More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4201 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 
308 aa  608  1e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  69.87 
 
 
313 aa  387  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  58.55 
 
 
330 aa  332  5e-90  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  57.09 
 
 
301 aa  315  8e-85  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  53.64 
 
 
301 aa  313  1.9999999999999998e-84  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.81 
 
 
301 aa  296  2e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  51.67 
 
 
311 aa  292  6e-78  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.16 
 
 
321 aa  289  3e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.87 
 
 
301 aa  284  2.0000000000000002e-75  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.89 
 
 
300 aa  279  5e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.48 
 
 
326 aa  272  7e-72  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  50.17 
 
 
321 aa  265  1e-69  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  53.33 
 
 
291 aa  258  1e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  53.2 
 
 
306 aa  249  5e-65  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  43.49 
 
 
307 aa  232  5e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.72 
 
 
305 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.32 
 
 
304 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.32 
 
 
304 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.32 
 
 
304 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.97 
 
 
304 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.66 
 
 
311 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.21 
 
 
303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.16 
 
 
307 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.18 
 
 
308 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.41 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.16 
 
 
301 aa  212  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.62 
 
 
304 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.69 
 
 
305 aa  211  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.62 
 
 
304 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.62 
 
 
304 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.03 
 
 
312 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.03 
 
 
312 aa  209  5e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40 
 
 
305 aa  209  6e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.91 
 
 
336 aa  208  8e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.44 
 
 
303 aa  206  3e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.44 
 
 
303 aa  206  3e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
303 aa  206  4e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.79 
 
 
303 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.89 
 
 
303 aa  205  7e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.34 
 
 
305 aa  204  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  41.44 
 
 
303 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.83 
 
 
303 aa  203  2e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.1 
 
 
303 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.44 
 
 
303 aa  204  2e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.01 
 
 
301 aa  203  3e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.52 
 
 
303 aa  202  4e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.8 
 
 
304 aa  202  5e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.1 
 
 
303 aa  202  5e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.46 
 
 
313 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.1 
 
 
303 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.6 
 
 
303 aa  202  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.86 
 
 
303 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00000952381  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.93 
 
 
328 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.1 
 
 
304 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.88 
 
 
301 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.88 
 
 
301 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.14 
 
 
301 aa  194  1e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.2 
 
 
301 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.87 
 
 
304 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.71 
 
 
304 aa  192  5e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  36.39 
 
 
303 aa  185  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40.2 
 
 
304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.86 
 
 
304 aa  179  4.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  41.28 
 
 
304 aa  177  1e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  31.05 
 
 
313 aa  116  5e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  28.82 
 
 
290 aa  113  3e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000026647  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3957  dihydrodipicolinate synthetase  31.4 
 
 
299 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3845  dihydrodipicolinate synthetase  30.72 
 
 
299 aa  109  5e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3007  dihydrodipicolinate synthase  31.48 
 
 
292 aa  109  6e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0527103  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2430  dihydrodipicolinate synthase  29.69 
 
 
294 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000104748  hitchhiker  0.0000338239 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  31.35 
 
 
291 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  32.76 
 
 
291 aa  109  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1068  dihydrodipicolinate synthase  31.88 
 
 
292 aa  108  8.000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.126267  normal  0.042063 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2177  dihydrodipicolinate synthase  30.03 
 
 
294 aa  108  1e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000474227  normal  0.485402 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1848  dihydrodipicolinate synthase  30.87 
 
 
294 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0192558  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4753  dihydrodipicolinate synthetase  31.05 
 
 
305 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.102033  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1864  dihydrodipicolinate synthase  31.88 
 
 
294 aa  107  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00000003415  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2590  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 
294 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000266276  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1792  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 
294 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000000368333  hitchhiker  0.00000000144356 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2667  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 
294 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000190321  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2552  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 
294 aa  106  6e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000411762  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5174  dihydrodipicolinate synthetase  33.33 
 
 
317 aa  105  8e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0202491  normal  0.065211 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1145  dihydrodipicolinate synthase  30.03 
 
 
294 aa  105  8e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0950083  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  29.05 
 
 
311 aa  105  9e-22  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  31.61 
 
 
292 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4210  dihydrodipicolinate synthetase  28.09 
 
 
319 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1702  dihydrodipicolinate synthase  31.54 
 
 
294 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000467042  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2062  dihydrodipicolinate synthase  28.52 
 
 
291 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4387  dihydrodipicolinate synthase  31.61 
 
 
292 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  30.45 
 
 
294 aa  103  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1879  dihydrodipicolinate synthase  31.54 
 
 
294 aa  103  3e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2412  dihydrodipicolinate synthase  31.21 
 
 
294 aa  103  3e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0470285  hitchhiker  0.00564144 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1656  dihydrodipicolinate synthase  31.21 
 
 
294 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00451745  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2640  dihydrodipicolinate synthase  38.59 
 
 
293 aa  103  5e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2340  dihydrodipicolinate synthase  31.21 
 
 
294 aa  103  5e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00299163  hitchhiker  0.000000559319 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3930  dihydrodipicolinate synthetase  33.22 
 
 
299 aa  102  6e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2190  dihydrodipicolinate synthase  29.82 
 
 
314 aa  102  7e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4989  dihydrodipicolinate synthetase  32.06 
 
 
299 aa  102  7e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0846  dihydrodipicolinate synthase  29.7 
 
 
292 aa  102  9e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00144357 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1371  dihydrodipicolinate synthase  31.09 
 
 
292 aa  102  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.418519  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>