More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3792 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
290 aa  577  1.0000000000000001e-163  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.24 
 
 
267 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848764  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0518  short chain dehydrogenase  44.65 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.693984  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0528  short chain dehydrogenase  44.65 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0540  short chain dehydrogenase  44.65 
 
 
287 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0506548  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0217  short chain dehydrogenase  42.55 
 
 
286 aa  209  4e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743608  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0690  short chain dehydrogenase  44.28 
 
 
292 aa  206  2e-52  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0965776 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11893  short chain dehydrogenase  45.32 
 
 
286 aa  206  4e-52  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.361469 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2345  short chain dehydrogenase  45.28 
 
 
297 aa  191  1e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.190376  hitchhiker  0.00770319 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.54 
 
 
295 aa  186  3e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0045  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.05 
 
 
297 aa  178  1e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3561  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
276 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
266 aa  138  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1652  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.53 
 
 
263 aa  133  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.406649 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.7 
 
 
256 aa  128  1.0000000000000001e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.624972 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.2 
 
 
244 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3606  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.84 
 
 
278 aa  128  1.0000000000000001e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.543752  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1255  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.7 
 
 
247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.02 
 
 
245 aa  126  4.0000000000000003e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
252 aa  124  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.45 
 
 
602 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8731  short chain dehydrogenase  34.06 
 
 
590 aa  123  3e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.199229  normal  0.347677 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3781  sorbitol dehydrogenase  39.44 
 
 
257 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.360615  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1192  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  33.73 
 
 
255 aa  122  6e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  39.2 
 
 
568 aa  121  9.999999999999999e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  34.6 
 
 
276 aa  121  1.9999999999999998e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0391  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
279 aa  120  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319463  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.78 
 
 
250 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4297  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.67 
 
 
246 aa  120  3e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.408574  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2140  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
254 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2210  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.87 
 
 
248 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0672798  normal  0.155074 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  39.18 
 
 
255 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
276 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0638  sorbitol dehydrogenase  38.1 
 
 
261 aa  119  9e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.122771  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  31.11 
 
 
592 aa  118  9.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.07 
 
 
259 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0427  sorbitol dehydrogenase  38.42 
 
 
256 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal  0.619878 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 
276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.21 
 
 
246 aa  117  3e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1264  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.46 
 
 
260 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1491  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.117153  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 
339 aa  116  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.88 
 
 
255 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017919 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.02 
 
 
273 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.22 
 
 
252 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.387741  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
283 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.179165  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  32.84 
 
 
273 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1295  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 
602 aa  115  7.999999999999999e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.101432  normal  0.699766 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 
247 aa  115  7.999999999999999e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.203668  normal 
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.48 
 
 
347 aa  115  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08163  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G02870)  35.08 
 
 
251 aa  115  1.0000000000000001e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.132741 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.89 
 
 
251 aa  115  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0032  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.891974  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1178  short chain dehydrogenase  38.46 
 
 
269 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  39.57 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3298  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3449  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.93684  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
269 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0407  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1267  short chain dehydrogenase  39.79 
 
 
259 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1359  short chain dehydrogenase  36.41 
 
 
602 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4910  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 
595 aa  113  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
280 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.88 
 
 
274 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04660  2-hydroxycyclohexane-1-carbonyl-CoA dehydrogenase  37.77 
 
 
261 aa  113  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3005  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.56 
 
 
253 aa  113  4.0000000000000004e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0709  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
595 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  38.42 
 
 
258 aa  113  5e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4391  short chain dehydrogenase  40.21 
 
 
618 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.21601 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3702  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
260 aa  112  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.709318  normal  0.605964 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3398  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
595 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4969  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
595 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.300188  normal  0.358584 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3649  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
595 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.236438  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3439  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
270 aa  112  7.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.349709 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5317  short chain dehydrogenase  39.15 
 
 
595 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.247804  normal  0.120372 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.23 
 
 
276 aa  112  8.000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3470  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
250 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0741311 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
255 aa  112  9e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.649375  normal  0.270956 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
280 aa  112  9e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3160  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.04 
 
 
248 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.328176  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0726  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.33 
 
 
366 aa  111  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.642345  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2728  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2383  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.4 
 
 
274 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46750  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.26 
 
 
257 aa  111  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.658343  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.98 
 
 
289 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.469183 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0877  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.75 
 
 
251 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.795083  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2844  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.874316 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
588 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0820  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2174  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.828892  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.68 
 
 
248 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1808  short chain dehydrogenase  38.97 
 
 
596 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.67175  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0913  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
596 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.94 
 
 
253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3152  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0242299  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
588 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4322  short chain dehydrogenase  31.8 
 
 
269 aa  110  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  34.78 
 
 
588 aa  111  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3214  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
294 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.592331  normal  0.549818 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>