57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3886 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3886  hypothetical protein  100 
 
 
554 aa  1125  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00540166  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1476  HNH endonuclease  75.68 
 
 
586 aa  840  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0266278  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3616  hypothetical protein  89.73 
 
 
204 aa  335  2e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1666  hypothetical protein  35.59 
 
 
557 aa  264  3e-69  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0062  hypothetical protein  35.75 
 
 
572 aa  257  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0266  hypothetical protein  35.32 
 
 
602 aa  253  7e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0728  hypothetical protein  30.3 
 
 
535 aa  72.4  2e-11  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0834953 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5006  hypothetical protein  30.2 
 
 
508 aa  71.2  5e-11  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4917  hypothetical protein  30.2 
 
 
508 aa  71.2  5e-11  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.150474  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3935  hypothetical protein  27.78 
 
 
514 aa  70.5  8e-11  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0910355 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0179  hypothetical protein  30.49 
 
 
524 aa  68.9  2e-10  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0946  hypothetical protein  40.7 
 
 
484 aa  66.6  1e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.915347 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1180  hypothetical protein  31.11 
 
 
519 aa  66.6  1e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.209528  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1057  hypothetical protein  40.7 
 
 
567 aa  66.2  1e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10526  13E12 repeat-containing protein  34.13 
 
 
488 aa  65.9  2e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10341  13E12 repeat-containing protein  34.13 
 
 
511 aa  65.1  3e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4099  hypothetical protein  31.82 
 
 
517 aa  65.1  4e-09  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.165873  normal  0.595439 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1291  hypothetical protein  29.15 
 
 
582 aa  62.4  2e-08  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.322843  normal  0.107817 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3063  hypothetical protein  35.22 
 
 
480 aa  61.2  4e-08  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0277279  normal  0.257272 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3106  hypothetical protein  35.22 
 
 
480 aa  60.8  5e-08  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.449478  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3047  hypothetical protein  35.22 
 
 
480 aa  60.8  5e-08  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3422  hypothetical protein  31.32 
 
 
620 aa  58.2  4e-07  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.023087  normal  0.778813 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5188  hypothetical protein  30.36 
 
 
586 aa  57.4  6e-07  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0262711 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5065  hypothetical protein  29.6 
 
 
506 aa  56.6  1e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4350  hypothetical protein  24.08 
 
 
579 aa  56.2  1e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.000306151  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2144  hypothetical protein  29.76 
 
 
593 aa  55.8  2e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.170651  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2714  hypothetical protein  29.76 
 
 
601 aa  55.5  3e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.707807  normal  0.117401 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1741  hypothetical protein  25.08 
 
 
475 aa  54.7  4e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5546  hypothetical protein  28.07 
 
 
571 aa  54.7  5e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.419973  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3596  hypothetical protein  31.18 
 
 
464 aa  54.7  5e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.736213  normal  0.654311 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3778  hypothetical protein  29.07 
 
 
473 aa  53.9  7e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.499553 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3994  hypothetical protein  29.8 
 
 
508 aa  53.1  1e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  decreased coverage  0.00383359  normal  0.960587 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10397  13E12 repeat-containing protein  40.38 
 
 
441 aa  52.8  1e-05  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3920  hypothetical protein  29.8 
 
 
508 aa  53.1  1e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.319111  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0426  hypothetical protein  25 
 
 
539 aa  52.8  2e-05  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0327015  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3176  hypothetical protein  29.54 
 
 
601 aa  52.4  2e-05  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0436761  normal  0.0313411 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00460  HNH endonuclease  33.64 
 
 
565 aa  51.6  4e-05  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.711457 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0740  hypothetical protein  42.22 
 
 
618 aa  51.6  4e-05  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4927  hypothetical protein  29.38 
 
 
546 aa  50.8  6e-05  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.929076 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2721  hypothetical protein  33.33 
 
 
553 aa  49.7  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15770  HNH endonuclease  38.82 
 
 
360 aa  49.3  0.0002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.323971  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02410  HNH endonuclease  31.58 
 
 
198 aa  48.1  0.0004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2756  HNH nuclease  23.51 
 
 
550 aa  47.8  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5299  hypothetical protein  30.2 
 
 
516 aa  47.8  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0159919  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0621  hypothetical protein  29.08 
 
 
491 aa  47.8  0.0006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0634  hypothetical protein  29.08 
 
 
491 aa  47.8  0.0006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.706524 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0612  hypothetical protein  29.08 
 
 
491 aa  47.4  0.0008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0807  HNH endonuclease  23.2 
 
 
566 aa  46.6  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29150  hypothetical protein  30.2 
 
 
502 aa  46.6  0.001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3427  HNH endonuclease  35 
 
 
566 aa  46.2  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0314  hypothetical protein  32.04 
 
 
512 aa  46.6  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.189609 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_02590  HNH endonuclease  32.67 
 
 
169 aa  45.8  0.002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1272  HNH endonuclease  30.77 
 
 
532 aa  45.4  0.003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.250117 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1708  HNH endonuclease  33.77 
 
 
519 aa  45.4  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0664589  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0148  HNH endonuclease  37.18 
 
 
748 aa  44.3  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.350878  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3052  HNH endonuclease  33.33 
 
 
403 aa  44.3  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00448111  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6925  HNH endonuclease  30.93 
 
 
426 aa  43.9  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.629252 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>