprenyl synthetase  43.21 
 
 
297 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07880  geranyltranstransferase  50 
 
 
295 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.408699  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20600  geranyltranstransferase  50 
 
 
295 aa  220  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.715859  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0399  polyprenyl synthetase  48.26 
 
 
287 aa  220  3e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.561941 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2037  polyprenyl synthetase  44.37 
 
 
296 aa  219  5e-56  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2755  farnesyl-diphosphate synthase  47.91 
 
 
299 aa  219  5e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3295  geranyltranstransferase  54.23 
 
 
291 aa  218  7e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0413  geranyltranstransferase  44.68 
 
 
294 aa  219  7e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.058519  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2529  polyprenyl synthetase  46.13 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2752  Polyprenyl synthetase  46.13 
 
 
320 aa  218  7.999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.882711  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_11601  polyprenyl synthetase  39.53 
 
 
300 aa  218  7.999999999999999e-56  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2194  polyprenyl synthetase  49 
 
 
306 aa  218  7.999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2990  polyprenyl synthetase  43.21 
 
 
293 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0298794  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1775  Polyprenyl synthetase  47.87 
 
 
302 aa  218  1e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0714998  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0776  farnesyl-diphosphate synthase  44.18 
 
 
301 aa  217  2e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.10408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2132  farnesyl-diphosphate synthase  47.14 
 
 
296 aa  217  2e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.47194  normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11191  polyprenyl synthetase  43.01 
 
 
300 aa  217  2e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.646183 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1526  geranyltranstransferase  44.4 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2828  farnesyl-diphosphate synthase  45.39 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09331  polyprenyl synthetase  44.6 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3477  polyprenyl synthetase  40.89 
 
 
293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.171034  hitchhiker  0.00323812 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1663  polyprenyl synthetase  40.61 
 
 
295 aa  216  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.746907  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1916  Polyprenyl synthetase  42.03 
 
 
294 aa  216  5e-55  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1417  polyprenyl synthetase  41.78 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.430266  normal  0.288086 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4173  farnesyl-diphosphate synthase  40.27 
 
 
316 aa  215  7e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.16632  normal  0.522672 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1456  farnesyl-diphosphate synthase  49.17 
 
 
299 aa  215  8e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.292762  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3841  farnesyl-diphosphate synthase  47 
 
 
295 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.599692  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0329  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1705  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1511  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0363  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6782  Polyprenyl synthetase  45.04 
 
 
293 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.750259  hitchhiker  0.0000580202 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3328  polyprenyl synthetase  39.38 
 
 
293 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.271135  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1264  Polyprenyl synthetase  42.96 
 
 
297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1705  polyprenyl synthetase  46.5 
 
 
304 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0843  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2535  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2393  geranyltranstransferase  45.74 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1076  polyprenyl synthetase  37.59 
 
 
294 aa  213  2.9999999999999995e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00179719  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3775  polyprenyl synthetase  45.42 
 
 
294 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0109984  normal  0.0572479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>