More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3501 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_0852  UvrD/REP helicase  47.58 
 
 
1050 aa  749    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.986974  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06800  DNA/RNA helicase, superfamily I  47.64 
 
 
1066 aa  782    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.860602  normal  0.467007 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1457  UvrD/REP helicase  46.55 
 
 
1051 aa  754    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0431152  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13225  ATP-dependent DNA helicase  46.57 
 
 
1055 aa  764    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1403  UvrD/REP helicase  47.09 
 
 
1051 aa  769    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3501  UvrD/REP helicase  100 
 
 
1129 aa  2186    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.235136  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1131  UvrD/REP helicase  50.97 
 
 
1094 aa  920    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1421  UvrD/REP helicase  47.09 
 
 
1051 aa  769    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1801  UvrD/REP helicase  46.88 
 
 
1038 aa  753    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.078646 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4666  UvrD/REP helicase  45.2 
 
 
1038 aa  739    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501158  normal  0.218907 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8377  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  38.87 
 
 
1051 aa  556  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0523  putative ATP-dependent DNA helicase  37.44 
 
 
1044 aa  536  1e-150  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2974  UvrD/REP helicase  38.55 
 
 
1074 aa  530  1e-149  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3749  UvrD/REP helicase  39.64 
 
 
1144 aa  528  1e-148  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.612436  normal  0.203306 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4244  UvrD/REP helicase  40.59 
 
 
1062 aa  528  1e-148  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.664691  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3822  UvrD/REP helicase  38.79 
 
 
1060 aa  525  1e-147  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0180671  hitchhiker  0.00809927 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4131  UvrD/REP helicase  40.4 
 
 
1096 aa  525  1e-147  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.81155  normal  0.92786 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3754  UvrD/REP helicase  38.03 
 
 
1059 aa  517  1.0000000000000001e-145  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.216008  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1776  UvrD/REP helicase  37.8 
 
 
1095 aa  512  1e-143  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.337618 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4583  UvrD/REP helicase  37.14 
 
 
1040 aa  489  1e-136  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.542582  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2143  UvrD/REP helicase  37.12 
 
 
1099 aa  467  9.999999999999999e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.23473  hitchhiker  0.00187143 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7808  UvrD/REP helicase  34.05 
 
 
1134 aa  442  9.999999999999999e-123  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_27650  DNA/RNA helicase, superfamily I  35.69 
 
 
1124 aa  418  9.999999999999999e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.292433  normal  0.663943 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2474  UvrD/REP helicase  37.35 
 
 
1076 aa  410  1e-113  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.719714  hitchhiker  0.00582507 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2479  UvrD/REP helicase  32.34 
 
 
1115 aa  389  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000159355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2757  UvrD/REP helicase  33.04 
 
 
1150 aa  377  1e-103  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.21598  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0925  UvrD/REP helicase  32.61 
 
 
1135 aa  364  7.0000000000000005e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.963076 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3800  UvrD/REP helicase  34.38 
 
 
1103 aa  363  8e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0835078  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0711  UvrD/REP helicase  30.73 
 
 
1059 aa  362  2e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19200  DNA/RNA helicase, superfamily I  34.49 
 
 
1083 aa  352  2e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.0259599 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15100  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.54 
 
 
1145 aa  351  5e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2902  UvrD/REP helicase  35.34 
 
 
1085 aa  338  2.9999999999999997e-91  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.401068  normal  0.0918032 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0779  UvrD/REP helicase  34.8 
 
 
1197 aa  281  7e-74  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1171  UvrD/REP helicase  40.07 
 
 
1098 aa  273  2e-71  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132239  normal  0.301474 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11360  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.12 
 
 
1058 aa  271  5e-71  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.556014  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1508  UvrD/REP helicase  35.9 
 
 
1060 aa  199  2.0000000000000003e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0502  UvrD/REP helicase  25.66 
 
 
620 aa  122  3e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  23.71 
 
 
665 aa  120  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.15 
 
 
758 aa  117  1.0000000000000001e-24  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1488  UvrD/REP helicase  20.8 
 
 
659 aa  109  2e-22  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  20.7 
 
 
731 aa  109  3e-22  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16340  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.19 
 
 
772 aa  108  4e-22  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0144318 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.55 
 
 
755 aa  108  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.26 
 
 
662 aa  107  9e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.48 
 
 
729 aa  107  2e-21  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.07 
 
 
759 aa  104  8e-21  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0481  UvrD/REP helicase  24.22 
 
 
736 aa  104  1e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.272547  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.37 
 
 
730 aa  103  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.37 
 
 
730 aa  103  2e-20  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0717  ATP-dependent DNA helicase pcrA  21.03 
 
 
722 aa  102  4e-20  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0979617  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  22.8 
 
 
672 aa  102  4e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2254  UvrD/REP helicase  23.66 
 
 
685 aa  102  5e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.816502  normal  0.58095 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  20.68 
 
 
749 aa  101  9e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.14 
 
 
797 aa  100  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.3 
 
 
738 aa  99.4  4e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04890  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.61 
 
 
817 aa  98.6  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1786  UvrD/REP helicase  23.4 
 
 
753 aa  98.6  6e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.150063  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  21.86 
 
 
738 aa  98.2  8e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.55 
 
 
671 aa  97.8  9e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  24.83 
 
 
726 aa  97.4  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.07 
 
 
765 aa  97.4  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  22.33 
 
 
738 aa  97.8  1e-18  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  25.41 
 
 
739 aa  96.7  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  21.79 
 
 
745 aa  97.1  2e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  23.63 
 
 
671 aa  96.7  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.9 
 
 
741 aa  97.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0963  helicase II - UvrD/PcrA  20.66 
 
 
638 aa  96.3  3e-18  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04260  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.6 
 
 
858 aa  95.9  4e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1056  ATP-dependent DNA helicase  20.66 
 
 
687 aa  95.5  5e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  23.49 
 
 
671 aa  95.1  6e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2295  UvrD/REP helicase  19.67 
 
 
666 aa  95.1  7e-18  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  24.46 
 
 
817 aa  94.7  8e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.1 
 
 
754 aa  94.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  25 
 
 
706 aa  94.4  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0896  UvrD/REP helicase  22.5 
 
 
1066 aa  94  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.380602  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  23.69 
 
 
721 aa  94.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 
831 aa  94  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  21.27 
 
 
770 aa  93.6  2e-17  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3773  UvrD/REP helicase  20.16 
 
 
787 aa  92.4  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2168  ATP-dependent DNA helicase Rep  22.41 
 
 
794 aa  92.4  4e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.63993 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0577  ATP-dependent DNA helicase PcrA  19.73 
 
 
743 aa  92.4  4e-17  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.893036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0627  superfamily I DNA and RNA helicase  23.32 
 
 
900 aa  92  5e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.40075  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  23.04 
 
 
845 aa  92  5e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0950  UvrD/REP helicase  22.98 
 
 
813 aa  92  6e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000846771 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  20.88 
 
 
715 aa  91.7  8e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0356  UvrD/Rep family helicase  21.09 
 
 
630 aa  91.3  8e-17  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.190335  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3271  ATP-dependent DNA helicase UvrD  24.14 
 
 
739 aa  91.7  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  19.46 
 
 
785 aa  91.3  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  23.44 
 
 
678 aa  91.3  1e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1021  UvrD/REP helicase  20.7 
 
 
783 aa  90.5  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.751613  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  20.93 
 
 
757 aa  89.4  3e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0113  ATP-dependent DNA helicase Rep  23.58 
 
 
669 aa  89.4  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  23.74 
 
 
744 aa  89  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  21.83 
 
 
766 aa  89.4  4e-16  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  22.48 
 
 
732 aa  88.6  6e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4584  UvrD/REP helicase  28.13 
 
 
1041 aa  88.6  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.446149  normal  0.423836 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.9 
 
 
773 aa  88.2  9e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  23.27 
 
 
678 aa  87.4  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  24.35 
 
 
798 aa  87.4  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  22.86 
 
 
762 aa  87.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>