245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0036 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0021  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0036  tRNA-Val  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0258762  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14034  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000622318  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0015  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0817161  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0014  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.591193  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0018  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0014  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0046  tRNA-Val  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.467185  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0038  tRNA-Val  98.51 
 
 
72 bp  125  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00268365  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0026  tRNA-Val  98.51 
 
 
72 bp  125  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0265977  hitchhiker  0.000432959 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0041  tRNA-Val  97.01 
 
 
72 bp  117  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000505895  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0029  tRNA-Val  94.52 
 
 
75 bp  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0037  tRNA-Val  94.52 
 
 
75 bp  113  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.605152  normal  0.0106326 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0029  tRNA-Val  94.52 
 
 
75 bp  113  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0245746  normal  0.0651884 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0026  tRNA-Val  94.44 
 
 
75 bp  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.179113  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0039  tRNA-Val  95.52 
 
 
72 bp  109  9.000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00107403  hitchhiker  0.00887894 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14860  tRNA-Val  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.303289  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0040  tRNA-Val  95.38 
 
 
75 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.288253  hitchhiker  0.000507453 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0047  tRNA-Val  95.38 
 
 
75 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00873766  hitchhiker  0.00896999 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0043  tRNA-Val  95.38 
 
 
75 bp  105  1e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0177605  normal  0.590974 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0032  tRNA-Val  91.78 
 
 
75 bp  97.6  3e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0026  tRNA-Val  91.78 
 
 
75 bp  97.6  3e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000411365 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0027  tRNA-Val  91.78 
 
 
75 bp  97.6  3e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.60657 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0041  tRNA-Val  91.67 
 
 
72 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.532077  normal  0.0646966 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0028  tRNA-Val  92.54 
 
 
72 bp  93.7  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000436096 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0029  tRNA-Val  92.54 
 
 
72 bp  93.7  5e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.575368 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14900  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0038  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0028  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00986707 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0026  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0408746  normal  0.0924489 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0032  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.463355  normal  0.0505941 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0033  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.526612  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0035  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.522217  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15510  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00141573  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0029  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000337509 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0037  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0036  tRNA-Val  96.23 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0042  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153066  hitchhiker  0.00834851 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0044  tRNA-Val  90.41 
 
 
75 bp  89.7  8e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00403684  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10750  tRNA-Val  90.28 
 
 
72 bp  87.7  3e-16  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0216656  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0030  tRNA-Val  90.28 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0033  tRNA-Val  97.87 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000837062 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0031  tRNA-Val  97.87 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000451767 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0029  tRNA-Val  91.04 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.742373  hitchhiker  0.00208243 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0037  tRNA-Val  91.04 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.960362  normal  0.0810888 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16760  tRNA-Val  97.87 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.268589  normal  0.0588163 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16730  tRNA-Val  97.87 
 
 
72 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251043  normal  0.0595565 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0045  tRNA-Val  89.04 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0052  tRNA-Val  89.04 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0049  tRNA-Val  89.04 
 
 
75 bp  81.8  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0044  tRNA-Val  90.77 
 
 
72 bp  81.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13840  tRNA-Val  94.23 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.150199  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13890  tRNA-Val  94.23 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0287375  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0051  tRNA-Val  90.62 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000163002  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0036  tRNA-Val  89.55 
 
 
72 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.821341  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0053  tRNA-Val  92.59 
 
 
75 bp  75.8  0.000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.00000250607  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0025  tRNA-Val  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000057008  normal  0.409519 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0033  tRNA-Val  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0021  tRNA-Val  92.45 
 
 
72 bp  73.8  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0033  tRNA-Val  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.523176  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0044  tRNA-Val  87.67 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.311014  normal  0.10516 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0047  tRNA-Val  87.5 
 
 
75 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.561657  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0025  tRNA-Val  92.16 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.962727  normal  0.312894 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07210  tRNA-Val  97.44 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.00000170104  normal  0.87743 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0046  tRNA-Val  88.06 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0191389  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0023  tRNA-Val  88.06 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.720893  normal  0.0127386 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13860  tRNA-Val  93.62 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0312518  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0045  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0046  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000910848  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0065  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.0059636  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0059  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000382947  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0045  tRNA-Val  90.74 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Val-2  tRNA-Val  86.96 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.516841  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0031  tRNA-Val  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000478109 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0052  tRNA-Val  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.886993  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0013  tRNA-Val  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.736454 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0060  tRNA-Val  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000546078  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0025  tRNA-Val  86.3 
 
 
75 bp  65.9  0.000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000640058  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0029  tRNA-Val  86.11 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.198673  normal  0.11041 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0018  tRNA-Val  86.57 
 
 
72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.347531  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0030  tRNA-Val  95.35 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  0.00000000857099  normal  0.523891 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAValVIMSS1309212  tRNA-Val  86.57 
 
 
72 bp  61.9  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.430818  normal  0.748874 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0043  tRNA-Val  88.89 
 
 
75 bp  60  0.00000008  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000000282186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0033  tRNA-Val  85.51 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000112986  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0032  tRNA-Val  84.93 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00002348 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0041  tRNA-Val  92.68 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.424139  normal  0.210105 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0031  tRNA-Val  85.51 
 
 
75 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0031  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0117254 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0028  tRNA-Val  92.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.464795  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0057  tRNA-Val  92.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.700226  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0036  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000120511 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0038  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.666126  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0040  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.90959  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09530  tRNA-Val  92.5 
 
 
75 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0129641  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0033  tRNA-Val  84.72 
 
 
75 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.27 
 
 
75 bp  54  0.000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16810  tRNA-Val  85.07 
 
 
72 bp  54  0.000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.606714  normal  0.0176901 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0028  tRNA-Val  85.07 
 
 
72 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.13979  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0024  tRNA-Val  85.07 
 
 
72 bp  54  0.000005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07570  tRNA-Val  86.44 
 
 
75 bp  54  0.000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.10137  normal  0.977811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>