More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3810 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3810  exodeoxyribonuclease III Xth  100 
 
 
293 aa  597  1e-170  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0470  exodeoxyribonuclease III Xth  66.1 
 
 
289 aa  379  1e-104  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5290  exodeoxyribonuclease III Xth  60.51 
 
 
297 aa  327  1.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.024265  normal  0.868104 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1180  exodeoxyribonuclease III  59.06 
 
 
304 aa  325  8.000000000000001e-88  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.287038  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1721  exodeoxyribonuclease III Xth  56.77 
 
 
265 aa  293  2e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.678022  decreased coverage  0.000653482 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1736  exodeoxyribonuclease III Xth  56.39 
 
 
265 aa  291  1e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.956019  normal  0.890937 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1469  exodeoxyribonuclease III  51.59 
 
 
282 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.361239  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4198  exodeoxyribonuclease III Xth  52.08 
 
 
266 aa  265  5.999999999999999e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.85997  normal  0.154808 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4159  exodeoxyribonuclease III Xth  50.72 
 
 
275 aa  261  1e-68  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0712158  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0258  exodeoxyribonuclease III  51.89 
 
 
264 aa  256  3e-67  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0433178  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15770  Exodeoxyribonuclease III  51.91 
 
 
259 aa  256  4e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.587593  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3153  exodeoxyribonuclease III Xth  49.63 
 
 
264 aa  246  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000272901  hitchhiker  0.000542598 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4983  exodeoxyribonuclease III Xth  50.38 
 
 
264 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1079  exodeoxyribonuclease III  50 
 
 
262 aa  243  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2428  exodeoxyribonuclease III Xth  47.57 
 
 
264 aa  242  6e-63  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.215076 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3648  exodeoxyribonuclease III Xth  48.29 
 
 
263 aa  241  7.999999999999999e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05580  Exodeoxyribonuclease III  49.27 
 
 
281 aa  239  4e-62  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10432  exodeoxyribonuclease III protein xthA (exonuclease III)  50 
 
 
291 aa  237  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0709218  normal  0.817281 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0629  exodeoxyribonuclease III Xth  48.71 
 
 
268 aa  232  5e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35330  Exodeoxyribonuclease III  45.28 
 
 
263 aa  232  5e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.139332  normal  0.143456 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25800  Exodeoxyribonuclease III  48.13 
 
 
266 aa  232  7.000000000000001e-60  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4608  exodeoxyribonuclease III Xth  48.29 
 
 
261 aa  230  2e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.110693  hitchhiker  0.0000204361 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0419  exodeoxyribonuclease III  48.15 
 
 
294 aa  229  3e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0730  exodeoxyribonuclease III Xth  50.55 
 
 
272 aa  229  4e-59  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.32166 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0549  exodeoxyribonuclease III Xth  45.11 
 
 
264 aa  229  6e-59  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024282 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0557  exodeoxyribonuclease III  48.13 
 
 
267 aa  226  4e-58  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.507635 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0579  exodeoxyribonuclease III  48.13 
 
 
267 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.201053  normal  0.0309221 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0567  exodeoxyribonuclease III  48.13 
 
 
267 aa  226  5.0000000000000005e-58  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0177  exodeoxyribonuclease III Xth  48.72 
 
 
272 aa  223  3e-57  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.990944 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0656  exodeoxyribonuclease III Xth  45.49 
 
 
262 aa  216  2.9999999999999998e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.512718  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0172  exodeoxyribonuclease III  46.62 
 
 
255 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000298085 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1068  exodeoxyribonuclease III Xth  44.4 
 
 
262 aa  215  5e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.139383  normal  0.723752 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3155  exodeoxyribonuclease III Xth  39.5 
 
 
316 aa  211  7.999999999999999e-54  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3648  exodeoxyribonuclease III  44.66 
 
 
254 aa  211  1e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2435  exodeoxyribonuclease III  43.73 
 
 
255 aa  206  3e-52  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.147349  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1246  exodeoxyribonuclease III Xth  43.51 
 
 
254 aa  206  3e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0137674 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01950  Exodeoxyribonuclease III  45.16 
 
 
275 aa  206  3e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0357  exodeoxyribonuclease III Xth  46.04 
 
 
257 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.462834  normal  0.596536 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0178  exodeoxyribonuclease III  46.04 
 
 
257 aa  204  2e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3070  exodeoxyribonuclease III  44.49 
 
 
256 aa  201  8e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0685  hypothetical protein  40.68 
 
 
256 aa  202  8e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2418  exodeoxyribonuclease III  42.37 
 
 
277 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1699  exodeoxyribonuclease III xth  43.01 
 
 
282 aa  198  7e-50  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0398069  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1727  exodeoxyribonuclease III Xth  46.18 
 
 
258 aa  198  7e-50  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  43.41 
 
 
255 aa  198  7.999999999999999e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.669681 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0703  hypothetical protein  39.54 
 
 
256 aa  197  1.0000000000000001e-49  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2611  exodeoxyribonuclease III Xth  42.59 
 
 
258 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.458401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1526  exodeoxyribonuclease III  41.83 
 
 
258 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.541899  normal  0.12165 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0007  exodeoxyribonuclease III  41.6 
 
 
255 aa  195  6e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.454244  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1037  exodeoxyribonuclease III  42.21 
 
 
264 aa  195  6e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0913  exodeoxyribonuclease III Xth  42.21 
 
 
264 aa  195  8.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2782  exodeoxyribonuclease III  41.67 
 
 
258 aa  193  2e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.554158  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4438  exodeoxyribonuclease III  40.82 
 
 
263 aa  192  4e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2496  exodeoxyribonuclease III  41.18 
 
 
267 aa  192  5e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.0083215  normal  0.338343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2071  exodeoxyribonuclease III  41.13 
 
 
256 aa  191  9e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.663777 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3970  exodeoxyribonuclease III  41.44 
 
 
258 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1460  exodeoxyribonuclease III Xth  41.98 
 
 
254 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.178949  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03249  exodeoxyribonuclease III  42.64 
 
 
259 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2283  exodeoxyribonuclease III Xth  41.06 
 
 
267 aa  188  9e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.703686  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4240  exodeoxyribonuclease III Xth  39.69 
 
 
262 aa  188  9e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.381888  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2680  exonuclease III  41.35 
 
 
264 aa  187  2e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.112967  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2607  exodeoxyribonuclease III  42.26 
 
 
265 aa  187  2e-46  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0881671 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4594  exodeoxyribonuclease III Xth  39.85 
 
 
268 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.136344  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1755  exodeoxyribonuclease III (xth)  41.44 
 
 
266 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1478  exodeoxyribonuclease III Xth  41.15 
 
 
258 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391852  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0485  exodeoxyribonuclease III  35.04 
 
 
281 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.229415  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06981  exodeoxyribonuclease III  39.19 
 
 
279 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05401  exodeoxyribonuclease III  36.09 
 
 
281 aa  185  6e-46  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.889276  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1017  exodeoxyribonuclease III  36.98 
 
 
262 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.869599 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0988  exodeoxyribonuclease III  36.98 
 
 
262 aa  185  8e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1297  exodeoxyribonuclease III  38.66 
 
 
275 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.295102  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0007  exodeoxyribonuclease III Xth  37.79 
 
 
257 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.645227  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0701  exodeoxyribonuclease III Xth  38.57 
 
 
288 aa  184  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.60209 
 
 
-
 
NC_004310  BR0873  exodeoxyribonuclease III  38.35 
 
 
260 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1817  exodeoxyribonuclease III  38.29 
 
 
275 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.170882  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3266  exodeoxyribonuclease III Xth  42.01 
 
 
263 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0864  exodeoxyribonuclease III  38.35 
 
 
279 aa  183  2.0000000000000003e-45  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04851  exodeoxyribonuclease III  38.35 
 
 
277 aa  183  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.416527  normal  0.309597 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1252  exodeoxyribonuclease III Xth  37.77 
 
 
282 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010877  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1810  exodeoxyribonuclease III xth  39.54 
 
 
266 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.962919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1637  exodeoxyribonuclease III Xth  42.59 
 
 
261 aa  182  4.0000000000000006e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1686  exodeoxyribonuclease III  38.55 
 
 
262 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05481  exodeoxyribonuclease III  35.27 
 
 
281 aa  182  7e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5454  exodeoxyribonuclease III  40 
 
 
258 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05111  exodeoxyribonuclease III  34.96 
 
 
281 aa  181  1e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2559  exodeoxyribonuclease III  39.25 
 
 
260 aa  181  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2804  exodeoxyribonuclease III  39.7 
 
 
263 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.96481  normal  0.323562 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3564  exodeoxyribonuclease III  37.88 
 
 
261 aa  181  1e-44  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1447  exodeoxyribonuclease III  39.7 
 
 
258 aa  181  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.529853  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05411  exodeoxyribonuclease III  37.92 
 
 
275 aa  180  2e-44  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.186769 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2467  exodeoxyribonuclease III  41.15 
 
 
257 aa  180  2e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.184552 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1784  exodeoxyribonuclease III  40.75 
 
 
266 aa  178  8e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.144543  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2622  exodeoxyribonuclease III Xth  42.64 
 
 
254 aa  178  1e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.128111  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2163  exodeoxyribonuclease III Xth  40.38 
 
 
258 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.924471  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1479  exodeoxyribonuclease III Xth  38.15 
 
 
263 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.688806 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0661  exodeoxyribonuclease III  39.78 
 
 
288 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.984285  normal  0.57398 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5932  exodeoxyribonuclease III (xth)  40.38 
 
 
258 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.342329  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2145  exodeoxyribonuclease III Xth  40.38 
 
 
258 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.447148  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2758  exodeoxyribonuclease III  40.23 
 
 
276 aa  176  3e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.139698  normal  0.30939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2700  exodeoxyribonuclease III Xth  39.78 
 
 
270 aa  176  3e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.6811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>