More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3689 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3689  ribosomal protein S5  100 
 
 
215 aa  418  1e-116  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  unclonable  5.41133e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5030  30S ribosomal protein S5  94.01 
 
 
222 aa  310  1e-83  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  3.82419e-06  normal  0.598493 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3400  ribosomal protein S5  90.06 
 
 
215 aa  303  2e-81  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.608039  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10735  30S ribosomal protein S5  88.89 
 
 
220 aa  300  9e-81  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  9.27793e-05  normal  0.43056 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1339  30S ribosomal protein S5  93.25 
 
 
225 aa  300  1e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  hitchhiker  6.96393e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1049  30S ribosomal protein S5  90.24 
 
 
223 aa  295  2e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00405345  normal  0.132345 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1032  30S ribosomal protein S5  90.24 
 
 
223 aa  295  2e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  6.81641e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1061  30S ribosomal protein S5  90.24 
 
 
223 aa  295  2e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.000257421  normal  0.422171 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5141  ribosomal protein S5  82.42 
 
 
200 aa  270  1e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.675999 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2629  30S ribosomal protein S5  81.07 
 
 
200 aa  268  5e-71  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.192925  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1103  Ribosomal protein S5-like protein  81.33 
 
 
210 aa  267  7e-71  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0999583 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3888  SSU ribosomal protein S5P  80.86 
 
 
205 aa  267  9e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.361  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0599  30S ribosomal protein S5  79.88 
 
 
202 aa  265  3e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6597  30S ribosomal protein S5  88.24 
 
 
201 aa  265  5e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0579  30S ribosomal protein S5  80.12 
 
 
210 aa  264  7e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.898965  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6032  30S ribosomal protein S5  78.7 
 
 
202 aa  263  1e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.140148 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4304  ribosomal protein S5  78.7 
 
 
205 aa  263  2e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1202  30S ribosomal protein S5  76.88 
 
 
208 aa  263  2e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.672112  normal  0.0445875 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0323  SSU ribosomal protein S5P  77.91 
 
 
199 aa  262  3e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4490  ribosomal protein S5  80.81 
 
 
204 aa  260  1e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2959  30S ribosomal protein S5  76.16 
 
 
236 aa  258  4e-68  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0103501  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04150  30S ribosomal protein S5  84.97 
 
 
209 aa  258  5e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2671  30S ribosomal protein S5  78.31 
 
 
238 aa  256  2e-67  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1140  ribosomal protein S5  83.83 
 
 
210 aa  253  1e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.5558  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0705  ribosomal protein S5  81.93 
 
 
218 aa  248  7e-65  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.235874 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0604  ribosomal protein S5  79.53 
 
 
218 aa  245  4e-64  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.221884  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0644  ribosomal protein S5  82.82 
 
 
218 aa  244  8e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.883982  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29570  SSU ribosomal protein S5P  83.75 
 
 
223 aa  241  8e-63  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.219662  normal  0.79172 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2642  ribosomal protein S5  80.98 
 
 
214 aa  238  5e-62  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23630  SSU ribosomal protein S5P  69.81 
 
 
227 aa  238  5e-62  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.684257  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3906  30S ribosomal protein S5  72.19 
 
 
204 aa  238  6e-62  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.497899  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4298  30S ribosomal protein S5  72.19 
 
 
204 aa  237  8e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367672 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3126  ribosomal protein S5  80.12 
 
 
226 aa  233  2e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20700  SSU ribosomal protein S5P  83.66 
 
 
232 aa  231  4e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.950879  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1724  30S ribosomal protein S5  70.55 
 
 
243 aa  230  1e-59  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  hitchhiker  0.00276041  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0268  ribosomal protein S5  70.55 
 
 
233 aa  228  4e-59  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0948  ribosomal protein S5  79.11 
 
 
212 aa  228  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.10743  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17000  SSU ribosomal protein S5P  74.4 
 
 
249 aa  221  5e-57  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  4.50138e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1357  ribosomal protein S5  67.92 
 
 
197 aa  203  2e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09830  SSU ribosomal protein S5P  62.2 
 
 
173 aa  195  4e-49  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0111363  hitchhiker  1.46915e-05 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0415  ribosomal protein S5  61.73 
 
 
183 aa  191  5e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2161  ribosomal protein S5  64.05 
 
 
175 aa  191  7e-48  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0929942  normal  0.978944 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0217  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000106861  hitchhiker  0.000109901 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4039  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000362616  unclonable  3.0102e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0213  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.21956e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4153  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  189  2e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  3.5229e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01340  ribosomal protein S5  60.74 
 
 
166 aa  189  3e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.162816  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0232  30S ribosomal protein S5  61.25 
 
 
166 aa  189  3e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0010623  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0230  30S ribosomal protein S5  59.26 
 
 
168 aa  189  3e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  2.59388e-08  unclonable  8.56318e-06 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2694  ribosomal protein S5  61.88 
 
 
164 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4300  30S ribosomal protein S5  60.38 
 
 
167 aa  189  4e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.20088e-08  unclonable  6.04487e-11 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0216  30S ribosomal protein S5  59.75 
 
 
167 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000901319  unclonable  1.54128e-11 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0211  30S ribosomal protein S5  59.75 
 
 
167 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0010203  hitchhiker  0.00711343 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0216  30S ribosomal protein S5  59.75 
 
 
167 aa  188  7e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81151e-09  hitchhiker  1.27878e-09 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3742  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  187  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  3.426e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0248  30S ribosomal protein S5  59.75 
 
 
167 aa  188  7e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0165  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  187  8e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  7.86846e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2316  ribosomal protein S5  61.35 
 
 
167 aa  187  8e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00562795  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0187  30S ribosomal protein S5  59.12 
 
 
167 aa  187  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  8.20766e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0303  30S ribosomal protein S5  61.88 
 
 
166 aa  187  1e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  1.49284e-05  normal  0.159424 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0175  30S ribosomal protein S5  59.49 
 
 
167 aa  187  1e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  4.90298e-05  decreased coverage  5.58993e-05 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0242  ribosomal protein S5  63.46 
 
 
168 aa  186  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.529563  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4673  30S ribosomal protein S5  58.64 
 
 
168 aa  186  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000106514  unclonable  9.08127e-09 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4527  30S ribosomal protein S5  61.84 
 
 
167 aa  186  3e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  2.33492e-05  hitchhiker  0.000167424 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3988  ribosomal protein S5  64.05 
 
 
166 aa  186  3e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0501123  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0340  30S ribosomal protein S5  61.84 
 
 
166 aa  185  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000106255  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0201  30S ribosomal protein S5  58.64 
 
 
168 aa  185  5e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  5.49797e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3897  30S ribosomal protein S5  61.84 
 
 
167 aa  184  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.77438e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0600  30S ribosomal protein S5  61.84 
 
 
167 aa  184  6e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.55795e-09  normal  0.912114 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0300  30S ribosomal protein S5  61.84 
 
 
167 aa  184  6e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  3.91785e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0422  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
166 aa  184  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0728588  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0439  30S ribosomal protein S5  62.5 
 
 
166 aa  184  8e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3805  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
166 aa  184  1e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000511085  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3984  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
166 aa  184  1e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183647  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0410  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000646681  hitchhiker  2.84656e-06 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3598  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00671988  normal  0.0253177 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3786  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.85577e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4626  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000983466  normal  0.887849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3688  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.04497e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0410  ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  1.17054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001725  SSU ribosomal protein S5p (S2e)  56.71 
 
 
167 aa  183  2e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  1.99413e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3497  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.13723e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2443  30S ribosomal protein S5  58.02 
 
 
166 aa  182  2e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.995236 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3619  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00166416  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3790  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.234503  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3727  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0653825 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3692  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0779682  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3619  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
167 aa  183  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0273199  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3734  30S ribosomal protein S5  61.18 
 
 
166 aa  183  2e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000123332  decreased coverage  0.00107093 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00955  30S ribosomal protein S5  58.86 
 
 
166 aa  182  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.136647  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0859  ribosomal protein S5  61.04 
 
 
182 aa  182  4e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00747  30S ribosomal protein S5  56.71 
 
 
167 aa  182  4e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0337  30S ribosomal protein S5  55.83 
 
 
166 aa  182  4e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00106169  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3892  30S ribosomal protein S5  55.9 
 
 
166 aa  182  4e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  9.19521e-07  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23300  SSU ribosomal protein S5P  58.68 
 
 
179 aa  182  5e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0615843  hitchhiker  6.6757e-06 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1006  30S ribosomal protein S5  57.86 
 
 
167 aa  182  5e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00241211  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1144  ribosomal protein S5  57.67 
 
 
173 aa  181  8e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  decreased coverage  7.88101e-07  normal  0.0120151 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03105  hypothetical protein  60.53 
 
 
167 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00221736  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0211  SSU ribosomal protein S5P  57.58 
 
 
168 aa  180  1e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.102513  normal  0.321891 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03154  30S ribosomal protein S5  60.53 
 
 
167 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00387677  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>