More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0003 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  100 
 
 		 373 aa  723    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  53.66 
 
 		 379 aa  294  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  47.79 
 
 		 412 aa  258  1e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  43.36 
 
 		 374 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  46.63 
 
 		 356 aa  248  2e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  42.39 
 
 		 374 aa  246  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  42.05 
 
 		 374 aa  241  1e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  43.4 
 
 		 391 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  43.32 
 
 		 379 aa  236  4e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  44.01 
 
 		 379 aa  235  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  43.51 
 
 		 409 aa  233  5e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  41.92 
 
 		 378 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  42.09 
 
 		 378 aa  229  5e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  44.18 
 
 		 375 aa  229  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  42.4 
 
 		 378 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  42.62 
 
 		 385 aa  223  4.9999999999999996e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  44.44 
 
 		 379 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  43.26 
 
 		 384 aa  216  4e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  41.08 
 
 		 375 aa  216  5.9999999999999996e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  42.47 
 
 		 398 aa  215  9e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  46.22 
 
 		 357 aa  215  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  42.16 
 
 		 385 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.94 
 
 		 384 aa  212  7.999999999999999e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  41.3 
 
 		 378 aa  212  9e-54  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.29 
 
 		 382 aa  209  5e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  41.35 
 
 		 385 aa  207  2e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  41.29 
 
 		 382 aa  206  7e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  41.73 
 
 		 392 aa  205  9e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  40.44 
 
 		 387 aa  202  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  40.22 
 
 		 384 aa  200  3e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  40.22 
 
 		 384 aa  199  9e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  41.57 
 
 		 369 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  38.89 
 
 		 358 aa  197  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  40.79 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  41.36 
 
 		 363 aa  193  4e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  41.93 
 
 		 368 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  39.01 
 
 		 357 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  36.69 
 
 		 361 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  41.13 
 
 		 378 aa  191  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  41.85 
 
 		 403 aa  187  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.98 
 
 		 384 aa  169  1e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  28.73 
 
 		 365 aa  162  7e-39  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  31.03 
 
 		 349 aa  156  6e-37  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  26.42 
 
 		 372 aa  147  3e-34  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  26.04 
 
 		 372 aa  145  1e-33  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.33 
 
 		 366 aa  115  8.999999999999998e-25  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.51 
 
 		 372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  25 
 
 		 369 aa  112  8.000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  28.61 
 
 		 370 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.78 
 
 		 360 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.12 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0596  DNA replication and repair protein RecF  28.77 
 
 		 351 aa  108  2e-22  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  22.92 
 
 		 362 aa  107  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.9 
 
 		 372 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.23 
 
 		 386 aa  104  2e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.62 
 
 		 372 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.85 
 
 		 369 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  23.06 
 
 		 369 aa  103  4e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.61 
 
 		 359 aa  103  7e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.28 
 
 		 401 aa  101  2e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0534  DNA replication and repair protein RecF  23.12 
 
 		 367 aa  101  2e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.921957  hitchhiker  0.00000000241058 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  21.51 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  21.51 
 
 		 361 aa  100  5e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  23.22 
 
 		 373 aa  99.8  7e-20  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0018  RecF protein  24.86 
 
 		 363 aa  98.6  1e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  28.43 
 
 		 414 aa  99.4  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  26.15 
 
 		 368 aa  98.2  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  26.09 
 
 		 372 aa  98.2  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 		 371 aa  98.2  2e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  23.71 
 
 		 371 aa  97.4  3e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0003  RecF protein  27.15 
 
 		 367 aa  97.4  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0312936  normal  0.12892 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  23.56 
 
 		 375 aa  97.4  4e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  24.17 
 
 		 370 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  24.17 
 
 		 370 aa  96.7  6e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0003  DNA repair and genetic recombination protein  24.48 
 
 		 365 aa  96.7  6e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0011  recombination protein F  26.14 
 
 		 359 aa  96.3  7e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.10983  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  29.9 
 
 		 402 aa  96.3  8e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0003  recombination protein F  27.43 
 
 		 369 aa  96.3  8e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.34 
 
 		 382 aa  95.9  9e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  21.8 
 
 		 359 aa  95.9  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.99 
 
 		 354 aa  95.5  1e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00180653  normal  0.423581 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00030  recombination protein F  27.43 
 
 		 369 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  26.88 
 
 		 370 aa  94.7  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  23.01 
 
 		 360 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  25.35 
 
 		 365 aa  95.1  2e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  29.82 
 
 		 392 aa  95.1  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  94.4  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  24.66 
 
 		 363 aa  94.4  3e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  24.05 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  27.09 
 
 		 374 aa  94.4  3e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0015  DNA replication and repair protein RecF  24.15 
 
 		 340 aa  94.4  3e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.486493  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  23.9 
 
 		 375 aa  94  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  22.55 
 
 		 375 aa  93.6  5e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>