More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0085 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0085  radical SAM enzyme, Cfr family  100 
 
 
404 aa  831    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.176991  normal  0.136088 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2700  radical SAM protein  75.71 
 
 
390 aa  624  1e-178  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.83245  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3329  hypothetical protein  63.54 
 
 
428 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0035  hypothetical protein  56.23 
 
 
399 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2962  radical SAM protein  59.34 
 
 
402 aa  454  1e-127  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.161045 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2859  radical SAM protein  59.63 
 
 
408 aa  455  1e-127  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1436  hypothetical protein  56.51 
 
 
429 aa  452  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0241  putative pyruvate formate lyase activating enzyme 2 (yfgB)  58.02 
 
 
403 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.283575  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0401  radical SAM enzyme, Cfr family  57.18 
 
 
399 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.213699  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2505  radical SAM protein  59.72 
 
 
391 aa  449  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282858  normal  0.610835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0093  hypothetical protein  57.22 
 
 
399 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.82991  normal  0.435247 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0709  hypothetical protein  56.15 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0041  radical SAM protein  57.34 
 
 
392 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0050  radical SAM protein  57.61 
 
 
392 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.890909  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1382  radical SAM superfamily protein  57.61 
 
 
392 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0269  hypothetical protein  57.49 
 
 
410 aa  438  9.999999999999999e-123  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.169274 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0703  hypothetical protein  55.41 
 
 
420 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1122  radical SAM protein  56.69 
 
 
430 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2966  radical SAM enzyme, Cfr family  56.84 
 
 
399 aa  437  1e-121  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.80573 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1922  radical SAM enzyme, Cfr family  56.61 
 
 
425 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0056484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4488  radical SAM enzyme, Cfr family  55.58 
 
 
431 aa  436  1e-121  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2806  hypothetical protein  52.52 
 
 
427 aa  435  1e-121  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1592  radical SAM enzyme, Cfr family  55.82 
 
 
425 aa  435  1e-121  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.725987 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4556  radical SAM protein  56.36 
 
 
431 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15006  decreased coverage  0.00152892 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0090  radical SAM protein  57.14 
 
 
411 aa  435  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1640  radical SAM protein  56.88 
 
 
425 aa  437  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.100638  normal  0.136917 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0398  radical SAM protein  56.37 
 
 
414 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0578367  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0076  hypothetical protein  57.14 
 
 
411 aa  431  1e-120  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.525724  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0077  hypothetical protein  57.14 
 
 
411 aa  429  1e-119  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3626  hypothetical protein  54.43 
 
 
397 aa  430  1e-119  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.674584  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0185  radical SAM protein  58.15 
 
 
404 aa  429  1e-119  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.582725 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3068  radical SAM protein  55.95 
 
 
413 aa  427  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0759  radical SAM protein  56.17 
 
 
391 aa  426  1e-118  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1380  radical SAM protein  56.71 
 
 
399 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3311  radical SAM enzyme  56.91 
 
 
406 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.853243  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3724  radical SAM enzyme, Cfr family  56.25 
 
 
408 aa  420  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4047  radical SAM enzyme, Cfr family  55.98 
 
 
409 aa  421  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4168  Fe-S-cluster redox protein  54.33 
 
 
410 aa  421  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.433493  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0028  radical SAM protein  56.09 
 
 
396 aa  417  9.999999999999999e-116  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3014  hypothetical protein  55.34 
 
 
397 aa  414  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1362  radical SAM protein  53.1 
 
 
414 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.627333  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1616  hypothetical protein  50.89 
 
 
339 aa  378  1e-103  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.787812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2993  radical SAM protein  51.16 
 
 
356 aa  355  1e-96  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00523882  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5115  hypothetical protein  50 
 
 
379 aa  352  7e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0159423  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2232  radical SAM protein  50.29 
 
 
378 aa  352  7e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.750735  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1347  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2357  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1837  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.323888  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2192  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0838123  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1109  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.545154  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2230  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0060  radical SAM protein  50 
 
 
378 aa  352  8.999999999999999e-96  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0447485  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2851  hypothetical protein  47.84 
 
 
375 aa  351  1e-95  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1838  radical SAM protein  50 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.662917 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1623  hypothetical protein  49.71 
 
 
362 aa  350  2e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00271207 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6265  hypothetical protein  50 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1814  radical SAM protein  50 
 
 
379 aa  350  2e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1752  radical SAM protein  49.43 
 
 
379 aa  347  2e-94  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2988  hypothetical protein  48.46 
 
 
364 aa  346  5e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.45923  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1725  radical SAM protein  49.14 
 
 
379 aa  345  7e-94  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1461  radical SAM protein  49.14 
 
 
378 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0453987  normal  0.563899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2109  hypothetical protein  49.86 
 
 
384 aa  344  1e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.207444 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2089  hypothetical protein  49.58 
 
 
384 aa  344  2e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2887  hypothetical protein  47.77 
 
 
366 aa  342  7e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.73 
 
 
373 aa  342  8e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.563776  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1253  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.73 
 
 
373 aa  341  2e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.405878  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1212  hypothetical protein  50.15 
 
 
383 aa  338  7e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3008  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
373 aa  338  9.999999999999999e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00899057  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3151  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00905599  hitchhiker  0.00812914 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2655  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.88 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1370  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.88 
 
 
373 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106958  normal  0.379553 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1113  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.98 
 
 
373 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.686108  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2051  radical SAM protein  46.76 
 
 
376 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0429585  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1287  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.16 
 
 
373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.900175 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3129  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.82 
 
 
380 aa  335  7e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1296  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
373 aa  335  1e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.499019  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1226  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.59 
 
 
373 aa  335  1e-90  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.173043  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01368  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.13 
 
 
372 aa  334  1e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000522962  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2543  radical SAM enzyme, Cfr family  48.01 
 
 
383 aa  334  2e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.180565  hitchhiker  0.00648935 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1541  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  47.11 
 
 
373 aa  333  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.865101  normal  0.656047 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2379  hypothetical protein  48.26 
 
 
365 aa  334  2e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.02 
 
 
373 aa  333  2e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0888845  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1422  radical SAM protein  48.58 
 
 
382 aa  334  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.12366  normal  0.0354941 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0591  hypothetical protein  48.01 
 
 
372 aa  333  3e-90  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.196855  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1429  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.88 
 
 
373 aa  333  3e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0876618 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1225  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.31 
 
 
373 aa  333  5e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.461537  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1148  radical SAM enzyme, Cfr family  48.69 
 
 
383 aa  332  7.000000000000001e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187802  normal  0.550837 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3315  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  46.31 
 
 
373 aa  332  8e-90  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1056  radical SAM enzyme, Cfr family  48.4 
 
 
383 aa  330  2e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0486076  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1905  radical SAM protein  42.93 
 
 
403 aa  330  3e-89  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1592  hypothetical protein  47.16 
 
 
383 aa  330  4e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.325288 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1999  hypothetical protein  49.28 
 
 
394 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.175204 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  46.36 
 
 
360 aa  326  4.0000000000000003e-88  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0648  hypothetical protein  45.01 
 
 
413 aa  325  6e-88  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1602  radical SAM enzyme, Cfr family  48.48 
 
 
363 aa  325  7e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.113295 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1930  radical SAM enzyme, Cfr family  48.48 
 
 
362 aa  325  7e-88  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0679  hypothetical protein  45.28 
 
 
409 aa  325  8.000000000000001e-88  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3393  radical SAM enzyme, Cfr family  44.11 
 
 
382 aa  324  1e-87  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1504  hypothetical protein  44.96 
 
 
382 aa  324  2e-87  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>